Table 4.

QTDT results for the associations between the haplotype and phenotype variations.

	block 1			block 2	block 3		block 4	block 5
	CC	CT	TC	GAA	AGCGT	GACCC	TTA	TGCTCC	TGTCTT	TACTTC	CGCCTC
Test for population stratification
Femoral neck BMD	0.546	0.816	0.558	0.863	0.902	0.397	0.813	0.088	0.285	0.696	0.085
Total hip BMD	0.593	0.777	0.472	0.890	0.442	0.490	0.913	0.202	0.389	0.765	0.163
Lumbar spine BMD	0.581	0.214	0.560	0.799	0.245	0.482	0.551	0.067	0.232	0.137	0.061
TFM	0.933	0.522	0.476	0.435	0.635	0.051	0.126	0.140	0.022	0.662	0.814
TLM	0.869	0.879	0.931	0.856	0.613	0.481	0.661	0.078	0.693	0.590	0.395
PFM	0.816	0.621	0.537	0.655	0.975	0.124	0.357	0.056	0.014	0.994	0.902
PLM	0.767	0.651	0.534	0.403	0.669	0.178	0.461	0.054	0.011	0.658	0.975
Trunk fat mass	0.919	0.504	0.428	0.322	0.409	0.053	0.420	0.208	0.023	0.371	0.861
BMI	0.864	0.737	0.782	0.204	0.474	0.206	0.513	0.938	0.107	0.249	0.653
Tests for total association
Femoral neck BMD	0.938	0.187	0.223	0.678	0.009	0.675	0.115	0.084	0.053	0.027	0.013
Total hip BMD	0.671	0.289	0.391	0.476	0.026	0.695	0.317	0.108	0.029	0.139	0.031
Lumbar spine BMD	0.818	0.829	0.882	0.675	0.167	0.751	0.298	0.739	0.132	0.151	0.038
TFM	0.886	0.495	0.336	0.108	0.804	0.437	0.137	0.736	0.753	0.906	0.755
TLM	0.377	0.277	0.181	0.131	0.205	0.635	0.271	0.806	0.568	0.700	0.189
PFM	0.848	0.603	0.475	0.317	0.860	0.337	0.188	0.918	0.960	0.964	0.893
PLM	0.920	0.694	0.524	0.271	0.853	0.358	0.222	0.703	0.888	0.951	0.953
Trunk fat mass	1.00E-28	9.00E-29	6.00E-29	0.072	0.525	0.380	1.000	0.716	0.522	0.709	0.485
BMI	0.806	0.341	0.260	0.077	0.293	0.419	0.246	0.973	0.875	0.827	0.593
Test for within-family association
Femoral neck BMD	0.694	0.439	0.695	0.670	0.072	0.776	0.314	0.015	0.521	0.052	0.591
Total hip BMD	0.496	0.570	0.953	0.653	0.032	0.853	0.415	0.041	0.335	0.186	0.591
Lumbar spine BMD	0.573	0.304	0.596	0.879	0.071	0.796	0.241	0.128	0.803	0.040	0.897
TFM	0.851	0.351	0.242	0.084	0.598	0.055	0.033	0.418	0.165	0.708	0.966
TLM	0.628	0.524	0.410	0.205	0.208	0.404	0.266	0.155	0.495	0.520	0.740
PFM	0.968	0.473	0.349	0.294	0.917	0.078	0.110	0.204	0.091	0.976	0.855
PLM	0.881	0.549	0.374	0.167	0.667	0.110	0.161	0.276	0.091	0.740	0.949
Trunk fat mass	1.00E-28	7.00E-29	5.00E-29	0.043	0.308	0.049	1.000	0.457	0.234	0.413	0.716
BMI	0.973	0.367	0.343	0.031	0.212	0.143	0.195	0.974	0.301	0.352	0.961
P1000 permutation of within-family
Femoral neck BMD	0.650	0.424	0.669	0.692	0.081	0.771	0.281	0.025	0.539	0.024	0.582
Total hip BMD	0.435	0.546	0.950	0.654	0.043	0.832	0.372	0.094	0.330	0.151	0.626
Lumbar spine BMD	0.513	0.324	0.592	0.870	0.093	0.820	0.208	0.157	0.791	0.037	0.901
TFM	0.836	0.471	0.325	0.070	0.616	0.154	0.084	0.427	0.263	0.745	0.947
TLM	0.493	0.548	0.419	0.243	0.296	0.448	0.278	0.237	0.475	0.493	0.746
PFM	0.967	0.500	0.354	0.261	0.898	0.080	0.131	0.204	0.102	0.973	0.851
PLM	0.881	0.567	0.382	0.117	0.609	0.118	0.175	0.251	0.105	0.754	0.951
Trunk fat mass	0.644	0.305	0.164	0.027	0.297	0.090	0.919	0.439	0.272	0.415	0.759
BMI	0.966	0.423	0.365	0.019	0.209	0.211	0.252	0.981	0.363	0.385	0.982

Bold indicates a significant P-value (<0.05).