Table 7. TM-score gain Δ₂ (TM-score of stage 2 –TM-score of stage 1) and Δ₃ (TM-score of stage 3 –TM-score of stage 2) after performing stage-by-stage 3D reconstruction for 15 protein targets in EVfold dataset using true C_β-C_β contact maps at 8, 10, and 12Å thresholds and true secondary structures.

Target	8Å		10Å		12Å
	Δ2	Δ3	Δ2	Δ3	Δ2	Δ3
1bkrA	0.12	0.04	0.27	0.06	0.46	0.06
1e6kA	0.19	0.08	0.33	0.07	0.46	0.05
1f21A	0.17	0.06	0.33	0.06	0.46	0.03
1g2eA	0.24	0.10	0.37	0.07	0.48	0.09
1hzxA	0.12	0.04	0.31	0.04	0.51	0.02
1oddA	0.08	0.10	0.32	0.12	0.39	0.14
1r9hA	0.30	0.08	0.38	0.06	0.52	0.05
1rqmA	0.21	0.04	0.35	0.02	0.48	0.03
1wvnA	0.26	0.07	0.35	0.05	0.42	0.05
2hdaA	0.28	0.08	0.39	0.12	0.38	0.13
2it6A	0.27	0.08	0.39	0.09	0.51	0.05
2o72A	0.33	0.10	0.42	0.09	0.50	0.10
3tgiE	0.24	0.06	0.37	0.04	0.48	0.03
5p21A	0.27	0.05	0.34	0.04	0.48	0.05
5ptiA	0.20	0.15	0.33	0.12	0.38	0.12
Mean	0.22	0.08	0.35	0.07	0.46	0.07