Table 4. Syncmers with higher compression and higher conservation than minimizers with Kraken v1 parameters.

Kraken v1 uses minimizers with k = 31, w = 16. For example, open syncmers with s = 31, t = 5 achieve compression of 11.0 vs. 8.5 for minimizers (29% lower density) with conservation of 0.081 vs. 0.077 (5% better).

w	s	d	t	OR	c	Cons90	Cons80
16	–	–	–	–	8.5	0.077	0.003
–	13	–	–	NN	9.5	0.078	0.002
–	20	–	6	YN	12.0	0.078	0.002
–	20	–	7	YN	12.0	0.078	0.002
–	26	3	–	NN	9.0	0.078	0.003
–	22	–	8	YN	10.0	0.079	0.003
–	23	2	–	NN	9.0	0.079	0.002
–	14	–	–	NN	9.0	0.080	0.003
–	21	–	3	YN	11.0	0.080	0.003
–	21	–	6	YN	11.0	0.080	0.002
–	21	–	7	YN	11.0	0.080	0.002
–	22	–	1	YN	10.0	0.080	0.003
–	23	–	–	YN	9.0	0.080	0.003
–	21	–	4	YN	11.0	0.081	0.002
–	21	–	5	YN	11.0	0.081	0.002
–	22	–	7	YN	10.0	0.081	0.003
–	23	–	8	YN	9.0	0.082	0.003
–	22	–	2	YN	10.0	0.084	0.003
–	22	–	6	YN	10.0	0.084	0.003
–	22	–	3	YN	10.0	0.085	0.003
–	23	–	1	YN	9.0	0.085	0.002
–	1	–	3	NY	9.5	0.086	0.003
–	1	–	3	YN	9.5	0.086	0.003
–	1	–	3	YY	9.5	0.086	0.003
–	22	–	4	YN	10.0	0.086	0.003
–	22	–	5	YN	10.0	0.086	0.003
–	23	–	7	YN	9.0	0.086	0.002
–	23	–	2	YN	9.0	0.087	0.003