Table 5.
Comparison of the TBDCapSeq performance to qPCR on serially diluted B. burgdorferi N40 strain.
| LYM-841 | LYM-842 | LYM-843 | LYM-844 | LYM-845 | LYM-846 | LYM-847 | LYM-849 | LYM-850 | Extraction control | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | flaB qPCR Ct | ospA qPCR Ct | |
| 23.64 | 20.4 | 28.58 | 24.66 | 32.65 | 29.48 | 33.95 | 31.51 | 36.54 | 33.4 | 39.84 | 36.65 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | |
| Raw Reads | 35,063,602 | 22,486,207 | 16,710,629 | 23,554,898 | 19,813,832 | 18,287,462 | 17,456,214 | 19,060,206 | 18,835,547 | 18,978,900 | ||||||||||
| Filtered reads | 27,287,508 | 16,310,431 | 11,124,968 | 16,189,953 | 13,617,696 | 12,295,407 | 10,615,240 | 13,187,179 | 12,985,727 | 13,215,357 | ||||||||||
| Reads mapped to B31 | 11,268,361 | 1,001,704 | 57,908 | 10,826 | 4954 | 491 | 73 | 35* | 45* | 32* | ||||||||||
| % of reads mapped to B31 | 41.382 | 6.153 | 0.522 | 0.067 | 0.036 | 0.004 | 0.001 | 0 | 0 | 0 | ||||||||||
| Genomic Segment | Mapped reads (% coverage) | |||||||||||||||||||
| cp32-1 | 44,225 (94.41) | 4449 (91.58) | 318 (71.82) | 51 (26.73) | 29 (18.75) | 1 (0.46) | 2 (0.46) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| cp32-3 | 63,853 (97.82) | 6482 (96.34) | 399 (74.48) | 75 (26.37) | 42 (19.53) | 7 (1.86) | 1 (.047) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| cp-32-4 | 75,778 (95.07) | 7811 (93.78) | 546 (73.9) | 99 (30.35) | 81 (19.50) | 3 (1.41) | 1 (0.47) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| cp32-6 | 106,855 (90.73) | 10,875 (88.53) | 771 (75.0) | 119 (32.55) | 63 (20.16) | 4 (1.42) | 0 | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| cp32-7 | 43,573 (94.3) | 4750 (92.13) | 311 (68.99) | 71 (26.35) | 34 (14.34) | 1 (1.38) | 0 | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| cp32-8 | 43,055 (96.57) | 4351 (94.15) | 371 (72.19) | 48 (27.67) | 34 (17.30) | 2 (0.92) | 3 (0.46) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| cp32-9 | 76,973 (904.82) | 7672 (93.71) | 632 (73.78) | 82 (28.73) | 56 (19.38) | 5 (0.93) | 0 | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp21 | 3,980 (15.03) | 356 (13.76) | 12 (9.94) | 0 | 0 | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp56 | 153,761 (69.57) | 14,724 (67.47) | 1030 (52.87) | 191 (21.47) | 97 (13.83) | 5 (1.20) | 0 | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp5 | 10,735 (45.83) | 729 (44.17) | 79 (32.48) | 8 (13.01) | 9 (10.35) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| CHR | 7,521,512 (99.23) | 677,488 (99.12) | 38,572 (60.80) | 7251 (15.61) | 3171 (8.13) | 330 (0.90) | 52 (0.16) | 35 (0.04) | 45 (0.04) | 31 (0.04) | ||||||||||
| lp17 | 720,149 (99.4) | 56,660 (99.31) | 3196 (95.81) | 662 (60.04) | 383 (39.14) | 38 (4.49) | 3 (0.84) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp25 | 340,478 (100) | 26,586 (99.8) | 1584 (74.39) | 244 (21.15) | 185 (16.74) | 12 (1.15) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp28-1 | 8018 (10.46) | 534 (8.04) | 45 (3.04) | 8 (0.83) | 0 (0) | 1 (6.79) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp28-2 | 505,520 (99.72) | 42,815 (99.64) | 2115 (72.49) | 246 (16.71) | 192 (17.80) | 33 (3.30) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp28-3 | 176,090 (86.8) | 14,477 (85.84) | 615 (45.17) | 280 (24.52) | 27 (5.73) | 34 (2.85) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp28-4 | 220,059 (91.96) | 17,158 (91.6) | 1034 (64.07) | 328 (23.01) | 27 (5.88) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp36 | 82,139 (34.98) | 6399 (32.37) | 380 (20.54) | 51 (5.78) | 31 (2.45) | 0 (0) | 11 (0.71) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp38 | 5485 (9.98) | 404 (9.47) | 13 (6.48) | 7 (2.53) | 0 | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| lp54 | 724,635 (97.87) | 62,690 (97.45) | 3731 (76.25) | 739 (26.62) | 380 (17.78%) | 15 (1.06) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (0.27) | ||||||||||
| cp26 | 339,463 (98.74) | 34,089 (97.41) | 2128 (78.52) | 266 (18.39) | 113 (10.13) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
| cp9 | 2025 (27.17) | 205 (21.32) | 26 (14.26) | 0 | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||||||||||
*All reads mapped to non-Borrelia 16S rRNA.
NA = no amplification.