TABLE 3.
Catabolic capabilities deduced from genomic analysis of Zodletone Myxococcota in comparison to type species genomes available from the KEGG organism databasea
| Carbon sources | JAFGXQ01 | JAFGIB01 | Haliangium ochraceum | Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C | Melittangium boletus | Archangium gephyra | Labilithrix luteola | Cystobacter fuscus | Chondromyces crocatus | Persicimonas caeni | Sorangium cellulosum so ce56 | Bradymonas sediminis | Corallococcus coralloides | Sandaracinus amylolyticus | Stigmatella aurantiaca | Minicystis rosea | Myxococcus xanthus | Vulgatibacter incomptus | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sugar catabolism to central metabolites | |||||||||||||||||||
| Glucose | Y | P | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Mannose | Y | N | N | Y | Y | Y | N | Y | N | N | Y | N | Y | N | Y | N | Y | Y | |
| Galactose | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | Y | N | N | N | N | |
| Fructose | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | N | |
| Hexosamines | Y | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Uronic acids | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Mannitol | Y | N | N | N | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Arabinose | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Xylose | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Amino acid catabolism | |||||||||||||||||||
| Alanine | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Aspartate | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Asparagine | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Glutamate | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Glutamine | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Glycine | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Cysteine | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Methionine | N | N | Y | N | N | Y | Y | N | N | Y | N | N | N | N | Y | N | N | Y | |
| Serine | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Threonine | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Valine | N | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | |
| Leucine | N | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | |
| Isoleucine | N | Y | P | P | P | P | Y | P | P | Y | P | Y | P | P | P | P | P | P | |
| Lysine | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y | Y | Y | |
| Proline | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Arginine | N | Y | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Histidine | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Tyrosine | N | N | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | P | Y | P | P | |
| Tryptophan | N | N | P | P | N | P | N | N | N | P | N | N | P | N | P | N | N | N | |
| Fatty acid degradation | |||||||||||||||||||
| Long chain | P | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Lactate | N | N | Y | Y | N | Y | Y | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Propionate | Y | Y | N | Y | N | N | Y | N | Y | Y | N | Y | N | N | N | Y | N | N | |
| Butanoate | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Fermentation and respiration | |||||||||||||||||||
| Fate of pyruvate | |||||||||||||||||||
| Pyruvate to acetyl-CoA | |||||||||||||||||||
| Pyruvate dehydrogenase (EC 1.2.4.1) | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Pyruvate:ferrodoxin oxidoreductase (EC 1.2.7.1) | Y | Y | Y | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | Y | |
| Acetyl-CoA to acetate | |||||||||||||||||||
| Acetyl-CoA synthetase (EC 6.2.1.1) | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Acetate---CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha (EC 6.2.1.13) | Y | Y | Y | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (EC 2.8.3.18) | N | N | N | Y | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Phosphate acetyltransferase and acetate kinase (EC 2.3.1.8 and EC 2.7.2.1) | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Ethanol production from acetate | Y | Y | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Ethanol production from acetyl-CoA | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | Y | N | N | |
| Formate production from pyruvate | Y | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| d-lactate production from pyruvate | Y | Y | Y | N | N | N | N | N | Y | Y | N | N | N | N | N | N | Y | Y | |
| l-lactate production from pyruvate | N | N | N | N | Y | Y | N | Y | N | N | Y | N | N | Y | Y | Y | N | N | |
| Acetoin production from pyruvate (via acetolactate) | N | Y | N | Y | N | N | N | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | |
| Butanediol production from acetoin | N | Y | N | Y | N | N | N | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | |
| TCA cycle | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Respiration (aerobic) | |||||||||||||||||||
| NADH dehydrogenase (complex I) | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Succinate dehydrogenase (complex II) | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Cytochrome c reductase (complex III) | N | N | Y | N | N | N | Y | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | |
| Alternate complex III | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Complex IV | |||||||||||||||||||
| Cytochrome bd respiratory O2 reductase (high O2 affinity, complex IV) | Y | Y | N | Y | N | Y | Y | N | Y | Y | Y | N | Y | N | N | Y | Y | Y | |
| Cytochrome c oxidase aa3 type (low O2 affinity) | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Cytochrome c oxidase cbb3 type (high O2 affinity) | N | N | N | Y | N | Y | Y | N | N | Y | N | Y | N | Y | N | Y | Y | Y | |
| ATP synthase (complex V) | |||||||||||||||||||
| F-type | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |
| Dissimilatory nitrite reduction to ammonia (DNRA) | |||||||||||||||||||
| Nitrate reductase | |||||||||||||||||||
| Periplasmic NapAB (EC 1.9.6.1) | N | N | N | N | N | Y | N | N | N | Y | Y | Y | N | N | N | N | N | N | |
| Membrane-bound NarGHI (EC 1.7.5.1) | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Nitrite reductase | |||||||||||||||||||
| NirBD; NADH (EC 1.7.1.15) | N | N | N | N | N | N | N | Y | N | N | Y | N | N | Y | N | N | N | N | |
| NrfAH; cytochrome; ammonia-forming (EC 1.7.2.2) | Y | Y | N | Y | N | Y | N | N | N | N | Y | N | Y | N | N | N | Y | Y | |
| Denitrification | N | N | N | P | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Dissimilatory sulfate reduction | |||||||||||||||||||
| Sulfate adenylyltransferase | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Adenylylsulfate reductase | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Quionone interacting membrane-bound oxidoreductase complex (QmoABC) | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Dissimilatory sulfite reductase | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Tetrathionate respiration | |||||||||||||||||||
| Octaheme tetrathionate reductase (Otr) | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Thiosulfate disproportionation | |||||||||||||||||||
| Thiosulfate reductase (PhsABC) | N | Y | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Thiosulfate oxidation | |||||||||||||||||||
| SOX complex | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Sulfite oxidation | |||||||||||||||||||
| SoeABC | N | N | N | Y | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | N | |
| Sulfide oxidation | |||||||||||||||||||
| Sulfide:quinone oxidoreductase (EC 1.8.5.4) | N | N | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y | Y | N | N | Y | N | Y | N | Y | N | |
a
Y, full pathway identified; N, full pathway missing; P, partial pathway identified.