TABLE 3.
Comparison of four systems of biochemical identification for Burkholderia spp. and various other bacterial speciesa
Organism | No. of isolates | System | No. (%) of isolates with the following identification:
|
|||
---|---|---|---|---|---|---|
Correctb | Incomplete | Incorrect | Unidentified | |||
B. cepacia | 50 | Vitek GNI | 45 (90) | 0 (0) | 0 (0) | 5 (10) |
Vitek NFC | 34 (68) | 0 (0) | 11 (22) | 5 (10) | ||
API 20NE | 45 (90) | 3 (6) | 1 (2) | 1 (2) | ||
MicroScan | 34 (68) | 0 (0) | 16 (32) | 0 (0) | ||
B. gladioli | 14 | Vitek GNI | 0 (0) | 0 (0) | 6 (43) | 8 (57) |
Vitek NFC | 0 (0) | 0 (0) | 9 (64) | 5 (56) | ||
API 20NE | 0 (0) | 0 (0) | 14 (100) | 0 (0) | ||
MicroScan | 0 (0) | 0 (0) | 14 (100) | 0 (0) | ||
R. pickettii | 6 | Vitek GNI | 6 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
Vitek NFC | 4 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
API 20NE | 4 (66) | 1 (17) | 0 (0) | 1 (17) | ||
MicroScan | 6 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
B. multivorans | 2 | Vitek GNI | 2 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
Vitek NFC | 2 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
API 20NE | 2 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
MicroScan | 2 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
S. maltophilia | 3 | Vitek GNI | 3 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
Vitek NFC | 2 (66) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (33) | ||
API 20NE | 3 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
MicroScan | 3 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
P. aeruginosa | 11 | Vitek GNI | 11 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
Vitek NFC | 10 (91) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (9) | ||
API 20NE | 11 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
MicroScan | 11 (100) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | ||
Unspecified clinical isolatesc | ||||||
B. cepacia | 20 | Vitek GNI | 9 (45) | 5 (25) | 1 (5) | 5 (25) |
Vitek NFC | 8 (40) | 0 (0) | 0 (0) | 12 (60) | ||
API 20NE | 16 (80) | 3 (15) | 1 (5) | 0 (0) | ||
MicroScan | 5 (25) | 0 (0) | 15 (75) | 0 (0) | ||
P. aeruginosa | 5 | Vitek GNI | 1 (20) | 2 (40) | 2 (40) | 0 (0) |
Vitek NFC | 2 (40) | 0 (0) | 0 (0) | 3 (60) | ||
API 20NE | 4 (80) | 0 (0) | 1 (20) | 0 (0) | ||
MicroScan | 0 (0) | 0 (0) | 5 (100) | 0 (0) |
Note that B. gladioli is not mentioned in the databases of the systems.
Identification to the species level with a probability of more than 80%.
For the evaluation of this group of isolates, PCR-RFLP was considered the gold standard for identification.