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. Author manuscript; available in PMC: 2021 Jul 15.
Published in final edited form as: Comput Math Biophys. 2020 Feb 17;8(1):1–35. doi: 10.1515/cmb-2020-0001

Table 15:

Pearson correlation coefficients of least squares fitting Cα B-factor prediction of all proteins using 11Å cutoff. Two Bottleneck (B) and Wasserstein (W) metrics using various kernel choices are included.

B & W B W
PDB ID N Exp Lor Both Exp Lor Both Exp Lor Both
1ABA 87 0.67 0.67 0.76 0.54 0.62 0.68 0.56 0.63 0.70
1AHO 66 0.75 0.78 0.88 0.72 0.73 0.79 0.53 0.65 0.75
1AIE 31 0.97 0.88 0.99 0.78 0.64 0.90 0.90 0.77 0.96
1AKG 16 0.82 0.66 1.00 0.60 0.53 0.72 0.53 0.56 0.87
1ATG 231 0.50 0.50 0.61 0.45 0.47 0.53 0.38 0.48 0.51
1BGF 124 0.75 0.70 0.82 0.64 0.54 0.75 0.68 0.61 0.75
1BX7 51 0.86 0.74 0.89 0.79 0.68 0.82 0.81 0.69 0.82
1BYI 238 0.50 0.51 0.58 0.41 0.46 0.49 0.44 0.48 0.54
1CCR 109 0.65 0.66 0.71 0.53 0.56 0.65 0.43 0.58 0.63
1CYO 88 0.71 0.69 0.78 0.66 0.58 0.68 0.65 0.59 0.67
1DF4 57 0.93 0.92 0.97 0.92 0.89 0.95 0.88 0.91 0.94
1E5K 188 0.67 0.68 0.74 0.66 0.67 0.68 0.63 0.67 0.69
1ES5 260 0.58 0.57 0.65 0.51 0.55 0.58 0.44 0.56 0.60
1ETL 12 1.00 1.00 1.00 0.68 0.87 1.00 0.95 0.98 1.00
1ETM 12 1.00 1.00 1.00 0.45 0.74 0.86 0.70 0.83 1.00
1ETN 12 1.00 1.00 1.00 0.96 0.92 0.99 0.70 0.92 1.00
1EW4 106 0.58 0.60 0.73 0.52 0.51 0.55 0.55 0.55 0.62
1F8R 1932 0.61 0.63 0.70 0.59 0.62 0.63 0.50 0.62 0.65
1FF4 65 0.77 0.72 0.80 0.70 0.65 0.75 0.68 0.68 0.76
1FK5 93 0.53 0.59 0.71 0.49 0.50 0.58 0.49 0.50 0.55
1GCO 1044 0.63 0.64 0.66 0.59 0.63 0.63 0.53 0.63 0.65
1GK7 39 0.95 0.94 0.98 0.91 0.93 0.95 0.88 0.92 0.94
1GVD 56 0.75 0.68 0.84 0.67 0.63 0.69 0.61 0.62 0.66
1GXU 89 0.75 0.78 0.82 0.72 0.61 0.75 0.69 0.72 0.77
1H6V 2927 0.29 0.31 0.33 0.28 0.29 0.30 0.23 0.29 0.30
1HJE 13 1.00 1.00 1.00 0.72 0.79 1.00 0.67 0.57 1.00
1I71 83 0.44 0.66 0.76 0.41 0.46 0.56 0.38 0.58 0.59
1IDP 441 0.48 0.47 0.55 0.43 0.45 0.47 0.39 0.46 0.48
1IFR 113 0.65 0.59 0.73 0.56 0.54 0.65 0.47 0.53 0.62
1K8U 87 0.72 0.74 0.85 0.67 0.64 0.71 0.65 0.67 0.75
1KMM 1499 0.57 0.54 0.59 0.49 0.53 0.54 0.36 0.53 0.57
1KNG 144 0.52 0.51 0.61 0.43 0.47 0.51 0.43 0.50 0.53
1KR4 107 0.57 0.48 0.60 0.39 0.47 0.53 0.45 0.45 0.54
1KYC 15 0.96 0.99 1.00 0.92 0.93 0.99 0.88 0.88 1.00
1LR7 73 0.61 0.62 0.71 0.57 0.55 0.63 0.46 0.56 0.58
1MF7 194 0.56 0.59 0.67 0.55 0.57 0.59 0.50 0.58 0.59
1N7E 95 0.67 0.71 0.80 0.54 0.68 0.72 0.54 0.63 0.73
1NKD 59 0.73 0.69 0.89 0.56 0.58 0.63 0.55 0.65 0.75
1NLS 238 0.81 0.78 0.86 0.75 0.65 0.83 0.80 0.72 0.82
1NNX 93 0.84 0.84 0.88 0.81 0.79 0.83 0.81 0.81 0.86
1NOA 113 0.63 0.65 0.72 0.60 0.57 0.63 0.53 0.57 0.59
1NOT 13 1.00 1.00 1.00 0.82 0.86 1.00 0.86 0.81 1.00
1O06 22 0.98 0.97 1.00 0.96 0.92 0.97 0.97 0.94 0.98
1O08 221 0.46 0.48 0.56 0.44 0.42 0.50 0.37 0.45 0.48
1OB4 5 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
1OB7 5 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
1OPD 85 0.35 0.29 0.57 0.25 0.21 0.36 0.29 0.19 0.36
1P9I 29 0.89 0.88 0.98 0.87 0.82 0.92 0.87 0.84 0.89
1PEF 18 0.96 0.97 1.00 0.88 0.94 0.96 0.92 0.94 0.96
1PEN 16 0.96 0.90 1.00 0.60 0.67 0.83 0.47 0.73 0.94
1PMY 123 0.71 0.70 0.76 0.62 0.59 0.67 0.68 0.69 0.71
1PZ4 113 0.88 0.82 0.93 0.86 0.74 0.89 0.85 0.76 0.88
1Q9B 44 0.79 0.76 0.94 0.58 0.59 0.69 0.69 0.57 0.71
1QAU 112 0.59 0.61 0.66 0.57 0.55 0.58 0.55 0.57 0.58
1QKI 3912 0.38 0.42 0.45 0.34 0.38 0.41 0.32 0.38 0.40
1QTO 122 0.59 0.59 0.65 0.48 0.46 0.53 0.55 0.52 0.56
1R29 122 0.71 0.56 0.76 0.55 0.35 0.69 0.69 0.43 0.72
1R7J 90 0.88 0.86 0.91 0.83 0.76 0.87 0.81 0.79 0.86
1RJU 36 0.81 0.74 0.91 0.75 0.69 0.81 0.62 0.65 0.72
1RRO 108 0.39 0.35 0.56 0.31 0.23 0.45 0.33 0.19 0.45
1SAU 123 0.76 0.75 0.81 0.70 0.73 0.75 0.68 0.74 0.76
1TGR 111 0.77 0.76 0.83 0.72 0.70 0.74 0.74 0.73 0.75
1TZV 157 0.76 0.78 0.83 0.73 0.71 0.77 0.69 0.70 0.74
1U06 55 0.50 0.52 0.72 0.37 0.36 0.52 0.46 0.39 0.55
1U7I 259 0.71 0.71 0.73 0.62 0.68 0.70 0.53 0.67 0.71
1U9C 220 0.66 0.65 0.74 0.61 0.57 0.64 0.61 0.60 0.67
1UHA 82 0.70 0.75 0.82 0.69 0.68 0.74 0.67 0.69 0.73
1UKU 102 0.80 0.81 0.84 0.78 0.80 0.80 0.74 0.80 0.80
1ULR 87 0.56 0.53 0.68 0.49 0.50 0.59 0.44 0.50 0.61
1UOY 64 0.73 0.72 0.83 0.65 0.66 0.69 0.65 0.69 0.73
1USE 47 0.66 0.75 0.91 0.50 0.52 0.72 0.46 0.53 0.64
1USM 77 0.62 0.61 0.81 0.57 0.53 0.66 0.61 0.58 0.65
1UTG 70 0.57 0.53 0.68 0.51 0.49 0.60 0.49 0.49 0.56
1V05 96 0.67 0.66 0.72 0.60 0.61 0.65 0.52 0.61 0.65
1V70 105 0.64 0.65 0.75 0.56 0.60 0.66 0.51 0.58 0.62
1VRZ 13 1.00 1.00 1.00 0.92 0.92 1.00 0.77 0.85 1.00
1W2L 97 0.72 0.72 0.79 0.60 0.63 0.69 0.56 0.61 0.69
1WBE 206 0.53 0.47 0.63 0.43 0.38 0.55 0.36 0.42 0.48
1WHI 122 0.57 0.55 0.63 0.42 0.44 0.57 0.34 0.43 0.55
1WLY 322 0.62 0.64 0.67 0.59 0.62 0.63 0.54 0.62 0.64
1WPA 107 0.70 0.69 0.79 0.61 0.52 0.71 0.66 0.56 0.70
1X3O 80 0.66 0.66 0.72 0.62 0.60 0.65 0.62 0.64 0.67
1XY1 16 0.97 0.96 1.00 0.73 0.66 0.87 0.81 0.89 0.99
1XY2 8 1.00 1.00 1.00 0.99 0.95 1.00 0.91 0.91 1.00
1Y6X 86 0.56 0.53 0.62 0.50 0.49 0.59 0.50 0.52 0.56
1YJO 6 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
1YZM 46 0.87 0.90 0.95 0.82 0.72 0.88 0.86 0.84 0.90
1Z21 96 0.70 0.73 0.82 0.61 0.63 0.64 0.64 0.69 0.72
1ZCE 139 0.84 0.83 0.88 0.83 0.77 0.85 0.81 0.78 0.82
1ZVA 75 0.85 0.85 0.94 0.84 0.78 0.92 0.83 0.81 0.86
2A50 469 0.64 0.63 0.70 0.54 0.60 0.67 0.41 0.58 0.67
2AGK 233 0.65 0.65 0.69 0.61 0.64 0.65 0.55 0.63 0.67
2AH1 939 0.45 0.47 0.49 0.42 0.45 0.46 0.33 0.46 0.48
2B0A 191 0.59 0.60 0.69 0.50 0.58 0.62 0.48 0.59 0.63
2BCM 415 0.46 0.41 0.50 0.39 0.39 0.40 0.35 0.39 0.45
2BF9 35 0.94 0.73 0.97 0.70 0.65 0.78 0.89 0.71 0.92
2BRF 103 0.74 0.73 0.76 0.74 0.71 0.74 0.72 0.72 0.75
2C71 225 0.45 0.38 0.56 0.29 0.33 0.42 0.23 0.30 0.48
2CE0 109 0.77 0.79 0.86 0.75 0.73 0.80 0.71 0.77 0.79
2CG7 110 0.32 0.44 0.63 0.29 0.31 0.36 0.30 0.33 0.41
2COV 534 0.66 0.64 0.70 0.63 0.64 0.67 0.57 0.64 0.67
2CWS 235 0.59 0.55 0.66 0.53 0.52 0.54 0.40 0.52 0.55
2D5W 1214 0.52 0.52 0.54 0.49 0.52 0.52 0.41 0.52 0.53
2DKO 253 0.75 0.72 0.79 0.72 0.69 0.75 0.68 0.69 0.72
2DPL 565 0.35 0.36 0.41 0.30 0.32 0.35 0.24 0.33 0.37
2DSX 52 0.54 0.50 0.78 0.37 0.30 0.56 0.41 0.36 0.55
2E10 439 0.60 0.59 0.65 0.51 0.58 0.61 0.43 0.57 0.62
2E3H 81 0.66 0.71 0.82 0.62 0.69 0.76 0.56 0.69 0.78
2EAQ 89 0.81 0.77 0.86 0.78 0.72 0.81 0.77 0.76 0.82
2EHP 246 0.63 0.65 0.71 0.58 0.62 0.65 0.52 0.62 0.64
2EHS 75 0.75 0.73 0.81 0.72 0.71 0.74 0.69 0.71 0.73
2ERW 53 0.62 0.41 0.84 0.33 0.26 0.60 0.31 0.28 0.49
2ETX 390 0.54 0.54 0.57 0.52 0.53 0.56 0.47 0.51 0.54
2FB6 129 0.71 0.66 0.76 0.67 0.63 0.69 0.65 0.63 0.74
2FG1 176 0.55 0.56 0.62 0.54 0.52 0.58 0.52 0.54 0.57
2FN9 560 0.51 0.49 0.62 0.44 0.47 0.55 0.41 0.46 0.55
2FQ3 85 0.78 0.76 0.82 0.75 0.75 0.79 0.68 0.75 0.78
2G69 99 0.59 0.65 0.76 0.42 0.50 0.66 0.47 0.45 0.60
2G7O 68 0.89 0.91 0.95 0.85 0.79 0.88 0.76 0.82 0.87
2G7S 206 0.63 0.60 0.66 0.59 0.58 0.63 0.54 0.59 0.63
2GKG 150 0.77 0.71 0.83 0.74 0.65 0.78 0.76 0.67 0.78
2GOM 121 0.47 0.52 0.64 0.42 0.42 0.45 0.44 0.47 0.53
2GXG 140 0.74 0.72 0.79 0.71 0.68 0.72 0.69 0.68 0.73
2GZQ 203 0.45 0.40 0.60 0.38 0.34 0.48 0.24 0.29 0.31
2HQK 232 0.80 0.79 0.83 0.70 0.74 0.80 0.68 0.76 0.81
2HYK 237 0.59 0.58 0.63 0.51 0.55 0.59 0.43 0.54 0.60
2I24 113 0.47 0.44 0.69 0.40 0.40 0.48 0.45 0.40 0.49
2I49 399 0.54 0.53 0.62 0.43 0.51 0.56 0.41 0.49 0.58
2IBL 108 0.69 0.71 0.75 0.66 0.67 0.70 0.65 0.68 0.71
2IGD 61 0.67 0.72 0.84 0.61 0.64 0.74 0.61 0.66 0.74
2IMF 203 0.61 0.65 0.71 0.59 0.56 0.60 0.59 0.59 0.64
2IP6 87 0.72 0.66 0.82 0.66 0.58 0.73 0.64 0.64 0.78
2IVY 89 0.43 0.53 0.69 0.35 0.45 0.48 0.34 0.42 0.57
2J32 244 0.77 0.72 0.85 0.73 0.68 0.77 0.73 0.68 0.77
2J9W 203 0.59 0.60 0.70 0.55 0.59 0.64 0.51 0.59 0.62
2JKU 38 0.89 0.75 0.95 0.85 0.65 0.88 0.83 0.60 0.88
2JLI 112 0.87 0.81 0.90 0.82 0.70 0.85 0.85 0.78 0.86
2JLJ 121 0.78 0.75 0.80 0.71 0.65 0.74 0.74 0.71 0.76
2MCM 112 0.80 0.80 0.85 0.78 0.77 0.81 0.75 0.77 0.82
2NLS 36 0.75 0.66 0.88 0.61 0.32 0.76 0.49 0.47 0.69
2NR7 193 0.75 0.75 0.79 0.74 0.72 0.76 0.71 0.73 0.77
2NUH 104 0.77 0.74 0.85 0.73 0.63 0.81 0.75 0.66 0.80
2O6X 309 0.74 0.75 0.78 0.70 0.73 0.75 0.65 0.73 0.75
2OA2 140 0.63 0.64 0.70 0.55 0.49 0.60 0.60 0.63 0.67
2OHW 257 0.35 0.39 0.48 0.29 0.32 0.35 0.27 0.34 0.38
2OKT 377 0.43 0.37 0.49 0.31 0.36 0.40 0.22 0.33 0.46
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