. 2017 Sep 28;10(3):10.3835/plantgenome2017.03.0015. doi: 10.3835/plantgenome2017.03.0015

Table 3.

Summary of mean genomic best linear unbiased prediction (GBLUP) cross-validated predictive accuracies across populations. Four subset selection methods (random vs. STPGA) and the full set were considered. The highest predictive accuracy across subsets and the full set is indicated in bold.

Train	Test	Trait	300		600		900		1200		Full	CVGBLUP^†
Train	Test	Trait	STPGA	Random	STPGA	Random	STPGA	Random	STPGA	Random	Full	CVGBLUP^†
NR + GG	UG	VIGOR	0.199	0.083	0.182	0.102	0.221	0.152	0.200	0.174	0.193	0.353
NR + GG	UG	MCMDS	0.293	0.224	0.284	0.264	0.262	0.279	0.284	0.291	0.285	0.404
NR + GG	UG	DM	0.272	0.209	0.282	0.227	0.258	0.254	0.252	0.272	0.284	0.296
NR + GG	UG	HI	0.294	0.176	0.278	0.230	0.266	0.215	0.228	0.214	0.206	0.454
NR + GG	UG	RTWT	0.155	0.072	0.165	0.124	0.181	0.156	0.179	0.174	0.193	0.314
NR + GG	UG	RTNO	0.149	0.068	0.171	0.151	0.175	0.167	0.195	0.190	0.206	0.348
NR + GG	UG	SHTWT	0.014	0.059	0.042	0.075	0.027	0.066	0.037	0.071	0.075	0.244
UG + NR	GG	VIGOR	0.011	0.054	0.032	0.049	0.050	0.061	–	–	0.060	0.231
UG + NR	GG	MCMDS	0.374	0.325	0.377	0.341	0.372	0.374	–	–	0.382	0.558
UG + NR	GG	DM	0.216	0.173	0.221	0.212	0.235	0.238	–	–	0.244	0.666
UG + NR	GG	HI	0.261	0.210	0.252	0.204	0.222	0.213	–	–	0.215	0.386
UG + NR	GG	RTWT	0.079	0.077	0.095	0.073	0.084	0.061	–	–	0.063	0.320
UG + NR	GG	RTNO	0.132	0.096	0.130	0.110	0.113	0.097	–	–	0.099	0.345
UG + NR	GG	SHTWT	0.154	0.110	0.163	0.160	0.145	0.156	–	–	0.162	0.321
GG + UG	NR	VIGOR	0.054	-0.003	0.029	0.003	0.039	0.014	0.017	0.011	0.016	-0.024
GG + UG	NR	MCMDS	0.193	0.138	0.186	0.154	0.189	0.190	0.193	0.188	0.213	0.188
GG + UG	NR	DM	0.116	0.110	0.151	0.142	0.166	0.155	0.168	0.167	0.184	0.104
GG + UG	NR	HI	0.149	0.122	0.157	0.145	0.151	0.151	0.164	0.155	0.181	0.271
GG + UG	NR	RTWT	0.080	0.070	0.120	0.048	0.099	0.058	0.096	0.071	0.082	0.220
GG + UG	NR	RTNO	0.074	0.064	0.066	0.051	0.041	0.054	0.040	0.053	0.053	0.180
GG + UG	NR	SHTWT	0.094	0.089	0.107	0.088	0.107	0.099	0.112	0.106	0.119	0.169

^†

CVGBLUP = cross-validation GBLUP within the test population; GG, International Institute of Tropical Agriculture Genetic Gain germplasm collection; NR, National Root Crops Research Institute; UG, National Crops Resources Research Institute; DM, dry matter content; HI, harvest index; RTWT, root weight; RTNO, root number; SHTWT, shoot weight; MCMDS, mean cassava mosaic disease severity; VIGOR, early plant vigor.