TABLE 2.
All significant microbiome results for alpha- and beta-diversity associations with clinical metadataa
| Comparison and sample(s) | Metadata | Operational taxonomic units |
Amplicon sequence variants |
||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10 | 9 | 12 | 8 | 7 | 16 | M-A | 10 | 9 | 12 | 8 | 7 | 16 | M-A | ||
| Alpha-diversity | |||||||||||||||
| Stool | Age group | 0.704 | NA | NA | 0.409 | 0.865 | NA | <0.001 | 0.588 | NA | NA | 0.259 | 0.421 | NA | 0.844 |
| Stool | Desserts | NA | NA | NA | NA | 0.046 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.699 | NA | NA |
| Stool | USD status × diet | 0.467 | NA | NA | NA | 0.127 | NA | 0.841 | 0.319 | NA | NA | NA | 0.004 | NA | 0.744 |
| Stool | USD status × meat | NA | NA | NA | NA | 0.578 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.005 | NA | NA |
| Stool | USD status | <0.001 | 0.848 | 0.837 | 0.404 | 0.606 | NA | 0.024 | <0.001 | 0.237 | 0.103 | 0.32 | 0.084 | NA | 0.567 |
| Stool | USD status × age group | 0.504 | NA | NA | 0.148 | 0.795 | NA | <0.001 | 0.996 | NA | NA | 0.006 | 0.166 | NA | 0.014 |
| Stool | USD status × geographic location | NA | NA | NA | NA | NA | NA | <0.001 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.054 |
| Stool | Geographic location | NA | NA | NA | NA | NA | NA | <0.001 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.789 |
| Stool, urine, stone | Sample type | NA | NA | NA | NA | <0.001 | 0.0923 | NA | NA | NA | NA | NA | 0.61 | 0.617 | <0.001 |
| Urine | Sex | NA | NA | NA | NA | 0.0205 | 0.434 | 0.49 | NA | NA | NA | NA | 0.198 | 0.134 | 0.395 |
| Urine | Geographic location | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.299 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.052 |
| Beta-diversity | |||||||||||||||
| Stool | 12m abx | NA | NA | NA | NA | 0.054 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.042 | NA | NA |
| Stool | Age group | 0.289 | NA | NA | 1 | 0.504 | NA | 0.001 | 0.027 | NA | NA | 0.949 | 0.167 | NA | 0.001 |
| Stool | USD status | 0.002 | 0.274 | 0.026 | 0.351 | 0.72 | NA | 0.019 | 0.001 | 0.059 | 0.023 | 0.227 | 0.923 | NA | 0.229 |
| Stool | USD status × age group | 0.323 | NA | NA | 0.254 | 0.831 | NA | 0.001 | 0.245 | NA | NA | 0.204 | 0.357 | NA | 0.011 |
| Stool | USD status × sex | NA | NA | NA | 0.011 | 0.018 | NA | 0.227 | NA | NA | NA | 0.049 | 0.737 | NA | 0.564 |
| Stool | USD status × geographic location | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.001 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.001 |
| Stool | Geographic location | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.001 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.049 |
| Stool, urine, stone | Sample type | NA | NA | NA | NA | 0.001 | 0.001 | 0.001 | NA | NA | NA | NA | 0.001 | 0.001 | 0.001 |
| Urine | 30d abx | NA | NA | NA | NA | 0.025 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.032 | NA | NA |
| Urine | Age group | NA | NA | NA | NA | 0.001 | 0.773 | 0.001 | NA | NA | NA | NA | 0.006 | 0.867 | 0.003 |
| Urine | USD status | NA | NA | NA | NA | 0.03 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.882 | NA | NA |
| Urine | USD status × 12m abx | NA | NA | NA | NA | 0.034 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.059 | NA | NA |
| Urine | Hypertension | NA | NA | NA | NA | 0.004 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.201 | NA | NA |
| Urine | Sex | NA | NA | NA | NA | 0.001 | 0.002 | 0.001 | NA | NA | NA | NA | 0.001 | 0.057 | 0.001 |
| Urine | Geographic location | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.001 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.001 |
| Urine | Water intake | NA | NA | NA | NA | 0.006 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.015 | NA | NA |
| Urine | WT group | NA | NA | NA | NA | 0.012 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.018 | NA | NA |
a
The table column subheadings indicate study references (hyperlinked). M-A, meta-analysis. Metadata categories are included if the results were significant for at least one study using either OTUs or ASVs. NA, metadata category was not collected for that study. Significant values are indicated in boldface. abx, antibiotics; WT, weight.