Table A1.

Primers used in this study.

Gene/CTX-M	Primer	Primer Sequences
Multi locus sequence typing	adk F	5′-ATTCTGCTTGGCGCTCCGGG-3′
	adk R	5′-CCGTCAACTTTCGCGTATTT-3′
	fumC F	5′-TCACAGGTCGCCAGCGCTTC-3′
	fumC R	5′-GTACGCAGCGAAAAAGATTC-3′
	icd F	5′-ATGGAAAGTAAAGTAGTTGTTCCGGCACA-3′
	icd R	5′-GGACGCAGCAGGATCTGTT-3′
	purA F	5′-CGCGCTGATGAAAGAGATGA-3′
	purA R	5′-CATACGGTAAGCCACGCAGA-3′
	gyrB F	5′-TCGGCGACACGGATGACGGC-3′
	gyrB R	5′-GTCCATGTAGGCGTTCAGGG-3′
	recA F	5′-CGCATTCGCTTTACCCTGACC-3′
	recA R	5′-TCGTCGAAATCTACGGACCGGA-3′
	mdh F	5′-ATGAAAGTCGCAGTCCTCGGCGCTGCTGGCGG-3′
	mdh R	5′-TTAACGAACTCCTGCCCCAGAGCGATATCTTTCTT -3′
Phylogenetic group	chuA F	5′-GACGAACCAACGGTCAGGAT-3′
	chuA R	5′-TGCCGCCAGTACCAAAGACA-3′
	yjaA F	5′-TGAAGTGTCAGGAGACGCTG-3′
	yjaA R	5′-ATGGAGAATGCGTTCCTCAAC-3′
	TspE4C2 F	5′- GAGTAATGTCGGGGCATTCA-3′
	TspE4C2 R	5′- CGCGCCAACAAAGTATTACG-3′
Pan CTX-M	Pan CTX-M F	5′-ATGTGCAGYACCAGTAARGTKATGGC-3′
	Pan CTX-M R	5′-TGGGTRAARTARGTSACCAGAAYSAGCGG-3′
CTX-M-group-1	CTX-M-group-1 F	5′-GCSaATGTGCAGCACCAGTAA-3′
	CTX-M-group-1 R	5′-ACAAACCGTYaGGTGACGATT-3′
CTX-M-group-2	CTX-M-group-2 F	5′-CTCAATANCGCCATTCCAGG-3′
	CTX-M-group-2 R	5′-CCGTGGGTTACGATTT-3′
CTX-M-group-8	CTX-M-group-8 F	5′-TGATGAGACATCGCGTTAAG-3′
	CTX-M-group-8 R	5′-TAACCGTCGGTGACGATTTT-3′
CTX-M-group-9	CTX-M-group-9 F	5′-GCTGGAGAAAAGCAGCGGAG-3′
	CTX-M-group-9 R	5′-CCAGCGTCAGATTTTTCAGG-3′
CTX-M-3	CTX-M-3 F	5′-AATCACTGCGCCAGTTCACGCT-3′
	CTX-M-3 R	5′-GAACGTTTCGTCTCCCAGCTGT-3′
CTX-M-14	CTX-M-14 F	5′-TACCGCAGATAATACGCAGGTG-3′
	CTX-M-14 R	5′-CAGCGTAGGTTCAGTGCGATCC-3′
CTX-M-15	CTX-M-15 F	5′-CACACGTGGAATTTAGGGACT-3′
	CTX-M-15 R	5′-GCCGTCTAAGGCGATAAACA-3′