TABLE 3.

Clonal analysis detects an HIV-1 minority subpopulation with multiple physically linked resistance mutations

HIV-1 wild type or clone	Amino acid of strain at the indicated position of:
	PR							RT
	10	36	46	48	54	63	82	41	67	69	184	210	215
NL4-3	Leu	Met	Met	Gly	Ile	Leu	Val	Met	Asp	Thr	Met	Leu	Thr
578 bulk	—a	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT1	—	—	—	—	—	—	—
578PRT2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT16	—	—	—	—	—	—	—	Leu	—	—	—	—	—
578PRT4	—	—	—	—	NDb	—	—	—	—	—	—	—	—
578PRT6	—	—	—	—	—	Pro	—	—	—	—	—	—	—
578PRT5	—	—	—	—	—	Pro	—	—	—	—	—	—	—
578PRT7	Ile	Ile	Ile	Val	Thr	Gln	Ala	Leu	Asn	Asp	Val	Trp	Tyr
578PRT15	Ile	Ile	Ile	Val	Thr	Gln	Ala	Leu	Asn	Asp	Val	Trp	Tyr

^a—, no change from amino acid of WT (NL4-3). 

^bND, not determined.