Table 1.
Origin | Europe | Asia | NZ | Americas | Asia | Africa | |||||||||||
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Sample type | Carcasses | Organs | Guano | Feces and saliva | |||||||||||||
Reference | E | (28) | (26) | (27) | (16) | (18) | (21) | (22) | (20) | (19) | (15) | (24) | (14) | (23) | (13) | (17) | (25) |
Adenovirus | A | C | C | C | C | ||||||||||||
Astrovirus | C | C | C | C | |||||||||||||
Bunyavirus | B | C | C | ||||||||||||||
Bocavirus | C | ||||||||||||||||
Calicivirus | C | C | C | C | |||||||||||||
Circovirus | C | C | C | C | C | ||||||||||||
Coronavirus | A | C | C | C | C | C | C | ||||||||||
Flavivirus | C | C | C | C | C | ||||||||||||
Hepadnavirus | C | ||||||||||||||||
Hepevirus | C | C | C | ||||||||||||||
Herpesvirus | A | C | C | C | C | C | C | ||||||||||
Nairovirus | B | C | C | ||||||||||||||
Nodavirus | C | ||||||||||||||||
Orbivirus | B | ||||||||||||||||
Orthomyxovirus | C | ||||||||||||||||
Orthoreovirus | B | C | |||||||||||||||
Papillomavirus | C | C | C | C | C | C | C | C | |||||||||
Paramyxovirus | A | C | |||||||||||||||
Parvovirus | B | C | C | C | C | C | |||||||||||
Phlebovirus | B | ||||||||||||||||
Picornavirus | B | C | C | C | C | C | |||||||||||
Polyomavirus | C | C | C | ||||||||||||||
Poxvirus | C | C | C | C | C | ||||||||||||
Reovirus | B | C | C | C | C | ||||||||||||
Retrovirus | B | C | C | C | C | C | |||||||||||
Retrovirus | C | C | C | ||||||||||||||
Rhabdovirus | C | ||||||||||||||||
Rotavirus | B | C | C | ||||||||||||||
Tymovirus | B | C | |||||||||||||||
Togavirus | C |
The viral sequences obtained by family-specific PCR are marked with “A” and viral sequences obtained by virome sequencing are marked with “B”. Adenovirus and reoviruses were also isolated. The “C” indicates the finding of the respective viruses found by other studies.
E the results from this study, NZ New Zealand.