Table 2:
AA LUAD | EA LUAD |
AA LUSC | EA LUSC | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene | NCI-MD [n=82] (AA) |
NCI-MD WES FF [n=36] |
NCI-MD Targeted FF [n=54] |
TCGA WES FF [n=52] |
TCGA WES FF [n=381] |
NCI-MD WES FF [n=39] |
NCI-MD Targeted FF [n=65] |
TCGA WES FF [n=27] |
TCGA WES FF [n=331] |
TP53 | 0.52 | 0.42 | 0.46 | 0.65 | 0.49 | 0.56 | 0.68 | 0.93 | 0.83 |
STK11 | 0.15 | 0.25 | 0.19 | 0.21 | 0.13 | 0.08 | 0.03 | 0.07 | 0.01 |
PIK3CG | 0.13 | 0.11 | 0.06 | 0.10 | 0.06 | 0.13 | 0.14 | 0.07 | 0.09 |
RB1 | 0.11 | 0.14 | 0.09 | 0.13 | 0.04 | 0.10 | 0.09 | 0.07 | 0.09 |
CDKN2A | 0.10 | 0.06 | NA | 0.08 | 0.03 | 0.15 | 0.12 | 0.07 | 0.17 |
LRP1B | 0.44 | 0.44 | 0.31 | 0.40 | 0.32 | 0.41 | 0.34 | 0.19 | 0.36 |
CSMD3 | 0.43 | 0.39 | 0.35 | 0.52 | 0.38 | 0.46 | 0.42 | 0.56 | 0.43 |
SPTA1 | 0.29 | 0.39 | NA | 0.35 | 0.23 | 0.18 | NA | 0.15 | 0.22 |
NAV3 | 0.28 | 0.36 | NA | 0.31 | 0.19 | 0.13 | NA | 0.11 | 0.22 |
PCLO | 0.28 | 0.22 | NA | 0.27 | 0.16 | 0.31 | NA | 0.11 | 0.18 |
ZFHX4 | 0.27 | 0.22 | NA | 0.48 | 0.30 | 0.28 | NA | 0.22 | 0.28 |
COL11A1 | 0.24 | 0.33 | NA | 0.31 | 0.19 | 0.15 | NA | 0.11 | 0.19 |
SI | 0.24 | 0.28 | NA | 0.23 | 0.15 | 0.15 | NA | 0.11 | 0.18 |
ZNF536 | 0.24 | 0.19 | NA | 0.29 | 0.20 | 0.23 | NA | 0.26 | 0.12 |
FSIP2 | 0.23 | 0.22 | NA | NA | NA | 0.18 | NA | NA | NA |
RELN | 0.23 | 0.19 | NA | 0.19 | 0.15 | 0.23 | NA | 0.15 | 0.18 |
ANK2 | 0.22 | 0.22 | NA | 0.25 | 0.19 | 0.18 | NA | 0.15 | 0.14 |
PTPRB | 0.22 | 0.25 | NA | 0.12 | 0.07 | 0.10 | NA | 0.07 | 0.13 |
ASXL3 | 0.21 | 0.25 | NA | 0.19 | 0.13 | 0.13 | NA | 0.04 | 0.08 |
NLRP3 | 0.21 | 0.31 | NA | 0.15 | 0.10 | 0.10 | NA | 0.11 | 0.07 |
PAPPA2 | 0.21 | 0.22 | NA | 0.27 | 0.16 | 0.10 | NA | 0.19 | 0.18 |
PTPRT | 0.12 | 0.17 | 0.20 | 0.21 | 0.08 | 0.13 | 0.06 | 0.07 | 0.07 |
JAK2 | 0.11 | 0.14 | 0.09 | 0.06 | 0.02 | 0.10 | 0.09 | 0.04 | 0.03 |
FF denotes fresh frozen, FFPE denotes formalin fixed paraffin-embedded, AA denotes African Americans, EA denotes European Americans, WES denotes whole exome sequencing, LUAD denotes lung adenocarcinoma, LUSC denotes lung squamous cell carcinoma