TABLE 4.

Distribution of Salmonella pathogenicity island (SPIs) in seven representative genomes of Salmonella isolates (Identity threshold: 95%, minimum length: 60%).

Salmonella strain	CFSA231	CFSA629	LT2	14028S	DT104	D23580	4/74	CT18	Ty2
Serotype	Derby	Typhimurium	Typhimurium	Typhimurium	Typhimurium	Typhimurium	Typhimurium	Typhi	Typhi
MLST type	ST40	ST34	ST19	ST19	ST19	ST313	ST19	ST2	ST1
Accession number	CP033350.2	CP033352.2	NC_003197.2	NC_016856.1	NC_022570.1	LS997973.1	NC_016857.1	NC_003198.1	NC_004631.1
SPI-1	−	+	+	+	+	+	+	+	+
SPI-2	+	+	+	+	+	+	+	+	+
SPI-3	+	+	+	+	+	+	+	+	+
SPI-4	+	+	+	+	+	+	+	+	+
SPI-5	−	+	+	+	+	+	+	+	+
SPI-6	−	−	−	−	−	−	−	+	−
SPI-7	−	−	−	−	−	−	−	+	+
SPI-8	−	−	−	−	−	−	−	+	+
SPI-9	−	−	−	−	−	−	−	+	+
SPI-10	−	−	−	−	−	−	−	+	+
SPI-11	−	−	−	−	−	−	−	−	−
SPI-12	−	−	−	−	−	−	−	+	+
SPI-13	−	+	+	+	+	+	+	−	−
SPI-14	−	+	+	+	+	+	+	−	−
C63PI	+	+	+	+	+	+	+	−	−