Table 4.

Sites Evolving Differentially between the HSX and the MSM Sets in the HIV-1 Env Data Set from Tully et al. (2016).

Codon	α	β (substitutions)HSX	MSM	P-Value	q-Value	Standard FEL P-ValueHSX	MSM	FEL Pattern
49	0.56	0.12 (2)	0.69 (12)	0.0365*	1.000	0.151(−)	0.742(+)	NN
50	0.30	0.61 (6)	0.00 (2)	0.0009*	0.177	0.331(+)	0.015(−)	NC
53	0.88	0.00 (2)	0.32 (9)	0.0391	1.000	0.002(−)	0.088(−)	CN
142	4.13	5.09 (34)	2.86 (37)	0.0497	1.000	0.373(+)	0.338(−)	NN
158	0.62	2.24 (9)	0.84 (10)	0.0168	0.905	0.010(+)	0.582(+)	PN
197	1.88	2.93 (20)	1.17 (23)	0.0053*	0.616	0.361(+)	0.287(−)	NN
233	0.20	0.25 (3)	0.00 (1)	0.0337*	1.000	0.836(+)	0.046(−)	NC
264	0.33	1.91 (11)	0.65 (9)	0.0107	0.859	0.005(+)	0.427(+)	PN
275	2.45	4.16 (28)	1.71 (28)	0.0031	0.498	0.128(+)	0.344(−)	NN
303	1.63	6.98 (34)	3.55 (39)	0.0093*	0.837	0.000(+)	0.082(+)	PN
336	3.80	1.09 (11)	2.47 (35)	0.0254	1.000	0.009(−)	0.297(−)	CN
344	0.40	1.25 (8)	0.31 (7)	0.0074*	0.742	0.042(+)	0.682(−)	PN
408	0.52	0.70 (4)	1.80 (22)	0.0436	1.000	0.663(+)	0.007(+)	NP
442	0.00	0.31 (1)	0.00 (0)	0.0362*	1.000	0.031(+)	1.000(−)	PN
530	0.69	0.29 (2)	0.00 (3)	0.0359*	1.000	0.305(−)	0.002(−)	NC
572	1.55	4.01 (29)	2.27 (33)	0.0469	1.000	0.046(+)	0.456(+)	PN
574	1.10	0.52 (6)	0.10 (5)	0.0389	1.000	0.230(−)	0.002(−)	NC
598	0.59	1.13 (9)	0.28 (7)	0.0410	1.000	0.235(+)	0.255(−)	NN
626	12.77	4.14 (37)	1.40 (41)	0.0003*	0.120	0.001(−)	0.000(−)	CC
672	2.46	3.15 (25)	1.46 (37)	0.0139*	0.799	0.433(+)	0.079(−)	NN
683	1.88	2.05 (15)	0.85 (17)	0.0404*	1.000	0.786(+)	0.039(−)	NC
685	0.00	1.16 (9)	0.12 (2)	0.0008*	0.213	0.001(+)	0.259(+)	PN
690	1.24	0.28 (5)	1.33 (18)	0.0176*	0.837	0.050(−)	0.983(+)	CN
702	0.00	1.13 (8)	0.28 (4)	0.0174*	0.877	0.002(+)	0.101(+)	PN
703	1.31	1.27 (7)	0.13 (11)	0.0119*	0.739	0.958(−)	0.003(−)	NC
720	0.49	1.47 (11)	0.44 (13)	0.0107	0.785	0.026(+)	0.860(−)	PN
722	0.00	0.13 (1)	0.78 (9)	0.0325	1.000	0.288(+)	0.007(+)	NP
734	0.50	2.23 (14)	0.75 (10)	0.0111	0.749	0.005(+)	0.536(+)	PN
773	0.25	0.00 (0)	0.31 (7)	0.0406	1.000	0.093(−)	0.778(+)	NN
781	0.51	0.50 (5)	0.00 (2)	0.0031*	0.416	0.975(−)	0.005(−)	NC
786	1.40	6.67 (24)	3.33 (38)	0.0274	1.000	0.000(+)	0.009(+)	PP
804	0.25	0.00 (0)	1.53 (15)	0.0000*	0.031	0.119(−)	0.002(+)	NP

Note.—Other notation the same as in table 3.