TABLE 3.

Prediction accuracy for VNN resistance in two European sea bass commercial cohorts (VNN_A and VNN_B), vibriosis resistance in one European sea bass commercial cohort (VIB) and pasteurellosis resistance in one gilthead sea bream commercial cohort (PAS) using different training population sizes and marker densities.

Data set	Training population size	PBLUP	GBLUP_1K	GBLUP_3K	GBLUP_6K	GBLUP_10K	GBLUP_full
VNN_A	50	0.18	0.31	0.33	0.34	0.33	0.34
	100	0.26	0.39	0.41	0.42	0.41	0.42
	150	0.32	0.45	0.47	0.49	0.47	0.49
	200	0.35	0.47	0.49	0.51	0.49	0.51
	300	0.40	0.51	0.53	0.55	0.53	0.55
	400	0.44	0.54	0.56	0.58	0.56	0.58
	500	0.47	0.55	0.58	0.61	0.59	0.61
	600	0.49	0.56	0.59	0.62	0.59	0.61
	700	0.50	0.57	0.60	0.63	0.61	0.63
	800	0.52	0.59	0.62	0.65	0.62	0.64
VNN_B	50	0.18	0.17	0.18	0.19	0.19	0.19
	100	0.25	0.23	0.26	0.26	0.26	0.26
	150	0.32	0.30	0.32	0.34	0.33	0.33
	200	0.34	0.32	0.34	0.36	0.35	0.35
	300	0.39	0.36	0.39	0.41	0.39	0.40
	400	0.42	0.39	0.42	0.45	0.43	0.43
	500	0.46	0.42	0.45	0.49	0.46	0.46
	600	0.47	0.44	0.47	0.51	0.48	0.49
	700	0.49	0.46	0.48	0.53	0.49	0.50
	800	0.52	0.48	0.51	0.56	0.51	0.52
VIB	50	0.15	0.18	0.17	0.16	0.17	0.17
	100	0.21	0.26	0.25	0.23	0.25	0.24
	150	0.23	0.30	0.28	0.27	0.28	0.28
	200	0.26	0.33	0.31	0.30	0.32	0.31
	300	0.32	0.40	0.39	0.36	0.39	0.37
	400	0.38	0.44	0.44	0.42	0.44	0.43
	500	0.40	0.46	0.46	0.44	0.46	0.45
	600	0.42	0.48	0.49	0.47	0.49	0.48
	700	0.45	0.50	0.51	0.49	0.51	0.50
	800	0.46	0.51	0.53	0.51	0.53	0.52
PAS	50	0.25	0.26	0.27	0.28	0.27	0.28
	100	0.37	0.35	0.38	0.39	0.38	0.38
	150	0.41	0.39	0.42	0.44	0.42	0.42
	200	0.44	0.43	0.45	0.47	0.45	0.46
	300	0.51	0.51	0.53	0.55	0.52	0.52
	400	0.53	0.54	0.56	0.58	0.55	0.55
	500	0.56	0.58	0.59	0.61	0.58	0.58
	600	0.56	0.59	0.61	0.63	0.59	0.59
	700	0.57	0.61	0.63	0.64	0.61	0.61

Prediction accuracy values are averaged over 100 replicates.