TABLE 2.
Characteristics of fecal Escherichia coli isolates from 20 human and animal household members associated with present case 1a
| Isolateb | Pulsotype | Phylogroup | STc | O or O:H typed | No. of strains in host |
Virulence genotypee |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Adhesins |
Toxins |
Iron uptake |
Protectins |
Miscellaneous |
ExPEC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Human (n = 4) | Cat (n = 9) | Dog (n = 7) | Horse (n = 1) | papAHCEFG | papG allele I | papG allele III | sfa/focDE | sfaS | focG | afaE8 | hra | hlyA | hlyF | cnf1 | pic | vat | astA | iroN | fyuA | ireA | iutA | kpsMII | kpsMTIII | K1 | K5 | K15 | traT | iss | cvaC | usp | ibeA | ompT | H7 | malX | clbB/clbN | ||||||
| CU838f | 964 | A | 10 | O4 | 0 | 0 | 0 | 1 | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| CU839 | 1385 | A | O−:H+ | 0 | 0 | 0 | 1 | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| CU840 | 1386 | A | O−:H16 | 0 | 0 | 0 | 1 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| CU842 | 1388 | A | O−:H19 | 0 | 2 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| CU853 | 983 | B1 | O−:H7 | 0 | 1 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | |
| CU857 | 988 | B1 | O−:H16 | 0 | 1 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| CU870 | 974 | B1 | O−:H21 | 0 | 1 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| CU841 | 1387 | B1 | O−:H41,44 | 0 | 0 | 1 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| CU843 | 1389 | B1 | O8:H16 | 0 | 0 | 1 | 0 | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| CU844 | 998 | B1 | O8:H51 | 0 | 0 | 1 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| CU849 | 965 | B1 | O113:H21 | 0 | 1 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| CU832 | 949 | B1 | O150:H8 | 0 | 0 | 2 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| CU829 | 1072 | B1 | O153:H7 | 1 | 0 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | |
| CU880 | 1323 | B1 | O161:H16 | 0 | 1 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| CU827 | 948 | B1 | O169:H8 | 1 | 0 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | |
| CU846 f | 1006 | B2 | 12 | O4 | 0 | 3 | 0 | 0 | + | − | + | + | + | + | − | + | + | − | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | + | + | + |
| CU866 f | 1390 | B2 | 12 | O4 | 0 | 0 | 1 | 0 | + | − | + | + | − | − | − | + | + | − | + | − | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | + | + | + |
| CU850 f | 977 | B2 | 12 | O4 | 0 | 3 | 1 | 0 | + | + | + | − | − | − | − | + | + | − | + | − | + | − | − | + | + | − | + | − | − | − | − | + | − | − | + | − | − | − | + | + | + |
| CU836 | 1384 | B2 | 73 | O2:H1 | 0 | 1 | 0 | 0 | + | − | + | + | − | + | − | + | + | − | + | + | + | − | + | + | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | + | + | + |
| CU858 f | 986 | B2 | 73 | O25a | 0 | 1 | 0 | 0 | + | − | + | + | − | + | − | + | + | − | + | + | + | − | + | + | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | + | − | + | − | + | + | + |
| CU864 | 914 | B2 | 127 | O6:H31 | 0 | 0 | 2 | 0 | + | − | + | + | + | − | − | + | + | − | + | − | + | − | + | + | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | + | − | + | − | + | + | + |
| CU845 | 1005 | B2 | 372 | O83:H31 | 0 | 0 | 1 | 0 | − | − | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | − | + | − | − |
| CU825 | 921 | B2 | 429 | O83w:H4 | 3 | 0 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | − | + | + | − | + | + | − | + | − | − | + | + | + | + | + | + | − | + | − | + |
| CU851 | 980 | B2 | 929 | O21:H14 | 0 | 1 | 0 | 0 | + e | − | + | + | + | + | − | + | + | − | + | − | + | − | + | + | + | − | + | − | − | − | − | + | − | − | + | + | + | − | + | − | + |
| CU834 | 1295 | B2 | 998 | O2:H6,41 | 0 | 0 | 2 | 0 | + | − | + | + | + | − | − | + | + | − | + | − | + | − | + | + | + | − | + | − | + | − | − | − | − | − | + | + | + | − | + | − | + |
| CU835 | 1296 | B2 | 1056 | O−:H7 | 0 | 0 | 1 | 0 | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | − | − | − |
| CU848 | 1016 | D1 | ND | 0 | 1 | 0 | 0 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Boldface type indicates cnf1-positive isolates; italic type indicates the strain shared by case 1 (lung, liver) and a healthy dog (feces). ExPEC, extraintestinal pathogenic E. coli; ND, not done; ST, sequence type. +, present; −, absent.
One representative isolate is shown per unique strain (i.e., pulsotype), regardless of how many hosts the strain was isolated from.
ST was determined if a strain was from phylogroup B2 or exhibited an ExPEC-associated O type (O2, O4, O6, O7, O15, O16, O18, O25, O75).
For strains with no O type result after a PCR-based screen, O:H serotyping was done. Isolates with footnote symbol: PCR-based O type.
All strains had fimH (type 1 fimbriae). None had afa/draBC (Dr-binding adhesins), bmaE (M fimbriae), cdtB (cytolethal distending toxin), clpG (variant adhesin), F17 (variant adhesin), gafD (G fimbriae), iha (adhesin-siderophore), K2/K100 (group 2 capsule variants), K5 (group 2 capsule variant), K15 (group 2 capsule variant), papG allele II (variant P fimbriae adhesin), sat (secreted autotransporter toxin), or tsh (temperature-sensitive hemagglutinin).
This strain lacked papAH.