Table 1.
Responses to the HLA-A2-restricted, SARS-CoV-2-derived peptides used and homology with HCoVs.
| Antigen | Responders | Literature | % of homology with HCoV | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Prot. | Code | Tot, n=19 | Mid, n=10 | Old, n = 9 | Reported Frequency a | NL63 | 229E | OC43 | HKU1 |
| E | SLV | 8 | 7 | 1 | Not tested | 22.2 | 22.2 | 44.4 | 44.4 |
| M | KLL | 4 | 4 | 0 | N (14) | 33.3 | 33.3 | 44.4 | 33.3 |
| L (15) | |||||||||
| L (16) | |||||||||
| M | TLA | 6 | 6 | 0 | N (17) | 20 | 20 | 20 | 10 |
| N (18) | |||||||||
| M | GLM | 5 | 3 | 2 | N (16) | 33.3 | 44.4 | 44.4 | 33.3 |
| L (19) | |||||||||
| N | ALN | 5 | 4 | 1 | N (20) | 11.1 | 22.2 | 66.6 | 44.4 |
| N (17) | |||||||||
| N | LQL | 2 | 1 | 1 | N (20) | 22.2 | 44.4 | 44.4 | 44.4 |
| N (17) | |||||||||
| N (14) | |||||||||
| N | LAL | 4 | 1 | 3 | N (20) | 22.2 | 22.2 | 11.1 | 11.1 |
| L (17) | |||||||||
| H (21) | |||||||||
| N | LLL | 5 | 5 | 0 | N (20) | 22.2 | 22.2 | 11.1 | 11.1 |
| N (18) | |||||||||
| N (21) | |||||||||
| L (17) | |||||||||
| L (4) | |||||||||
| L (6) | |||||||||
| L (16) | |||||||||
| H (14) | |||||||||
| N | RLN | 3 | 3 | 0 | Not tested | 0 | 11.1 | 11.1 | 11.1 |
| N | GMS | 4 | 3 | 1 | L (33) | 11.1 | 11.1 | 22.2 | 11.1 |
| L (17) | |||||||||
| L (15) | |||||||||
| L (16) | |||||||||
| N | ILL | 4 | 3 | 1 | L (20) | 22.2 | 11.1 | 33.3 | 22.2 |
| RdRp | NLI | 3 | 2 | 1 | N (6) | 44.4 | 22.2 | 44.4 | 44.4 |
| RdRp | YTM | 4 | 3 | 1 | L (15) | 80 | 70 | 80 | 80 |
| RdRp | SLL | 2 | 2 | 0 | Not tested | 55.5 | 33.3 | 55.5 | 55.5 |
| RdRp | KIF | 3 | 3 | 0 | Not tested | 70 | 70 | 90 | 90 |
| RdRp | RLA | 2 | 0 | 2 | Not tested | 77.7 | 77.7 | 100 | 100 |
| RdRp | YLP | 4 | 4 | 0 | Not tested | 100 | 81.8 | 81.8 | 100 |
| RdRp | LMI | 3 | 2 | 1 | N (17) | 55.5 | 55.5 | 88.8 | 88.8 |
| RdRp | MLD | 7 | 6 | 1 | Not tested | 44.4 | 44.4 | 66.6 | 66.6 |
| S | TLD | 6 | 4 | 2 | N (14) | 11.1 | 0 | 11.1 | 0 |
| L (16) | |||||||||
| S | YLQ | 5 | 4 | 1 | L (16) | 0 | 0 | 44.4 | 44.4 |
| H (22) | |||||||||
| H (4) | |||||||||
| H (15) | |||||||||
| H (6) | |||||||||
| H (18) | |||||||||
| S | KIA | 7 | 5 | 2 | N (42) | 22.2 | 11.1 | 22.2 | 33.3 |
| L (22) | |||||||||
| S | KLP | 6 | 4 | 2 | N (16) | 22.2 | 33.3 | 22.2 | 22.2 |
| L (22) | |||||||||
| S | SII | 5 | 2 | 3 | N (22) | 0 | 0 | 11.1 | 22.2 |
| L (15) | |||||||||
| L (19) | |||||||||
| L (16) | |||||||||
| S | LLF | 6 | 5 | 1 | N (16) | 55.5 | 33.3 | 66.6 | 66.6 |
| L (22) | |||||||||
| S | ALN | 4 | 2 | 2 | N (20) | 66.6 | 55.5 | 66.6 | 66.6 |
| N (17) | |||||||||
| N (18) | |||||||||
| L (22) | |||||||||
| S | VLN | 4 | 3 | 1 | N (17) | 33.3 | 33.3 | 66.6 | 66.6 |
| N (16) | |||||||||
| L (22) | |||||||||
| H (15) | |||||||||
| H (19) | |||||||||
| S | RLD | 4 | 3 | 1 | N (16) | 44.4 | 44.4 | 66.6 | 66.6 |
| S | RLQ | 2 | 2 | 0 | N (18) | 44.4 | 44.4 | 55.5 | 55.5 |
| L (16) | |||||||||
| H (22) | |||||||||
| S | HLM | 4 | 4 | 0 | L (16) | 44.4 | 33.3 | 44.4 | 44.4 |
| S | VVF | 1 | 1 | 0 | N (6), | 33.3 | 44.4 | 44.4 | 33.3 |
| L (16) | |||||||||
| S | RLN | 5 | 4 | 1 | N (17) | 11.1 | 22.2 | 55.5 | 33.3 |
| N (16) | |||||||||
| N (18) | |||||||||
| L (22) | |||||||||
| S | NLN | 4 | 3 | 1 | N (22) | 33.3 | 55.5 | 55.5 | 55.5 |
| N (17) | |||||||||
| N (16) | |||||||||
| S | FIA | 2 | 1 | 1 | N (16) | 0 | 33.3 | 11.1 | 11.1 |
| N (14) | |||||||||
| N (20) | |||||||||
| N (17) | |||||||||
| L (22) | |||||||||
| L (18) | |||||||||
| H (19) | |||||||||
| ORF3a | ALS | 3 | 2 | 1 | N (16) | 33.3 | NA b | NA | NA |
| L (6) | |||||||||
| H (14) | |||||||||
| ORF3a | LLY | 6 | 2 | 4 | N (16) | 11.1 | NA | NA | NA |
| H (17) | |||||||||
| H (4) | |||||||||
| H (6) | |||||||||
| ORF6 | HLV | 5 | 3 | 2 | L (19) | NA | NA | NA | NA |
a
Reported frequencies were calculated as follows:
None, N (tested but no responses were detected in SARS-CoV-2-positive individuals); Low, L (>0%, <33% of responses detected in SARS-CoV-2-positive individuals); High, H (>33% of responses detected in SARS-CoV-2-positive individuals).
b
NA, not applicable.