Table 1.

Top 40 Most Frequent Fragments in PDB Ligands

index	fraction of ligands	PubChem fragment
0	0.993599	≥4 H
9	0.975919	≥2 C
284	0.974334	C–C
283	0.974151	C–H
344	0.970676	C(~C)(~H)
18	0.958361	≥1 O
286	0.935804	C–O
352	0.933122	C(~C)(~O)
19	0.93172	≥2 O
1	0.929098	≥8 H
308	0.923185	O–H
406	0.878803	O(~C)(~H)
332	0.84765	C(~C)(~C)
366	0.828568	C(~H)(~O)
346	0.823081	C(~C)(~H)(~O)
571	0.769737	[#1]–C–O–[#1]
617	0.758215	C–C–C–O–[#1]
567	0.723831	O–C–C–O
663	0.706029	O–C–C–O–[#1]
10	0.701884	≥4 C
341	0.691642	C(~C)(~C)(~O)
639	0.664756	O–C–C–C–O
339	0.643846	C(~C)(~C)(~H)(~O)
582	0.528684	C–C–C–C–C
20	0.527647	≥4 O
637	0.499238	O–C–C–C–C
680	0.448881	O–C–C–C–C–C
405	0.443151	O(~C)(~C)
11	0.441931	≥8 C
614	0.432726	C–C–O–C–C
178	0.43236	≥1 any ring size 6
662	0.41846	O–C–C–O–C
14	0.401024	≥1 N
285	0.398829	C–N
351	0.397488	C(~C)(~N)
420	0.367677	C=O
374	0.361336	C(~H)(~H)(~H)
443	0.361153	C(–C)(=O)
390	0.360056	N(~C)(~C)
181	0.35335	≥1 saturated or aromatic heteroatom-containing ring size 6