TABLE 1.

Primers and probes

Target (accession no.)	Primer or probe	Sequence (5′–3′)
CTRL1	Forward primer	AGCCAAGTTAACGGGCTACG
Reverse primer	ATGCCAGCCCAACAAAATC
Probe	CCTTCGGGAATGGGACTGG
CTRL2	Forward primer	CCGCGGCTCTGTGGTTA
Reverse primer	GGATGCGTGGGAGTGGG
Probe	ACACCAGAGCCTGCCCAACATGGCA
CTam	Forward primer	GCTGCCACAGGTGAAACC
Reverse primer	TGTAGCAGGAGCGGTGTG
Probe	ACCTGCCCAACAACACAACT
CTRS1/2	Forward primer	GCCCCTCGAATAAACAACGCTA
Reverse primer	GTTGTGGACTGGGAAGGCGC
Probe	GGTTGTTGCCGTTTATTGCG
CTRS3	Forward primer	ATCGCATCGGAAAGGGACACG
Reverse primer	CCAAGGTGCTTACCCGTGCAAA
Probe	ACAGAAACCCACCGGTCCGCCTTT
Tsix Site A (AJ421479)	Forward primer	CGCAGGGCAGCCAGAA
Reverse primer	TCTGGTGTTATCCCTTCCTGTCTT
Probe	CAGCCATTCACAATCC
MT498 (NT_039554)	Forward primer	TACAAGATGCAAGTCTAGATATTTTAAGTCTATGTAT
Reverse primer	ACACACACACACACACACACA
Probe	CACACACACACAAACAC
LAT	Forward primer	ACCCACGTACTCCAAGAAGGC
Reverse primer	TAAGACCCAAGCATAGACAGCCA
Probe	TCCCACCCCGCCTGTGTTTTT
DNA Pol	Forward primer	AGAGGGACATCCAGGACTTTGT
Reverse primer	CAGGCGCTTGTTGGTGTA
Probe	ACCGCCGAACTGAGCG