Table 1.

List of secreted proteins in the CM that are upregulated upon TGF-β treatment in MRC5 cells identified by quantitative proteomic analysis and their expressions in GSE139963, GSE92592, and GSE99621

Protein	Secretome		GSE139963		GSE92592		GSE99621
	TGF-β versus control		TGF-β versus control		IPF versus control		IPF—normal versus control		IPF—scarred versus control
	p	Log2FC	FDR	Log2FC	FDR	Log2FC	FDR	Log2FC	FDR	Log2FC
A2M	1.08E − 02	5.44	0.00E + 00	−3.74	1.76E − 08	1.01	2.45E − 03	0.80	2.16E − 01	0.41
IGFBP3	3.94E − 04	4.70	1.22E − 89	6.14	1.21E − 04	1.01	6.50E − 01	0.20	7.33E − 01	0.17
SERPINE2	1.84E − 03	4.11	0.00E + 00	3.85	1.26E − 15	2.37	6.26E − 05	1.53	2.59E − 04	1.49
PXDN	1.29E − 04	3.51	5.92E − 235	1.63	8.00E − 05	0.77	1.24E − 01	0.40	1.26E − 03	0.77
PGS1	1.29E − 03	2.06	8.44E − 04	−0.32	4.85E − 01	−0.08	7.74E − 02	−0.42	2.16E − 02	−0.55
THBS1	2.69E − 02	1.98	0.00E + 00	2.02	4.37E − 02	1.01	8.57E − 01	−0.12	8.95E − 01	−0.10
SPARC	4.75E − 02	1.80	0.00E + 00	1.76	1.37E − 04	0.87	4.58E − 03	0.89	2.86E − 04	1.15
APOA1-AS	2.43E − 02	1.79	2.02E − 01	−0.37	9.27E − 08	−1.54	5.36E − 07	−2.51	1.70E − 05	−2.31
COL4A2	2.06E − 02	1.47	0.00E + 00	2.98	1.25E − 04	0.91	8.00E − 01	0.14	2.54E − 01	0.49
TGFBI	1.20E − 03	1.41	1.17E − 221	1.76	5.91E − 07	0.90	4.28E − 03	0.90	2.50E − 03	0.99
MMP2	3.99E − 02	1.11	9.86E − 108	1.16	9.10E − 18	2.04	1.84E − 13	1.32	3.05E − 13	1.38
FN1	1.14E − 03	1.00	0.00E + 00	1.76	5.86E − 02	0.52	2.56E − 07	1.04	3.33E − 09	1.23
IGFBP7	9.63E − 04	0.66	3.29E − 99	1.74	7.19E − 09	0.92	6.31E − 16	1.42	8.76E − 20	1.66
COL12A1	4.19E − 02	0.51	6.97E − 01	−0.04	1.57E − 02	0.51	2.63E − 01	0.37	3.94E − 01	0.32
CYCS	1.77E − 03	0.40	6.29E − 10	0.52	2.62E − 01	0.15	8.97E − 01	0.05	8.84E − 01	0.06

Abbreviation: FC, fold change.

Numbers in bold mean p values less than 0.05 and are statistically significant.