Table 2.
Genes are ranked based on the mediator score from the final ranked gene list across all tumor nodules. The top 5% ranked genes are shown, excluding the ones with a FDR adjusted P-value > 0.05 after the random permutation test. For each gene, the gene name and type are given. For each tumor nodule, +1 denotes upregulation at the RNA, proteome or phosphoproteome levels. Similarly, -1 denotes downregulation. If empty, the gene’s, protein’s or phosphosite’s levels did not change significantly between tumor nodules and control samples
| Gene type | RNA(+1 significant upregulation, -1 significant downregulation (compared to normal samples)) | PROTEOME(+1 significant upregulation, -1 significant downregulation (compared to normal samples)) | PHOSPHOPROTEOME(number of phosphosites upregulated/number of phosphosites downregulated) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Mouse1-N1 | Mouse1-N2 | Mouse1-N3 | Mouse2-N1 | Mouse2-N2 | Mouse2-N3 | Mouse3-N1 | Mouse3-N2 | Mouse3-N3 | Mouse4-N1 | Mouse4-N2 | Mouse4-N3 | Mouse1-N1 | Mouse1-N2 | Mouse1-N3 | Mouse2-N1 | Mouse2-N2 | Mouse2-N3 | Mouse3-N1 | Mouse3-N2 | Mouse3-N3 | Mouse4-N1 | Mouse4-N2 | Mouse4-N3 | Mouse1-N1 | Mouse1-N2 | Mouse1-N3 | Mouse2-N1 | Mouse2-N2 | Mouse2-N3 | Mouse3-N1 | Mouse3-N2 | Mouse3-N3 | Mouse4-N1 | Mouse4-N2 | Mouse4-N3 | ||
| phosphatase | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | ||||||||||||||||||||||||||
| transcription activator | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | 1/0 | 1/0 | ||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | -1 | 1/0 | 1/0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | -1 | -1 | -1 | -1 | 1/0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcriptional regulator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| transcriptional inhibitor | -1 | -1 | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | 1/0 | 0/1 | 2/0 | 1/0 | |||||||||||||||||||||
| arginase | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | 0/1 | 0/2 | 0/1 | 0/2 | |||||||||||
| E3 ubiquitin protein ligase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| deacetylase | -1 | -1 | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | -1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| growth factor | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||
| growth factor | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | ||||||||||||||||||||
| transcription factor | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | 1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | 1/0 | 1/2 | 3/0 | 3/0 | 3/0 | 2/0 | ||||||||||||||
| kinase | -1 | 1 | 1 | 1 | 0/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcriptional repressor | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | ||||||||||||||||||||||||||
| deacetylase | 1/0 | 1/0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| methyltransferase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | ||||||||||||||||||||
| transcription factor | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| S-transferase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | 1/0 | 2/0 | 1/0 | ||||||||||||||
| cyclin | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| chloride intracellular channel | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| kinase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | 1/0 | 1/0 | 1/0 | ||||||||||||||
| kinase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| growth factor | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||
| chromatin-binding factor | -1 | 1 | 0/1 | 0/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcription factor (forkhead family) | -1 | -1 | 1/0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | -1 | -1 | -1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||
| mitochondrial uncoupling proteins | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| growth inhibitory protein | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | 1 | 0/1 | 0/2 | 0/1 | |||||||||||||||||||||||
| signal transduction proteins | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| inhibitor metalloproteises | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| aspartic proteases | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| adapter protein | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | ||||||||||||
| Insulin Receptor Substrate | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||
| Histone-lysine N-methyltransferase | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| lymphoid-specific helicase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | -1 | ||||||||||||||||||||||||
| anti- and pro-apoptotic regulators | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| versican proteoglycan | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | 1/0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| spermidine Synthase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| enzyme in polyamine biosynthesis | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| inhibits axol extension | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | -1 | -1 | 0/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcription activator | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| secreted mitoattractant | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| Ras protein | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| kinase | 1 | 1/0 | 1/0 | 1/0 | 1/0 | 1/0 | 1/0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| transcriptional regulator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| chromosomal protein | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | 1 | -1 | 0/1 | 0/2 | 1/0 | |||||||||||||||||||||||||
| phosphatase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| phosphatase | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | 1/0 | ||||||||||||||||||||||
| transcription factor | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| acetylhydrolase | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| kinase | -1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1/0 | 1/1 | 1/0 | 0/1 | ||||||||||||||||||||||||
| vitamin D receptors | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | ||||||||||||||||||||||||
| calcium binding protein | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| transcriptional modulator | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Ras protein | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||
| transcription factor | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||
| kinase | 1 | 1 | 1 | 1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2/0 | 1/0 | 1/0 | 2/0 | 3/0 | |||||||||||||||||||||
| scaffolding protein within caveolar membranes | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||
Genes are ranked based on the mediator score from the final ranked gene list across all tumor nodules. The top 5% ranked genes are shown, excluding the ones with a FDR adjusted P-value > 0.05 after the random permutation test. For each gene, the gene name and type are given. For each tumor nodule, +1 denotes upregulation at the RNA, proteome or phosphoproteome levels. Similarly, -1 denotes downregulation. If empty, the gene’s, protein’s or phosphosite’s levels did not change significantly between tumor nodules and control samples.