Supplementary Table IV.

State-wise list with clade information

Clade	Nextstrain	Lineage	Andhra Pradesh	Assam	Bihar	Delhi	Gujarat	Haryana	Jammu and Kashmir	Karnataka	Kerala	Ladakh
G	19A	B				1	2
		B.1				2	3
		B.1.1
		B.1.113				5
		B.1.36					1
		B.1.80
		B.6
	20A	B
		B.1				2	134	2		13
		B.1.1					2			1
		B.1.102						1
		B.1.107
		B.1.11
		B.1.113				6	7	1
		B.1.36					3
		B.1.5
		B.1.79
		B.1.80					34			21
		B.1.86
		B.1.87				2
		B.1.95
	20B	B.1
		B.1.1					1
		B.1.113					2
	Blank	B.1								3
		B.1.1								2
		B.1.5								1
		B.1.80								6
GH	20A	B.1				2	12			1
		B.1.113				11	219	26		16
		B.1.36				1	85			4
		B.1.80					2
	20C	B.1				2	2	1
		B.1.1.8
		B.1.26
	Blank	B.1								4
		B.1.113								2
		B.1.36								3
GR	20B	B.1
		B.1.1				7	4	4		74
		B.1.1.28
		B.1.1.31								1
		B.1.1.32					7	1		3
		B.1.1.8	1
	Blank	B.1.1								17
		B.1.1.10								1
		B.1.1.32								3
L	19A	B									1
		B.4					3
		B.6				1	1			2
O	19A	A.3				1
		B					1			1
		B.1				9	1			6
		B.1.1				2				2
		B.1.113				5
		B.4							1	9		6
		B.6	2	2	6	195	11	11	1	48
	19B	A
		A.7
		B.1
		B.1.1
	20A	B					1
		B.1					1	3		1
		B.1.113				2	3	2
		B.1.36					1	1
	20B	B.1
		B.1.1				2		1
		B.1.1.32
	Blank	B.1								1
		B.1.1								2
		B.1.80								2
		B.6						1		1
S	19B	A					17			3	1
		A.1				1
		A.2				1
		A.7
		A.9
		B.1					1			1
		B.2
V	19A	B.2.1				2
Total			3	2	6	263	560	55	2	255	2	6
Clade	Madhya Pradesh	Maharashtra	Odisha	Punjab	Rajasthan		Tamil Nadu	Telangana	Uttar Pradesh	Uttarakhand	West Bengal	Total
G		1										4
			3									8
			1									1
												5
												1
		2										2
			1									1
		1										1
	22	24	33	1		1		19	10	6	124	391
		1										4
												1
											1	1
									1		1	2
												14
			1									4
		3							1		3	7
			1									1
	2	34	9					6	1	9	6	122
									1			1
	4											6
											11	11
			2									2
		1	1								5	8
												2
												3
												2
												1
												6
GH		1						3	2	2		23
		12	7					11	13	18	2	335
	1	14	14				1	27		1	4	152
												2
												5
								1				1
			4					2				6
												4
												2
												3
GR		1										1
		63	40	2			15	124	9	20	3	365
		1										1
		2										3
		321	16					168		9	7	532
								191				192
												17
												1
												3
	L	2		2				2			3	10
												3
	1		1				3					9
O												1
	1	1	1	1	1				1	1	8	17
	2	1	6				1				5	31
		4	5									13
												5
		5					1					22
	8	42	31	6	4		20	80	19	2	11	499
			3									3
			6									6
			1									1
			1									1
												1
	2		5								6	18
			1							1		9
												2
		1										1
		1	3								1	8
		4										4
												1
												2
												2
												2
S		3	14							1	12	51
			1									2
												1
		6	11									17
			3								3	6
												2
		1										1
V		1										3
Total	45	553	227	10	6		36	639	58	70	216	3014