. 2021 Jan 11;22(2):641. doi: 10.3390/ijms22020641

Table 3.

Presence and absence of introns in intron-containing genes in the 19 lycophyte species.

Function	Gene	H. lu	H. se	I. fl	S. ly	S. kra	S. rem	S. ind	S. va	S. lep	S. san	S. st ^†	S. ta ^†	S. doe	S. inv ^†	S. mo	S. bis	S. pen	S. hai	S. un
ATP synthase	*atpF*	+	+	+	+	+	+	–	–	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
Other	*clpP-1*	+	+	+	–	–	–	–	–	–	+	–	–	+	+	+	+	+	+	+
Other	*clpP-2*	+	+	+	–	–	–	–	–	–	+	–	–	+	–	–	–	–	–	–
NADH dehydrogenase	*ndhA*	+	+	+		+	+							+	+	+		+	+	+
NADH dehydrogenase	*ndhB*	+	+	+		+	+							+	+	+		+	+	+
Cytochrome	*petB*	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
Cytochrome	*petD*	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
Large subunit ribosomal protein	*rpl16*	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+			+	+	+	+	+	+	+
Large subunit ribosomal protein	*rpl2*	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
RNA polymerase	*rpoC1*	+	+	+	–	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+		+	+	+
Small subunit ribosomal protein	*rps12*	+	+	+
Small subunit ribosomal protein	*rps16*	+	+	–
Unknown	*ycf3–1*	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
	*ycf3–2*	+	+	+	–	–	–	–	–	–	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
	*ycf66*	–	+	+
tRNA	*trnL*	+	+	+	–		–			–	–			–
	*trnG*	–	–	+		–				–	–			–
	*trnI*		+	+							–				–	–
	*trnA*	+	+	+
	*trnK*		+	+
	*trnV*	+	+	+

^† Complete plastomes sequenced, assembled, and annotated in this study; ‘+’ indicates intron-containing genes; ‘−‘ indicates genes without introns; gray boxes indicate missing genes or pseudogenes; H. lu, Huperzia lucidula; H. se, Huperzia serrata; I. fl, Isoetes flaccida; S. ly, Selaginella lyallii; S. kra, S. kraussiana; S. rem, S. remotifolia; S. ind, S. indica; S. va, S. vardei; S. lep, S. lepidophylla; S. san, S. sanguinolenta; S. st, S. stauntoniana; S. ta, S. tamariscina; S. doe, S. doederleinii; S. inv, S. involvens; S. mo, S. moellendorffii; S. bis, S. bisulcata; S. pen, S. pennata; S. hai, S. hainanensis; and S. un, S. uncinata.