Table 6. (A–C) A summary result table presenting the AUC of each tool over 13 data sets.

#Clusters/#Groups are related to the number of clusters for SVM-RCE and groups for maTE and CogNet. AUC is average of for the performance of area under curve while #G is the average number of genes for each level.

#Clusters/#Groups	SVM-RCE
	GDS1962	GDS2519	GDS2547	GDS3268	GDS3646	GDS3837	GDS3874	GDS4516_4718	GDS5037	GDS5499	GDS2609	GDS3794	GDS4824
	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC	AUC
10	1.00	0.50	0.84	0.90	0.90	0.97	0.75	1.00	0.48	0.95	1.00	1.00	1.00
9	1.00	0.49	0.84	0.90	0.82	0.98	0.81	1.00	0.57	0.93	0.99	0.98	1.00
8	1.00	0.49	0.85	0.90	0.87	0.98	0.79	1.00	0.53	0.94	0.96	0.98	1.00
7	1.00	0.49	0.85	0.89	0.86	0.98	0.78	1.00	0.53	0.93	0.97	0.98	1.00
6	1.00	0.48	0.85	0.89	0.87	0.98	0.81	1.00	0.53	0.95	0.96	0.98	1.00
5	1.00	0.47	0.85	0.88	0.87	0.98	0.79	1.00	0.50	0.94	0.96	0.98	1.00
4	1.00	0.44	0.84	0.88	0.87	0.98	0.78	1.00	0.44	0.95	0.96	0.98	1.00
3	1.00	0.46	0.84	0.89	0.87	0.98	0.74	1.00	0.48	0.95	0.93	0.98	1.00
2	1.00	0.44	0.81	0.87	0.84	0.98	0.79	1.00	0.43	0.93	0.91	0.98	1.00
1	1.00	0.45	0.80	0.84	0.76	0.97	0.66	1.00	0.50	0.90	0.90	0.95	1.00
Avg	1.00	0.47	0.84	0.88	0.85	0.98	0.77	1.00	0.50	0.94	0.95	0.98	1.00
#Clusters/#Groups	#G	#G	#G	#G	#G	#G	#G	#G	#G	#G	#G	#G	#G
10	845	801	896	852	341	904	569	734	505	507	676	442	611
9	827	791	875	818	311	868	586	712	492	493	652	437	536
8	806	752	804	761	272	807	572	675	483	460	638	421	515
7	760	715	747	702	245	772	542	633	436	437	625	413	491
6	720	678	686	644	224	694	499	580	428	394	584	397	468
5	678	638	636	595	209	604	464	555	399	329	558	361	453
4	593	575	544	568	169	486	432	444	348	265	511	340	422
3	429	504	466	470	142	419	375	319	307	225	470	310	381
2	363	444	449	377	74	283	318	188	238	171	390	227	310
1	237	266	373	211	47	137	224	91	131	62	264	120	211