Table 4.
Amino acida variations in the Replicase (Rep) and Capsid (Cap) proteins of Vietnamese canine circovirus (CanineCV-VN) strains.
| Amino acid sequence of Rep protein b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |
10 |
56
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69
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71
|
78 |
97
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106 |
110
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113
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115 |
126 |
131 |
140
|
149
|
168 |
174 |
194 |
248
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252
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265
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268
|
269
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288 (aa)
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| NC_020904c | G | N | R | T | A | R | L | S | P | S | V | T | S | Y | N | E | E | L | I | S | I | G | N | |||||||||||||
| CanineCV-VN-1 | V | S | K | C | A | K | I | A | V | R | V | T | A | F | T | E | S | V | V | N | F | G | S | |||||||||||||
| CanineCV-VN-2 | V | S | K | C | A | K | I | A | V | R | V | T | A | F | T | E | S | V | V | N | F | G | S | |||||||||||||
| CanineCV-VN-6 | V | S | K | C | A | K | I | A | V | R | V | T | A | F | T | E | S | V | V | N | F | G | S | |||||||||||||
| CanineCV-VN-7 | V | S | K | C | A | K | I | A | V | R | V | T | A | F | T | E | S | V | V | N | F | G | S | |||||||||||||
| CanineCV-VN-3 | V | N | R | T | G | R | I | S | P | R | I | S | S | Y | T | Q | E | L | I | S | V | P | N | |||||||||||||
| CanineCV-VN-4 | V | N | R | T | G | R | I | S | P | R | I | S | S | Y | T | Q | E | L | I | S | V | P | N | |||||||||||||
| CanineCV-VN-5 | G | N | R | T | A | R | I | S | P | S | V | T | S | Y | K | E | D | L | I | S | V | P | N | |||||||||||||
| CanineCV-VN-8 | V | N | R | T | G | R | I | S | P | R | I | S | S | Y | T | Q | E | L | I | S | V | P | N | |||||||||||||
|
Amino acid sequence of Cap protein
b
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| |
13
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14 |
16
|
29
|
58
|
74
|
101
|
111
|
148 |
149
|
195 |
211 |
240
|
242 (aa)
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| NC_020904c | S | Y | T | R | T | T | Y | K | R | L | A | V | D | S | ||||||||||||||||||||||
| CanineCV-VN-1 | R | F | A | N | Q | T | F | R | I | G | T | V | E | T | ||||||||||||||||||||||
| CanineCV-VN-2 | R | F | A | N | Q | T | F | R | I | G | T | V | E | T | ||||||||||||||||||||||
| CanineCV-VN-6 | R | F | A | N | Q | T | F | R | I | G | T | V | E | T | ||||||||||||||||||||||
| CanineCV-VN-7 | R | F | A | N | Q | T | F | R | I | G | T | V | E | T | ||||||||||||||||||||||
| CanineCV-VN-3 | S | Y | T | R | T | S | Y | K | R | L | T | I | D | S | ||||||||||||||||||||||
| CanineCV-VN-4 | S | F | T | R | T | S | Y | K | T | L | T | I | D | S | ||||||||||||||||||||||
| CanineCV-VN-5 | S | Y | T | R | T | S | Y | K | T | L | T | I | D | S | ||||||||||||||||||||||
| CanineCV-VN-8 | S | F | T | R | T | S | Y | K | R | L | T | V | D | S | ||||||||||||||||||||||
a
Amino acid symbol: A (Alanine), R (Arginine), N (Asparagine); D (Aspartic acid), Q (Glutamine), G (Glycine), I (Isoleucine), L (Leucine), K (Lysine), M (Methionine), F (Phenylalanine), P (Proline), S (Serine), and T (Threonine).
b
Bold numbers indicate the distinct amino acid variations between Vietnamese CanineCV-1 and -3 genotypes.
c
Reference strain.