Table 3. List of deletions found in amplicon N07 at the nucleotide level aligned under the reference sequence Wuhan Hu-1 (MN908947.3). Alignment between nucleotides 1974 and 2070 is shown. Nucleotides represented in bold red in the reference sequence indicate the S1/S2 cleavage site R (CGT) / S (AGT).

Patient MILD/SEVERE	Nucleotide alignments
MN908947	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGTATA TGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P01	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG–TATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P09	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG–TATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P05	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG–TATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P04	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG–TATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P01	CTCATATGAGTGTGACATACCCATT∼∼∼∼∼∼∼∼∼-TATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P01	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-TATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P04	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-TATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P06	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-TATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P09	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-GTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P02	CTCATATGAGTGTGACATACCCA–∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼–TTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P06	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG-∼∼∼∼∼∼∼∼∼–TAATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P06	CTCATATGAGTGTGACATACCCA–∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼–TTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P08	CTCATATGAGTGTGACA–∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼TATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P08	CTCATATGAGTGTGACA–∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼TATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P08	CTCATATGAGTGTGACA–∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼TATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P01	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG-∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼TATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P01	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGTA–∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P01	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P02	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P02	CTCATATGAGTGTGACAT-∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P03	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P04	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTG–∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P04	CTCATATGAGTGTGACATACCCATT∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P04	CTCATATGAGTGTGACAT-∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P05	CTCATATGAGTGTGACATACCCATT∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P05	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P05	CTCATATGAGTGTGACAT-∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P06	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P07	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P09	CTCATATGAGTGTGACATACCCATT∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P10	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P14	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGTA–∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P15	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGTA–∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P18	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P18	CTCATATGAGTGTGACATACCCATT∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P06	CTCATATGAGTGTGACATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼–TCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P09	CTCATATGAGTGTGACATACCCATT∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼–TCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P15	CTCATATGAGTGTG–∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼–TCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P01	CTCATA-∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼GGTGCAGG TATATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P08	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG TATATGCGCTAGTTA–AGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P11	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG TATATGCGCTAGTT—AGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P11	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG TATATGCGCTAGTT—AGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA
P04	CTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGG TATATGCGCTAGTT–∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼-ATTCTCCTCGGCGGGCACGT/AGTGTAGCTAGTCAA