Table 2.
Bacterial species and bacterial quantities (established by semi-quantitative culture) in clinical ETA samples and species identification by LC-ESI-QqQ-MS in SRM mode
| Patient | Sample | Sampling daya | Identified pathogen using VITEK® 2 | Pathogen quantity (CFU/mL) | Others identified bacteria (via VITEK® 2) and quantity (CFU/mL) | Pathogen identified using LC-ESI-QqQ-MS in SRM mode |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1_1 | Day 1 | E. coli | 104 | E. coli | |
| 1_2 | Day 1 | E. coli | > 106 |
S. constellatus (105) S. haemolyticus (> 106) |
E. coli | |
| 1_3 | Day 2 | E. coli | 106 |
S. constellatus (104) S. haemolyticus (106) |
E. coli | |
| 1_4 | Day 3 | E. coli | > 106 |
S. constellatus (103) S. haemolyticus (104) |
E. coli | |
| 1_5 | Day 4 | E. coli | 106 | S. haemolyticus (103) | E. coli | |
| 1_6 | Day 5 | E. coli | 105 | E. coli | ||
| 1_7 | Day 6 | E. coli | 5.105 | P. vulgaris (103) | E. coli | |
| 1_8 | Day 7 | E. coli | 103 |
P. vulgaris (104) S. constellatus (103) Aggregatibacter spp. (105) S. haemolyticus (105) |
No | |
| 2 | 2_1 | Day 1 | S. aureus | 104 |
S. viridans (104) C. pseudodiphteritium (105) Corynebacterium sp > 105 |
No |
| 2_2 | Day 2 | S. aureus | 106 | C. pseudodiphteritium (106) Corynebacterium sp (> 106) | S. aureus | |
| 2_3 | Day 2 | S. aureus | 105 | S. aureus | ||
| 2_4 | Day 3 | S. aureus | 103 |
E. faecalis (103) S. epidermidis (106) S. viridians (104) Corynebacterium sp (103) |
No | |
| 2_5 | Day 4 | P. aeruginosa | 104 |
E. faecalis (103) S. epidermidis (103) |
No | |
| 3 | 3_1 | Day 1 | S. aureus | 106 |
S. constellatus (> 106) S. viridans (103) H. parainfluenzae (105) Neisseria spp. (105) |
S. aureus |
| 3_2 | Day 2 | S. aureus | 105 |
H. parainfluenzae (103) S. constellatus (105) |
No | |
| 3_3 | Day 3 | S. aureus | 105 | S. aureus | ||
| 4 | 4_1 | Day 1 | S. aureus | 104 |
Neisseria spp. (105) R. mucilaginosus (104) H. haemolyticus (105) Non hemolytic Streptococci (105) |
No |
| 4_2 | Day 2 | S. aureus | 106 | S. viridans (103) | S. aureus | |
| 5 | 5_1 | Day 1 | S. aureus | 105 |
E. faecalis (105) C. striatum (104) S. epidermidis (104) |
S. aureus |
| 5_2 | Day 3 | S. aureus | 104 |
C. striatum (104) E. faecalis (104) S. viridians (103) |
S. aureus | |
| 5_3 | Day 4 | S. aureus | 104 | Aspergillus spp. (103) Lactobacillus spp. (104) Corynebacterium sp (104) | S. aureus | |
| 6 | 6_1 | Day 1 | S. aureus | 104 |
Corynebacterium sp (> 106) H. parainfluenzae (103) S. viridans (104) |
No |
| 7 | 7_1 | Day 1 | S. aureus | 105 | S. viridans (105) | S. aureus |
| 8 | 8–1 | Day 1 | S. aureus | 106 |
Coagulase negative Staphylococcus (103) S. viridans (106) Aggregatibacter spp. (106) Neisseria spp. (105) |
No |
| 8–2 | Day 3 | S. aureus | 106 | Neisseria spp. (103) | S. aureus | |
| 9 | 9_1 | Day 1 | S. aureus | 106 | E. cloacae (> 106) | No |
| 9_2 | Day 3 | S. aureus | 102b |
E. faecalis (> 106) E. cloacae (> 106) |
S. aureus | |
| 9_3 | Day 4 | S. aureus | 105 |
E. faecalis (102) E. cloacae (105) |
S. aureus | |
| 10 | 10_1 | Day 1 | H. influenzae | > 106 | No | |
| S. pneumoniae | > 106 | No | ||||
| 10_2 | Day 2 | H. influenzae | > 106 | H. influenzae | ||
| S. pneumoniae | > 106 | No | ||||
| 11 | 11_1 | Day 1 | H. influenzae | 106 |
S. viridians (> 106) R. mucilaginous (104) Neisseria spp. (104) Aggregatibacter spp. (104) |
H. influenzae |
| S. pneumoniae | 106 | S. pneumoniae | ||||
| 11_2 | Day 2 | H. influenzae | 105 |
S. aureus (103) S. viridans (106) Coagulase negative Staphylococcus (104) H. parainfluenzae (105) Neisseria spp. (103) |
No | |
| S. pneumoniae | 106 | S. pneumoniae | ||||
| 12 | 12_1 | Day 1 | H. influenzae | 106 | H. influenzae | |
| S. pneumoniae | 104 | No | ||||
| 12_2 | Day 2 | H. influenzae | 106 | H. influenzae | ||
| S. pneumoniae | > 106 | S. pneumoniae | ||||
| 13 | 13–1 | Day 1 | E. coli | 104 |
H. alvei (103) P. vulgaris (103) |
No |
| S. pneumoniae | > 106 | S. pneumoniae | ||||
| 14 | 14_1 | Day 1 | P. aeruginosa | 104 |
S. epidermidis (103) Yeast (103) |
No |
| 15 | 15_1 | Day 1 | P. aeruginosa | 104 | Coagulase negative Staphylococcus (104) | No |
aDepending on patient sputum production, ETA sampling was not possible each day
bProbable error in quantitative culture. The patient sampling made before and after sample 9–2 (sample 9–1 and 9–3), harbor S. aureus with a bacterial load ≥ 105 CFU/mL