Table 3.
HLA-A restrictions of the 120 VEPs from SARS-CoV-2
| Epitope | In silico predicted HLA-A restriction | HLA-A restriction identified by competitive peptide binding assay | No test | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| High affinity | Intermediate affinity | Low affinity | No affinity | |||
| A1 | A0201, A0207, A0206 A2402 | A0207 | A0206 > A2402 > A0201 | |||
| A3 | A0201 | A0201 | ||||
| A4 | A0201, A0207, A0203 | A0207 | A0201 > A0203 | |||
| A5 | A0201, A0203 | A0201 > A0203 | ||||
| A6 | A0207, A0206 | A0207 | A0206 | |||
| A7 | A0207 | A0207 | ||||
| A9 | A0206 | A0206 | ||||
| A10 | A0203 | A0203 | ||||
| A12 | A1101, A1102, A3303 | A1101 > A3303 | A1102 | |||
| A16 | A1101, A3303 | A3303 | A1101 | |||
| A18 | A1102, A3303, A3001 | A3001 | A3303 > A1101 | A1102 | ||
| A19 | A1102 | A1101 | A1102 | |||
| A20 | A2402 | A2402 | ||||
| A21 | A2402 | A2402 | ||||
| A22 | A2402 | A2402 | ||||
| A23 | A2402 | A2402 | ||||
| A25 | A3001 | A3001 | ||||
| A26 | A3001 | A3001 | ||||
| B1 | A0201, A0206, A0203 | A0201 | A0206 > A0203 | |||
| B2 | A0201, A0206, A0203, A0207 | A0207 > A0203 | A0201 > A0206 | |||
| B3 | A0201, A0207, A0206 | A0201 > A0207 | A0206 | |||
| B4 | A0201, A0206 | A0206 > A0201 | ||||
| B6 | A0201, A0207, A0203 | A0207 | A0201 | A0203 | ||
| B10 | A0207 | A0207 | ||||
| B11 | A0206 | A0206 | ||||
| B12 | A0206 | A0206 | ||||
| B15 | A0203 | A0203 | ||||
| B16 | A0203 | A0203 | ||||
| B17 | A0203 | A0203 | ||||
| B18 | A1101, A1102 | A1101 | A1102 | |||
| B20 | A1101, A1102, A3303 | A1101 | A3303 | A1102 | ||
| B21 | A1101, A1102 | A1101 | A1102 | |||
| B23 | A1101, A1102, A3303 | A1101 > A3303 | A1102 | |||
| B26 | A2402 | A2402 | ||||
| B28 | A2402 | A2402 | ||||
| B29 | A2402 | A2402 | ||||
| B30 | A2402 | A2402 | ||||
| B31 | A2402 | A2402 | ||||
| B34 | A3303 | A3303 | ||||
| B35 | A3303 | A3303 | ||||
| B36 | A3001 | A3001 | ||||
| B37 | A3001 | A3001 | ||||
| B38 | A3001 | A3001 | ||||
| B40 | A3001 | A3001 | ||||
| B41 | A3001 | A3001 | ||||
| C1 | A0201, A0206, A0203 | A0203 | A0206 > A0201 | |||
| C3 | A0201, A0206, A0203 | A0206 > A0203 > A0201 | ||||
| C10 | A0206 | A0206 | ||||
| C12 | A0206 | A0206 | ||||
| C16 | A0206 | A0206 | ||||
| C17 | A0203 | A0203 | ||||
| C27 | A1101 | A1101 | ||||
| C35 | A2402 | A2402 | ||||
| C45 | A3303 | A3303 | ||||
| C46 | A3303 | A3303 | ||||
| C47 | A3303 | A3303 | ||||
| C49 | A1102 | A1101 | A1102 | |||
| D2 | A0201, A0206, A0203 | A0203 | A0206 > A0201 | |||
| D5 | A0201, A0207, A0203 | A0203 | A0207 > A0201 | |||
| D6 | A0201, A0207 | A0207 | A0201 | |||
| D12 | A0201, A0207, A0206 | A0206 | A0201 | A0207 | ||
| D13 | A0201, A0203 | A0203 | A0201 | |||
| D17 | A0207, A0203 | A0203 | A0207 | |||
| D26 | A0206 | A0206 | ||||
| D30 | A0203 | A0203 | ||||
| D31 | A0203 | A0203 | ||||
| D32 | A0203 | A0203 | ||||
| D33 | A0203, A0206 | A0203 > A0206 | ||||
| D34 | A1101, A1102 | A1101 | A1102 | |||
| D38 | A1101, A1102 | A1101 | A1102 | |||
| D40 | A1101, A1102, A3001 | A1101 | A3001 | A1102 | ||
| D41 | A1101 | A1101 | ||||
| D42 | A1101, A0206, A0201 | A1101 | A0206 > A0201 | |||
| D46 | A1102 | A1101 | A1102 | |||
| D47 | A1102 | A1101 | A1102 | |||
| D48 | A1102, A3303 | A1101 > A3303 | A1102 | |||
| D50 | A1102 | A1101 | A1102 | |||
| D52 | A2402 | A2402 | ||||
| D53 | A2402, A3303 | A2402 | A3303 | |||
| D55 | A2402 | A2402 | ||||
| D56 | A2402 | A2402 | ||||
| D62 | A2402 | A2402 | ||||
| D64 | A2402 | A2402 | ||||
| D65 | A3001 | A3001 | ||||
| D71 | A3001 | A3001 | ||||
| D72 | A3001, A1102, A0201, A0207 | A1101 | A3001 | A0207 | A0201 | |
| D76 | A3303 | A3303 | ||||
| D77 | A3303, A1102 | A3303 | A1101 | A1102 | ||
| D78 | A3303, A0203, A0206 | A0206 > A0203 > A3303 | ||||
| D79 | A3303, A1101, A0207, A2402 | A3303 | A0207 > A1101 > A2402 | |||
| D80 | A3303, A1102, A0201, A0207 | A3303 | A0207 | A0201 > A1101 | A1102 | |
| D81 | A3303, A1102, A0203 | A1101 > A3303 | A0203 | A1102 | ||
| D82 | A3303, A1102 | A3303 | A1101 | A1102 | ||
| R4 | A0201 | A0201 | ||||
| R5 | A0201, A0203 | A0203 > A0201 | ||||
| R6 | A0201, A0207, A0206, A0203 | A0207 > | A0206 > A0201 > A0203 | |||
| R8 | A0201 | A0201 | ||||
| R9 | A0201, A0206, A0203 | A0201 > A0203 | A0206 | |||
| R10 | A0201 | A0201 | ||||
| R11 | A0201 | A0201 | ||||
| R12 | A0201 | A0201 | ||||
| R13 | A0201 | A0201 | ||||
| R14 | A0201, A0203 | A0203 | A0201 | |||
| R15 | A0201 | A0201 | ||||
| R17 | A0207 | A0207 | ||||
| R23 | A0206 | A0206 | ||||
| R24 | A0203 | A0203 | ||||
| R30 | A1101 | A1101 | ||||
| R32 | A1101, A1102 | A1101 | A1102 | |||
| R34 | A1101, A3001, A3303 | A3303 | A3001 | A1101 | ||
| R35 | A1101, A1102 | A1101 | A1102 | |||
| R38 | A1101, A3303 | A3303 > A1101 | ||||
| R39 | A1101, A1102, A3001 | A1101 | A1102 | |||
| R40 | A1101, A3001 | A1101 | A3001 | |||
| R41 | A1101, A3303 | A3303 | A1101 | |||
| R42 | A1101 | A1101 | ||||
| R43 | A1101, A3303 | A1101 > A3303 | ||||
| R44 | A1101, A1102 | A1101 | A1102 | |||
| R47 | A2402 | A2402 | ||||
| R48 | A2402 | A2402 | ||||
The 17 epitopes highlighted in bold displayed no affinity for the predicted HLA-A allotypes. “>” indicates the affinity from high to low