Table 3.

Primers and Barcodes Used in Serial Dilution Assay

Sequence type	Target	Sequence
Sample barcodes (5′-3′)	SARS-CoV-2 N	CACGTCGT, CAATTGAT, ATATTGTA, ATAGCACG, ACACATGT, ATGTAATG, AGTATCTG, ATGCTTGA, AACTGTAT, CAGGCATT, AAGGCGAT, GCGTCGAA, GAACGACA, GGCAAGCA, GTAACCGA, GCTATGGA, GACACTTA, GGTTGGAC, TCAGATTC, TATGCCAG, TGGCTCAG, TCATTGAG, TGTATGCG, TCCAGTCG, TACTTCGG, TGAACTGG, TTGGTATG, TAACGCTG, TTCCATTG, TGTGGTTG, TACAGGAT, TTCCTGCT, TGCGATCT, TGCATAGT, TGATACGT, TCGAGCGT
	18S rRNA	GCTTCACA, CGATGTTT, TTAGGCAT, ACAGTGGT, GCCAATGT, CAGATCTG, ACTTGATG, TAGCTTGT, TGGTTGTT, TGTACCTT, TCTGCTGT, TTGGAGGT, TCGAGCGT, TGATACGT, TGCATAGT, TGCGATCT, TTCCTGCT, TACAGGAT, TGTGGTTG, TTCCATTG, TAACGCTG, TTGGTATG, TGAACTGG, TACTTCGG, TCCAGTCG, TGTATGCG, TCATTGAG, TGGCTCAG, TATGCCAG, TCAGATTC, GGTTGGAC, GACACTTA, GCTATGGA, GTAACCGA, GGCAAGCA, GAACGACA
RT primer 1	18S rRNA	5′-TAATACGACTCACTATAGGGCCGATATCCGACGGTAGTGT[Barcode]NNNGACGGGCGGTGTGTAC-3′
	SARS-CoV-2 N	5′-TAATACGACTCACTATAGGGCCGATATCCGACGGTAGTGT[Barcode]NNNATCATCCAAATCTGCAG-3′
RT primer 2	18S rRNA	5′-GATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACG-3′
	SARS-CoV-2 N	5′-CGTGGTCCAGAACAAACCCA-3′
PCR primer	18S rRNA (forward primer 1)	5′-CAATAACAGGTCTGTGATGCCCT-3′
	18S rRNA (forward primer 2)	5′-TGCAATTATTCCCCATGAACGAG-3′
	SARS-CoV-2 N (forward primer 1)	5′-AGGTGCCATCAAATTGGATGACA-3′
	SARS-CoV-2 N (forward primer 2)	5′-CTGAATAAGCATATTGACGCATAC-3′
In vitro transcription PCR primer	SARS-CoV-2 N (forward primer)	5′-GTAAAACGACGGCCAGTGAATT-3′
	SARS-CoV-2 N (reverse primer)	5′-CAGGAAACAGCTATGACCATG-3′