Table 1.
Minimum and maximum number of host shifts thought different clades of Orthocoronavirinae. Clades listed here are indicated in Figs 1, 2 and 3, which also include transformations that are found in all the best heuristic solutions from parsimony analysis. Empty cells indicate zero transformations. When the number of transformations is sensitive to tree topology and optimization strategy, the cells indicate the minimum and the maximum number of expected transformations. This table is divided into eight parts: (A) Complete phylogeny of Orthocoronavirinae; (B) Alphacoronavirus; (C) Betacoronavirus; (D) The clade that includes both HCoV‐HKU1 and HCoV‐OC43 betacoronaviruses; (E) Viruses related to SARS‐CoV, SARS‐CoV‐2 and MERS‐CoV; (F) SARS‐CoV and related viruses; (G) SARS‐CoV‐2 and related viruses; and (H) MERS‐CoV and related viruses
| To | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (Ar) | (Av) | (Ca) | (Ch) | (Eu) | (Hu) | (La) | (Pe) | (Ph) | (Pr) | (Ro) | ||
| (A) Orthocoronavirinae | ||||||||||||
| From | (Ar)tiodactyla | — | 2 | 17–22 | 0–1 | 0–1 | ||||||
| (Av)es | — | 0–1 | 0–1 | |||||||||
| (Ca)rnivora | 1 | — | 0–1 | |||||||||
| (Ch)iroptera | 3–4 | 1 | — | 1 | 3–5 | 1 | 0–2 | |||||
| (Eu)lipotyphla | — | |||||||||||
| (Hu)mans | 9–14 | 6–7 | 0–1 | — | 1 | 0–1 | ||||||
| (La)gomorpha | 0–1 | — | 0–1 | |||||||||
| (Pe)rissodactyla | 0–1 | 0–1 | — | |||||||||
| (Ph)olidota | — | |||||||||||
| (Pr)imates | — | |||||||||||
| (Ro)dentia | 4–5 | 1 | 0–2 | 0–1 | 0–1 | 0–1 | — | |||||
| (B) Alphacoronavirus | ||||||||||||
| From | (Ar)tiodactyla | — | 1 | 0–1 | ||||||||
| (Av)es | — | |||||||||||
| (Ca)rnivora | 1 | — | ||||||||||
| (Ch)iroptera | 2–3 | 1 | — | 1–2 | ||||||||
| (Eu)lipotyphla | — | |||||||||||
| (Hu)mans | 0–1 | 0–1 | — | |||||||||
| (La)gomorpha | — | |||||||||||
| (Pe)rissodactyla | — | |||||||||||
| (Ph)olidota | — | |||||||||||
| (Pr)imates | — | |||||||||||
| (Ro)dentia | 1 | — | ||||||||||
| (C) Betacoronavirus | ||||||||||||
| From | (Ar)tiodactyla | — | 1 | 17–21 | 0–1 | 0–1 | ||||||
| (Av)es | — | |||||||||||
| (Ca)rnivora | — | 0–1 | ||||||||||
| (Ch)iroptera | 1 | — | 1 | 2 | 1 | 0–1 | ||||||
| (Eu)lipotyphla | — | |||||||||||
| (Hu)mans | 9–13 | 6–7 | 0–1 | — | 1 | 0–1 | ||||||
| (La)gomorpha | 0–1 | — | 0–1 | |||||||||
| (Pe)rissodactyla | 0–1 | 0–1 | — | |||||||||
| (Ph)olidota | — | |||||||||||
| (Pr)imates | — | |||||||||||
| (Ro)dentia | 4–5 | 1 | 0–1 | 0–1 | 0–1 | — | ||||||
| (D) HKU1/OC43 | ||||||||||||
| From | (Ar)tiodactyla | — | 1 | 2 | 0–1 | 0–1 | ||||||
| (Av)es | — | |||||||||||
| (Ca)rnivora | — | |||||||||||
| (Ch)iroptera | — | |||||||||||
| (Eu)lipotyphla | — | |||||||||||
| (Hu)mans | — | 1 | 1 | |||||||||
| (La)gomorpha | 0–1 | — | 0–1 | |||||||||
| (Pe)rissodactyla | 0–1 | 0–1 | — | |||||||||
| (Ph)olidota | — | |||||||||||
| (Pr)imates | — | |||||||||||
| (Ro)dentia | 4–5 | 1 | 0–1 | 0–1 | — | |||||||
| (E) SARS‐/MERS‐related | ||||||||||||
| From | (Ar)tiodactyla | — | 15–19 | |||||||||
| (Av)es | — | |||||||||||
| (Ca)rnivora | — | 0–1 | ||||||||||
| (Ch)iroptera | 1 | — | 2 | |||||||||
| (Eu)lipotyphla | — | |||||||||||
| (Hu)mans | 9–13 | 6–7 | — | |||||||||
| (La)gomorpha | — | |||||||||||
| (Pe)rissodactyla | — | |||||||||||
| (Ph)olidota | — | |||||||||||
| (Pr)imates | — | |||||||||||
| (Ro)dentia | — | |||||||||||
| (F) SARS‐CoV‐related | ||||||||||||
| From | (Ar)tiodactyla | — | ||||||||||
| (Av)es | — | |||||||||||
| (Ca)rnivora | — | 0–1 | ||||||||||
| (Ch)iroptera | — | 1 | ||||||||||
| (Eu)lipotyphla | — | |||||||||||
| (Hu)mans | 1 | 6–7 | — | |||||||||
| (La)gomorpha | — | |||||||||||
| (Pe)rissodactyla | — | |||||||||||
| (Ph)olidota | — | |||||||||||
| (Pr)imates | — | |||||||||||
| (Ro)dentia | — | |||||||||||
| (G) SARS‐CoV‐2‐related | ||||||||||||
| From | (Ar)tiodactyla | — | ||||||||||
| (Av)es | — | |||||||||||
| (Ca)rnivora | — | |||||||||||
| (Ch)iroptera | — | 1 | 1 | |||||||||
| (Eu)lipotyphla | — | |||||||||||
| (Hu)mans | — | |||||||||||
| (La)gomorpha | — | |||||||||||
| (Pe)rissodactyla | — | |||||||||||
| (Ph)olidota | — | |||||||||||
| (Pr)imates | — | |||||||||||
| (Ro)dentia | — | |||||||||||
| (H) MERS‐related | ||||||||||||
| From | (Ar)tiodactyla | — | 15–19 | |||||||||
| (Av)es | — | |||||||||||
| (Ca)rnivora | — | |||||||||||
| (Ch)iroptera | 1 | — | ||||||||||
| (Eu)lipotyphla | — | |||||||||||
| (Hu)mans | 8–12 | — | ||||||||||
| (La)gomorpha | — | |||||||||||
| (Pe)rissodactyla | — | |||||||||||
| (Ph)olidota | — | |||||||||||
| (Pr)imates | — | |||||||||||
| (Ro)dentia | — | |||||||||||