Skip to main content
. Author manuscript; available in PMC: 2021 Dec 1.
Published in final edited form as: J Thorac Oncol. 2020 Sep 12;15(12):1880–1892. doi: 10.1016/j.jtho.2020.08.029

Table 2:

Significant (top panel) and most frequently (bottom panel) mutated genes in lung cancer from African Americans

AA LUAD EA
LUAD
AA LUSC EA LUSC
Gene NCI-MD
[n=82]
(AA)
NCI-MD
WES
FF
[n=36]
NCI-MD
Targeted
FF
[n=54]
TCGA
WES
FF
[n=52]
TCGA
WES
FF
[n=381]
NCI-MD
WES
FF
[n=39]
NCI-MD
Targeted
FF
[n=65]
TCGA
WES
FF
[n=27]
TCGA
WES
FF
[n=331]
TP53 0.52 0.42 0.46 0.65 0.49 0.56 0.68 0.93 0.83
STK11 0.15 0.25 0.19 0.21 0.13 0.08 0.03 0.07 0.01
PIK3CG 0.13 0.11 0.06 0.10 0.06 0.13 0.14 0.07 0.09
RB1 0.11 0.14 0.09 0.13 0.04 0.10 0.09 0.07 0.09
CDKN2A 0.10 0.06 NA 0.08 0.03 0.15 0.12 0.07 0.17
LRP1B 0.44 0.44 0.31 0.40 0.32 0.41 0.34 0.19 0.36
CSMD3 0.43 0.39 0.35 0.52 0.38 0.46 0.42 0.56 0.43
SPTA1 0.29 0.39 NA 0.35 0.23 0.18 NA 0.15 0.22
NAV3 0.28 0.36 NA 0.31 0.19 0.13 NA 0.11 0.22
PCLO 0.28 0.22 NA 0.27 0.16 0.31 NA 0.11 0.18
ZFHX4 0.27 0.22 NA 0.48 0.30 0.28 NA 0.22 0.28
COL11A1 0.24 0.33 NA 0.31 0.19 0.15 NA 0.11 0.19
SI 0.24 0.28 NA 0.23 0.15 0.15 NA 0.11 0.18
ZNF536 0.24 0.19 NA 0.29 0.20 0.23 NA 0.26 0.12
FSIP2 0.23 0.22 NA NA NA 0.18 NA NA NA
RELN 0.23 0.19 NA 0.19 0.15 0.23 NA 0.15 0.18
ANK2 0.22 0.22 NA 0.25 0.19 0.18 NA 0.15 0.14
PTPRB 0.22 0.25 NA 0.12 0.07 0.10 NA 0.07 0.13
ASXL3 0.21 0.25 NA 0.19 0.13 0.13 NA 0.04 0.08
NLRP3 0.21 0.31 NA 0.15 0.10 0.10 NA 0.11 0.07
PAPPA2 0.21 0.22 NA 0.27 0.16 0.10 NA 0.19 0.18
PTPRT 0.12 0.17 0.20 0.21 0.08 0.13 0.06 0.07 0.07
JAK2 0.11 0.14 0.09 0.06 0.02 0.10 0.09 0.04 0.03

FF denotes fresh frozen, FFPE denotes formalin fixed paraffin-embedded, AA denotes African Americans, EA denotes European Americans, WES denotes whole exome sequencing, LUAD denotes lung adenocarcinoma, LUSC denotes lung squamous cell carcinoma