Skip to main content
. 2021 May 10;95(11):e02305-20. doi: 10.1128/JVI.02305-20

TABLE 4.

Optimal number of RGs for normalization in data set composed of three conditionsa

Condition
PBMC
 CD4+ T cells
 PBMC+CD4+ T cells
6h 24h 6h+24h 6h 24h 6h+24h 6h 24h 6h+24h
DMSO, PHA, VOR V2/3 0.081 V2/3 0.081 V2/3 0.112 V2/3 0.062 V2/3 0.093 V2/3 0.090 V2/3 0.082 V2/3 0.119 V2/3 0.103
V3/4 0.060 V3/4 0.093 V3/4 0.090 V3/4 0.051 V3/4 0.081 V3/4 0.085 V3/4 0.069 V3/4 0.087 V3/4 0.089
V4/5 0.067 V4/5 0.095 V4/5 0.117 V4/5 0.069 V4/5 0.113 V4/5 0.120 V4/5 0.106 V4/5 0.100 V4/5 0.122
V5/6 0.118 V5/6 0.113 V5/6 0.094 V5/6 0.086 V5/6 0.136 V5/6 0.100 V5/6 0.102 V5/6 0.130 V5/6 0.111
DMSO, PHA, ROM V2/3 0.077 V2/3 0.129 V2/3 0.123 V2/3 0.079 V2/3 0.150 V2/3 0.119 V2/3 0.089 V2/3 0.153 V2/3 0.121
V3/4 0.072 V3/4 0.129 V3/4 0.132 V3/4 0.072 V3/4 0.146 V3/4 0.168 V3/4 0.088 V3/4 0.135 V3/4 0.167
V4/5 0.071 V4/5 0.126 V4/5 0.106 V4/5 0.074 V4/5 0.161 V4/5 0.117 V4/5 0.105 V4/5 0.147 V4/5 0.119
V5/6 0.132 V5/6 0.107 V5/6 0.107 V5/6 0.101 V5/6 0.156 V5/6 0.122 V5/6 0.115 V5/6 0.133 V5/6 0.112
DMSO, PHA, PEP005 V2/3 0.085 V2/3 0.101 V2/3 0.132 V2/3 0.092 V2/3 0.117 V2/3 0.111 V2/3 0.109 V2/3 0.118 V2/3 0.121
V3/4 0.074 V3/4 0.074 V3/4 0.095 V3/4 0.065 V3/4 0.086 V3/4 0.097 V3/4 0.075 V3/4 0.086 V3/4 0.102
V4/5 0.109 V4/5 0.088 V4/5 0.110 V4/5 0.107 V4/5 0.112 V4/5 0.109 V4/5 0.122 V4/5 0.101 V4/5 0.111
V5/6 0.103 V5/6 0.111 V5/6 0.104 V5/6 0.097 V5/6 0.141 V5/6 0.120 V5/6 0.107 V5/6 0.131 V5/6 0.122
DMSO, PHA, AZD V2/3 0.074 V2/3 0.089 V2/3 0.118 V2/3 0.057 V2/3 0.095 V2/3 0.093 V2/3 0.079 V2/3 0.104 V2/3 0.112
V3/4 0.063 V3/4 0.100 V3/4 0.088 V3/4 0.053 V3/4 0.085 V3/4 0.085 V3/4 0.070 V3/4 0.098 V3/4 0.091
V4/5 0.067 V4/5 0.099 V4/5 0.129 V4/5 0.076 V4/5 0.120 V4/5 0.130 V4/5 0.110 V4/5 0.108 V4/5 0.131
V5/6 0.123 V5/6 0.136 V5/6 0.109 V5/6 0.097 V5/6 0.149 V5/6 0.111 V5/6 0.109 V5/6 0.146 V5/6 0.123
DMSO, PHA, IBET V2/3 0.078 V2/3 0.093 V2/3 0.122 V2/3 0.064 V2/3 0.113 V2/3 0.088 V2/3 0.078 V2/3 0.115 V2/3 0.107
V3/4 0.064 V3/4 0.075 V3/4 0.125 V3/4 0.080 V3/4 0.090 V3/4 0.124 V3/4 0.114 V3/4 0.090 V3/4 0.128
V4/5 0.101 V4/5 0.089 V4/5 0.113 V4/5 0.085 V4/5 0.121 V4/5 0.116 V4/5 0.110 V4/5 0.106 V4/5 0.117
V5/6 0.108 V5/6 0.119 V5/6 0.101 V5/6 0.080 V5/6 0.138 V5/6 0.104 V5/6 0.095 V5/6 0.134 V5/6 0.116
DMSO, PHA, STINGa V2/3 0.087 V2/3 0.096 V2/3 0.124 V2/3 0.087 V2/3 0.114 V2/3 0.142 V2/3 0.094 V2/3 0.123 V2/3 0.124
V3/4 0.067 V3/4 0.098 V3/4 0.120 V3/4 0.067 V3/4 0.086 V3/4 0.106 V3/4 0.103 V3/4 0.091 V3/4 0.120
V4/5 0.079 V4/5 0.111 V4/5 0.121 V4/5 0.079 V4/5 0.125 V4/5 0.122 V4/5 0.109 V4/5 0.116 V4/5 0.121
V5/6 0.107 V5/6 0.146 V5/6 0.132 V5/6 0.107 V5/6 0.168 V5/6 0.112 V5/6 0.093 V5/6 0.163 V5/6 0.132
DMSO, PMAi, VOR V2/3 0.119 V2/3 0.116 V2/3 0.158 V2/3 0.099 V2/3 0.168 V2/3 0.153 V2/3 0.160 V2/3 0.145 V2/3 0.154
V3/4 0.143 V3/4 0.098 V3/4 0.163 V3/4 0.118 V3/4 0.138 V3/4 0.176 V3/4 0.162 V3/4 0.119 V3/4 0.191
V4/5 0.171 V4/5 0.122 V4/5 0.136 V4/5 0.221 V4/5 0.160 V4/5 0.166 V4/5 0.195 V4/5 0.139 V4/5 0.151
V5/6 0.200 V5/6 0.110 V5/6 0.160 V5/6 0.325 V5/6 0.152 V5/6 0.260 V5/6 0.265 V5/6 0.135 V5/6 0.214
DMSO, PMAi, ROM V2/3 0.120 V2/3 0.091 V2/3 0.158 V2/3 0.113 V2/3 0.189 V2/3 0.164 V2/3 0.157 V2/3 0.150 V2/3 0.160
V3/4 0.147 V3/4 0.150 V3/4 0.148 V3/4 0.115 V3/4 0.164 V3/4 0.176 V3/4 0.159 V3/4 0.154 V3/4 0.181
V4/5 0.186 V4/5 0.111 V4/5 0.149 V4/5 0.233 V4/5 0.157 V4/5 0.175 V4/5 0.208 V4/5 0.138 V4/5 0.162
V5/6 0.205 V5/6 0.110 V5/6 0.161 V5/6 0.338 V5/6 0.159 V5/6 0.260 V5/6 0.274 V5/6 0.134 V5/6 0.214
DMSO, PMAi, PEP005 V2/3 0.149 V2/3 0.089 V2/3 0.169 V2/3 0.187 V2/3 0.151 V2/3 0.175 V2/3 0.175 V2/3 0.122 V2/3 0.171
V3/4 0.143 V3/4 0.122 V3/4 0.172 V3/4 0.171 V3/4 0.167 V3/4 0.206 V3/4 0.190 V3/4 0.144 V3/4 0.191
V4/5 0.152 V4/5 0.118 V4/5 0.123 V4/5 0.199 V4/5 0.159 V4/5 0.154 V4/5 0.175 V4/5 0.138 V4/5 0.149
V5/6 0.185 V5/6 0.105 V5/6 0.160 V5/6 0.318 V5/6 0.153 V5/6 0.261 V5/6 0.254 V5/6 0.135 V5/6 0.214
DMSO, PMAi, AZD V2/3 0.122 V2/3 0.124 V2/3 0.163 V2/3 0.109 V2/3 0.156 V2/3 0.147 V2/3 0.140 V2/3 0.147 V2/3 0.154
V3/4 0.138 V3/4 0.098 V3/4 0.189 V3/4 0.101 V3/4 0.149 V3/4 0.192 V3/4 0.165 V3/4 0.120 V3/4 0.210
V4/5 0.178 V4/5 0.132 V4/5 0.142 V4/5 0.231 V4/5 0.166 V4/5 0.174 V4/5 0.203 V4/5 0.147 V4/5 0.157
V5/6 0.198 V5/6 0.133 V5/6 0.163 V5/6 0.330 V5/6 0.166 V5/6 0.265 V5/6 0.267 V5/6 0.152 V5/6 0.218
DMSO, PMAi, IBET V2/3 0.117 V2/3 0.075 V2/3 0.161 V2/3 0.107 V2/3 0.145 V2/3 0.147 V2/3 0.142 V2/3 0.130 V2/3 0.153
V3/4 0.137 V3/4 0.096 V3/4 0.172 V3/4 0.103 V3/4 0.137 V3/4 0.182 V3/4 0.161 V3/4 0.109 V3/4 0.198
V4/5 0.166 V4/5 0.123 V4/5 0.131 V4/5 0.221 V4/5 0.168 V4/5 0.169 V4/5 0.192 V4/5 0.145 V4/5 0.150
V5/6 0.176 V5/6 0.117 V5/6 0.160 V5/6 0.301 V5/6 0.155 V5/6 0.250 V5/6 0.241 V5/6 0.139 V5/6 0.208
DMSO, PMAi, STINGa V2/3 0.133 V2/3 0.108 V2/3 0.161 V2/3 0.101 V2/3 0.135 V2/3 0.150 V2/3 0.117 V2/3 0.130 V2/3 0.154
V3/4 0.135 V3/4 0.095 V3/4 0.197 V3/4 0.122 V3/4 0.141 V3/4 0.221 V3/4 0.177 V3/4 0.111 V3/4 0.218
V4/5 0.161 V4/5 0.143 V4/5 0.135 V4/5 0.217 V4/5 0.173 V4/5 0.164 V4/5 0.187 V4/5 0.155 V4/5 0.158
V5/6 0.184 V5/6 0.144 V5/6 0.161 V5/6 0.302 V5/6 0.185 V5/6 0.255 V5/6 0.245 V5/6 0.169 V5/6 0.211
a

Pairwise variation of geNorm (Vn/n+1) in data set composed of three conditions (DMSO plus PHA/PMAi plus one LRA) from PBMCs, CD4+ T cells, or both, and after 6 h, after 24 h, or both. A Vn/n+1 value of <0.15 indicates that the inclusion of an additional RG is not required, together with the evaluation of the downward trend. Vn/n+1 chosen is highlighted in boldface font.