TABLE 1.
Bacteria from Bacteroidetes and Firmicutes phylum in the human gastrointestinal tract that encode GUS.
| Phylum | Genus | Species that encode GUS or GUS candidate in The Human Microbiome Project (S30) database Wallace et al., 2010 | Species that encode GUS in The Human Microbiome Project database Kwa et al., 2016 | Species that encode GUS in the non-redundant Clustered Gene Indices of The Human Microbiome Project database* Pollet et al., 2017 | Species that have been shown to exhibit GUS activity in culture Pellock and Redinbo, 2017 | Species that encode GUS with reactivating estrogen activities were confirmed by in vitro assay Ervin et al., 2019b |
| Bacteroidetes | Alistipes | A. putredinis | ||||
| A. shahii | A. shahii | |||||
| A. senegalensis | ||||||
| A. timonensis | ||||||
| Bacteroides | B. caccae | B. caccae | ||||
| B. capillosus | B. capillosus | |||||
| B. clarus | ||||||
| B. cellulosilyticus | B. cellulosilyticus CAG:158 | |||||
| B. coprocola | B. coprocola CAG:162 | |||||
| B. coprophilus | B. coprophilus | |||||
| B. dorei | B. dorei | |||||
| B. eggerthii | B. eggerthii | |||||
| B. fragilis | B. fragilis | B. fragilis | B. fragilis | |||
| B. finegoldii | B. finegoldii | B. finegoldii | ||||
| B. intestinalis | B. intestinalis | B. intestinalis CAG:564 | ||||
| B. intestinihominis | ||||||
| B. massiliensis | ||||||
| B. msp | ||||||
| B. nordii | ||||||
| B. ovatus | B. ovatus | B. ovatus | B. ovatus | |||
| B. plebeius | ||||||
| Bacteroides sp. 1_1_6; 2_1_7; 2_2_4; 3_2_5; 4_3_47FAA; 9_1_42FAA; D1; D2; D4 | Bacteroides sp. | Bacteroides sp. CAG:709; CAG:754; HPS0048 | ||||
| B. salyersiae | ||||||
| B. stercoris | ||||||
| B. stercorirosoris | ||||||
| B. thetaiotaomicron | B. thetaiotaomicron | B. thetaiotaomicron | ||||
| B. uniformis | B. uniformis | B. uniformis | B. uniformis | B. uniformis | ||
| B. vulgatus | B. vulgatus | B. vulgatus | ||||
| B. xylanisolvens | ||||||
| Candidatus bacteroides timonensis | ||||||
| Coprobacter | C. secundus | |||||
| Gabonia | G. massiliensis | |||||
| Odoribacter | O. laneus | |||||
| Parabacteroides | P. goldsteinii | |||||
| P. johnsonii | P. johnsonii | P. johnsonii | ||||
| P. merdae | P. merdae | P. merdae | ||||
| Prevotella | P. copri | P. copri | ||||
| Prevotella sp. CAG:732; CAG:386 | ||||||
| Paraprevotella | P. clara | |||||
| Propionibacterium | Propionibacterium sp. | |||||
| Tannerella | Tannerella sp. | Tannerella sp. CAG:51 | ||||
| Firmicutes | Anaerotruncus | Anaerotruncus sp. CAG:528 | ||||
| Blautia | B. hansenii | |||||
| B. hydrogenotrophicus | ||||||
| Butyrivibrio | Butyrivibrio sp. CAG:318 | B. formatexigens | ||||
| Clostridiales | Clostridiales sp. 1_7_47FAA | Clostridiales bacterium KLE1615 | ||||
| Clostridium | C. asparagiforme | C. asparagiforme | ||||
| C. bartlettii | ||||||
| C. bifermentans | ||||||
| C. bolteae | ||||||
| C. butyricum | ||||||
| C. celatum | ||||||
| C. citroniae | ||||||
| C. clostridioforme | ||||||
| C. hathewayi | C. hathewayi | |||||
| C. hylemonae | ||||||
| C. leptum | ||||||
| C. nexile | ||||||
| C. paraputrificum | ||||||
| C. perfringens | C. perfringens | C. perfringens | ||||
| C. ramosum | ||||||
| C. scindens | ||||||
| Clostridium sp. 7_2_43FAA; L2-50; SS2/1 | Clostridium sp. | Clostridium sp. CAG:253; CAG:217; CAG:307; CAG:62; CAG:75; CAG:91 | Clostridium sp. Marseille-P299 | |||
| C. spiroforme | ||||||
| Catenibacterium | C. mitsuokai | |||||
| Coprococcus | C. comes | |||||
| C. eutactus | ||||||
| Dorea | D. formicigenerans | |||||
| D. longicatena | D. longicatena | |||||
| Enterococcus | E. faecalis | |||||
| E. faecium | ||||||
| Eubacterium | E. eligens | E. eligens CAG:72 | E. eligens | |||
| E. hallii | ||||||
| Eubacterium L-8 | ||||||
| E. rectale | ||||||
| E. ventriosum | ||||||
| Eubacterium sp. CAG: 38; CAG: 76; CAG:115; CAG:180; CAG:251 | ||||||
| Faecalibacterium | F. prausnitzii | F. prausnitzii | F. prausnitzii | F. prausnitzii | F. prausnitzii | |
| Faecalibacterium sp. CAG:74; CAG:82 | ||||||
| Fusicatenibacter | Fusicatenibacter | |||||
| Fusicatenibacter saccharivorans | ||||||
| Fusobacterium | F. mortiferum | |||||
| Holdemania | H. filiformis | |||||
| Lactobacillus | L. acidophilus | |||||
| L. brevis | L. brevis | |||||
| L. gasseri | ||||||
| L. rhamnosus | L. rhamnosus | L. rhamnosus | ||||
| Marvinbryantia | M. formatexigens | |||||
| Mitsuokella | M. multacida | |||||
| Roseburia | R. hominis | R. hominis | ||||
| R. intestinalis | R. intestinalis | R. intestinalis | ||||
| R. inulinivorans | R. inulinivorans | R. inulinivorans | R. inulinivorans | |||
| Roseburia sp. CAG:100 | ||||||
| Ruminococcus | R. gnavus | R. gnavus | R. gnavus | R. gnavus | ||
| R. lactaris | ||||||
| R. obeum | ||||||
| R. torques | ||||||
| Ruminococcus sp. CAG:177 | ||||||
| Streptococcus | S. agalactiae | |||||
| Streptococcus LJ-22 | ||||||
| Subdoligranulum | Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA | |||||
| S. variabile | ||||||
| unclassified | Firmicutes bacterium CAG:341; CAG:95; CAG:475 | Firmicutes bacterium CAG:95 | ||||
| Lachnospiraceae bacterium TF01-11; 7_1_58FAA; 9_1_43BFAA |
*gmGUS that identified to more than one species was not listed in this table.