Table 1. Comparison of different background correction methods on correlation between y-axis location and probe intensity.

Array	Raw		Subtracted		Scaled		Scaling > Subtraction
	Pearson r	p-value	Pearson r	p-value	Pearson r	p-value
S1 Day 1	0.310	5.10E-69	0.065	4.30E-04	0.0002	0.990	TRUE
S1 Day 2	0.110	1.10E-09	0.025	0.170	-0.0013	0.940	TRUE
S1 Day 3	0.170	5.40E-22	0.034	0.061	0.0130	0.480	TRUE
S2 Day 1	0.230	8.60E-39	0.023	0.200	-0.0320	0.079	FALSE
S2 Day 2	0.110	4.80E-09	0.047	0.010	0.0590	0.001	FALSE
S2 Day 3	0.043	1.80E-02	0.056	0.002	0.0610	0.001	FALSE
S3 Day 1	-0.110	2.60E-09	-0.026	0.150	-0.0027	0.880	TRUE
S3 Day 2	0.330	4.80E-80	0.110	9.20E-10	-0.0013	0.940	TRUE
S3 Day 3	-0.071	9.90E-05	0.039	0.033	0.0710	8.80E-05	FALSE
S4 Day 1	0.240	1.70E-41	0.028	0.13	-0.0350	0.058	FALSE
S4 Day 2	0.190	3.40E-27	0.100	7.40E-09	0.0730	5.70E-05	TRUE
S4 Day 3	0.210	2.80E-31	0.086	2.30E-06	0.0420	0.022	TRUE
S5 Day 1	0.160	3.80E-18	0.024	1.80E-01	-0.0072	6.90E-01	TRUE
S5 Day 2	0.280	1.20E-54	0.130	2.80E-12	0.0650	0.000	TRUE
S5 Day 3	0.170	3.00E-21	0.030	9.50E-02	-0.0110	0.560	TRUE
S6 Day 1	0.370	6.50E-99	0.033	6.90E-02	-0.0320	0.078	TRUE
S6 Day 2	0.330	5.30E-78	0.051	0.0052	-0.0080	0.660	TRUE
S6 Day 3	-0.021	2.40E-01	-0.082	6.60E-06	-0.1000	8.60E-09	FALSE
S7 Day 1	0.330	1.30E-75	0.075	3.70E-05	-0.0090	0.620	TRUE
S7 Day 2	-0.180	1.50E-23	0.060	9.40E-04	0.0370	0.042	TRUE
S7 Day 3	0.090	6.40E-07	0.005	0.790	-0.0280	0.120	FALSE
S8 Day 1	0.260	1.60E-47	0.028	1.20E-01	-0.0210	0.250	TRUE
S8 Day 2	0.240	1.30E-40	0.072	7.50E-05	0.0240	0.180	TRUE
S8 Day 3	0.220	1.30E-34	0.055	2.50E-03	-0.0150	0.400	TRUE
S9 Day 1	0.360	3.70E-94	0.062	6.60E-04	0.0240	0.180	TRUE
S9 Day 2	0.330	1.10E-76	0.059	1.20E-03	0.0150	0.440	TRUE
S9 Day 3	0.270	9.20E-52	0.095	1.90E-07	0.0250	0.170	TRUE
Average	0.212	1.38E-39	0.056	0.001	0.030	0.039	0.741