Table 2.
Taxonomy and functional annotations identified in each MAG.
| MAG | Taxonomy | Sulfate ↔ sulfite | Sulfite ↔ H2S | Thiosulfate → sulfite | Sulfur oxidation | Ammonia monooxygenase | Methane monooxygenase | NO3 → NO2 | NO2 → NO | NO → N2O | N2O → N2 | Arsenite oxidase | Arsenate reductase | Arsenic resistance | ||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sat | aprA | aprB | dsrA | dsrB | dsrC | asrA | asrB | asrC | phsA | phsB | phsC | soxA | soxB | soxE | soxF | soxX | soxY | soxZ | sqr | amoAB | pmoAB | narG | narH | napA | napB | nirK | nirS | norCB (P) | norQ | nosZ | aioAB | arrA | arsC | arsM | ||
| BH1 | TCS55 (Marinisomatota) | X | X | X | X | X | X | X | X | |||||||||||||||||||||||||||
| BH2 | Porticoccaceae (Gammaproteobacteria) | X | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH3 | Marine group III (Thermoplasmatota) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH4 | Marine group IIb-O1 (Thermoplasmatota) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH5 | Nitrosomonadaceae (Gammaproteobacteria) | X | X | X | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH6 | Puniceispirillaceae (Alphaproteobacteria) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH7 | Microtrichales (Actinobacteriota) | X | X | X | X | X | ||||||||||||||||||||||||||||||
| BH8 | Microtrichales (Actinobacteriota) | X | X | X | X | X | X | |||||||||||||||||||||||||||||
| BH9 | Methylomonadaceae (Gammaproteobacteria) | X | X | X | X | X (2) | X | X | ||||||||||||||||||||||||||||
| BH10 | Gammaproteobacteria | X | X(2) | X(2) | X | X | X (2) | X | X | |||||||||||||||||||||||||||
| BH11 | Marine group IIb-O1 (Thermoplasmatota) | X | X | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH12 | Marine group IIb-O1 (Thermoplasmatota) | X | X | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH13 | Marine group IIb-O1 (Thermoplasmatota) | X | X | w | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH14 | Nitrincolaceae (Gammaproteobacteria) | X | X | X | X | X | ||||||||||||||||||||||||||||||
| BH15 | Thalassoarchaeaceae (Thermoplasmatota) | X | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH16 | Microtrichales (Actinobacteriota) | X | X | X | X | |||||||||||||||||||||||||||||||
| BH17 | Myxococcota | X | X | X (2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH18 | Phycisphaerales (Planctomycetota) | X | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH19 | Nitrosopumilus (Thaumarchaeota) | X | X | X | X | X | X | |||||||||||||||||||||||||||||
| BH20 | Thioglobaceae (Gammaproteobacteria) | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | ||||||||||||||||
| BH21 | Woesearchaeota | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH22 | Patescibacteria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH23 | Bacteroidales (Bacteroidota) | X | X | X | X | X | X | X | ||||||||||||||||||||||||||||
| BH24 | Rhodospirillales (Alphaproteobacteria) | X | X | X | X | X | X | X | X | X (2) | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X (2) | X | X | X (2) | X | X | |||||||||||
| BH25 | Bacteroidales (Bacteroidota) | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | X | |||||||||||||||||||||||
| BH26 | Marinisomatota | X | X | X | X (2) | X | X | X | X | X | ||||||||||||||||||||||||||
| BH27 | Marinisomatota | X | X | X | X (2) | X | ||||||||||||||||||||||||||||||
| BH28 | Patescibacteria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BH29 | Marinisomatota | X | X | X | X (2) | X | X | X | ||||||||||||||||||||||||||||
| BH30 | NaphS2 (Desulfobacterota) | X | X (2) | X | X | X | X | X | X (2) | X | X (2) | X | X | X | X | X (2) | ||||||||||||||||||||
| BH31 | Myxococcota | X | X | X | X | X | X | X | X (6) | |||||||||||||||||||||||||||
The biochemical process associated with each gene is provided by headers in bold, with individual genes in the pathway listed below. The presence of a gene is marked by an “X” with the number of copies, if applicable, in parentheses. Pathways include reduction and/or oxidation of sulfur, nitrogen, and arsenic species, as well as arsenic resistance. Arrows are bidirectional when it is unknown from the gene in which direction the process is favored.