Table 1.
Summary scRNA-seq gene expression data from the Allen Institute cell types database. Values are reported as trimmed means (25%–75%) of LOG2(CPM). Cell types were assigned based on the ‘subclass’ labels provided by the Allen Institute. ‘Glu’ includes all glutamatergic cells. Genes are ordered based on relative expression in VIP-INs (as shown in Figure 2). Significant differences between VIP-INs and all Glu (*) or all other INs combined (†) were determined by bootstrapping the difference in means 50,000 times using 10% of each sample population and a Bonferroni corrected significance cut-off. NB, some individual IN subclasses have higher expression of a given gene even if VIP-INs had higher expression than the combined IN pool. The top genes from each panel are shown up to and including all significantly different genes.
| Cell Type Specific Expression Of Neurodevelopmental Disorder Genes | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| ASD Panel | |||||
| Gene | VIP | SST | PV | other IN | Glu |
| Nbea | 10,2 * † | 8,9 | 9,0 | 8,7 | 9,3 |
| Auts2 | 10,2 * † | 9,3 | 9,1 | 9,5 | 9,6 |
| Ank3 | 10,3 * † | 9,9 | 9,7 | 9,9 | 10,0 |
| Zbtb20 | 8,9 * † | 7,7 | 8,0 | 8,3 | 7,3 |
| Nrxn1 | 12,0 * † | 10,5 | 9,7 | 10,8 | 11,2 |
| Nrxn3 | 12,9 * † | 12,7 | 11,8 | 11,5 | 11,4 |
| Cntn6 | 5,1 * † | 4,3 | 3,0 | 1,4 | 0,5 |
| Setbp1 | 8,4 * † | 7,7 | 8,3 | 7,4 | 7,9 |
| Myt1l | 9,3 † | 9,1 | 8,6 | 8,7 | 9,1 |
| Son | 8,1 | 7,8 | 7,8 | 8,0 | 8,0 |
| Tcf4 | 11,4 * † | 10,8 | 10,9 | 11,2 | 9,5 |
| Dscam | 9,5 * † | 8,7 | 0,8 | 2,2 | 8,6 |
| Rere | 8,3 * | 8,3 | 8,2 | 8,2 | 7,8 |
| Cttnbp2 | 8,5 † | 8,0 | 7,7 | 8,1 | 8,7 |
| Cacna2d3 | 8,9 * † | 9,2 | 0,3 | 3,4 | 8,3 |
| Tnrc6b | 7,7 | 7,5 | 7,7 | 7,6 | 7,5 |
| Nfix | 8,0 † | 0,0 | 0,0 | 8,8 | 8,1 |
| Grip1 | 9,9 * | 10,4 | 10,2 | 10,6 | 3,5 |
| Cntnap2 | 11,5 * | 11,5 | 12,1 | 11,6 | 9,4 |
| Cacna1c | 7,9 | 8,2 | 7,3 | 7,9 | 8,0 |
| Tanc2 | 8,5 | 8,4 | 8,4 | 8,3 | 9,0 |
| Shank2 | 3,3 † | 2,4 | 1,8 | 3,5 | 7,4 |
| Epilepsy Panel | |||||
| Zeb2 | 9,6 * † | 8,8 | 9,3 | 9,3 | 8,0 |
| Ryr3 | 2,4 † | 1,2 | 0,0 | 0,5 | 3,2 |
| Gabra1 | 9,3 † | 4,7 | 9,8 | 9,4 | 8,7 |
| Scn3a | 2,6 † | 2,7 | 0,4 | 2,8 | 4,0 |
| Chrna4 | 0,3 * † | 0,2 | 0,0 | 0,9 | 0,0 |
| Gnao1 | 8,7 | 8,8 | 8,2 | 9,3 | 8,7 |
| Lgi1 | 4,8 † | 3,8 | 2,2 | 7,6 | 7,3 |
| Prickle1 | 7,9 | 7,5 | 8,0 | 7,9 | 9,1 |
| Atp1a3 | 9,1 | 9,4 | 9,7 | 9,2 | 8,8 |
| Kcnc1 | 5,0 * | 7,8 | 9,5 | 8,1 | 2,1 |
| Shared Genes | |||||
| Ube3a | 9,3 * | 9,2 | 9,1 | 9,0 | 8,8 |
| Grin2b | 10,4 † | 10,2 | 10,1 | 10,1 | 10,6 |
| Slc6a1 | 8,7 * | 9,3 | 10,3 | 10,5 | 0,0 |
| Scn1a | 7,8 * | 7,9 | 9,0 | 8,0 | 4,6 |
| Scn2a | 8,7 | 8,8 | 7,7 | 8,8 | 9,1 |
| Gabrb3 | 8,5 | 8,2 | 8,1 | 8,6 | 9,1 |
| Hcn1 | 8,6 * | 8,4 | 10,0 | 9,4 | 7,6 |
| Cdkl5 | 4,2 † | 1,5 | 4,0 | 7,9 | 7,8 |
| Cask | 3,6 | 4,6 | 3,6 | 4,2 | 7,1 |
| Arx | 0,5 * | 7,1 | 4,2 | 1,8 | 0,0 |
| … | |||||
| Mecp2 | 2,8 | 4,3 | 4,0 | 4,1 | 3,6 |