Table 1.
Dataset Statistics.
| Species | Available Train Dataset | Train Dataset Size | Test Dataset Size | Updated TrainDataset | Updated Test Dataset | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Caenorhabditis elegans (C. elegans) | iDNA4mC (chen et al. [21]) | 4mC = 1554 | 4mC = 0 | 4mC = 7939 Non-4mC = 82033 | 4mC = 2352 Non-4mc = 2660 | |||||||||||||
| Non-4mC = 1554 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| DeepTorrent (Liu et al. [24]) | 4mC = 55729 | 4mC = 2667 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 55729 | Non-4mC = 2667 | |||||||||||||||||
| Zeng et al. [27] | 4mC = 11173 | 4mC = 0 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 6635 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| Rao et al. [26] | 4mC = 20000 | 4mC = 0 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 20000 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| Drosophila melanogaster (D. melanogaster) | iDNA4mC (chen et al. [21]) | 4mC = 1769 | 4mC = 0 | 4mC = 72127 Non-4mC = 75460 | 4mC = 3332 Non-4mC = 3521 | |||||||||||||
| Non-4mC = 1769 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| DeepTorrent (Liu et al. [24]) | 4mC = 53970 | 4mC = 3684 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 53970 | Non-4mC = 3684 | |||||||||||||||||
| Rao et al. [26] | 4mC = 20000 | 4mC = 0 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 20000 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| Arabidopsis thaliana(A. thaliana) | iDNA4mC (chen et al. [21]) | 4mC = 1978 | 4mC = 0 | 4mC = 81143 Non-4mC = 85456 | 4mC = 10388 Non-4mC = 11172 | |||||||||||||
| Non-4mC = 1978 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| DeepTorrent (Liu et al. [24]) | 4mC = 63720 | 4mC = 11 307 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 63720 | Non-4mC = 11 307 | |||||||||||||||||
| Rao et al. [26] | 4mC = 20000 | 4mC = 0 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 20000 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| Escherichia coli (E. coli) | iDNA4mC (chen et al. [21]) | 4mC = 388 | 4mC = 0 | 4mC = 1959 Non-4mC = 2156 | 4mC = 126 Non-4mC = 126 | |||||||||||||
| Non-4mC = 388 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| DeepTorrent (Liu et al. [24]) | 4mC = 1941 | 4mC = 126 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 1941 | Non-4mC = 126 | |||||||||||||||||
| Geoalkalibacter subterraneus (G. subterraneus) | iDNA4mC(chen et al. [21]) | 4mC = 905 | 4mC = 0 | 4mC = 10583 Non-4mC = 10780 | 4mC = 5263 Non-4mC = 5263 | |||||||||||||
| Non-4mC = 905 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| DeepTorrent (Liu et al. [24]) | 4mC = 9934 | 4mC = 5263 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 9934 | Non-4mC = 5263 | |||||||||||||||||
| Geobacter pickeringii (G. pickeringii) | iDNA4mC (chen et al. [21]) | 4mC = 569 | 4mC = 0 | 4mC = 4703 Non-4mC = 4900 | 4mC = 1210 Non-4mC = 1210 | |||||||||||||
| Non-4mC = 569 | Non-4mC = 0 | |||||||||||||||||
| DeepTorrent (Liu et al. [24]) | 4mC = 4514 | 4mC = 1210 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 4514 | Non-4mC = 1210 | |||||||||||||||||
| Mus musculus | 4mCpred-EL [28] | 4mC = 800 | 4mC = 180 | 4mC = 800 Non-4mC = 800 | 4mC = 180 Non-4mC = 180 | |||||||||||||
| Non-4mC = 800 | Non-4mC = 180 | |||||||||||||||||
| Casuarina equisetifolia (C. equisetifolia) | iDNA-MS [30] | 4mC = 183 | 4mC = 183 | 4mC = 183 Non-4mC = 183 | 4mC = 183 Non-4mC = 183 | |||||||||||||
| Non-4mC = 183 | Non-4mC = 183 | |||||||||||||||||
| Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) | iDNA-MS [30] | 4mC = 990 | 4mC = 989 | 4mC = 990 Non-4mC = 990 | 4mC = 989 Non-4mC = 989 | |||||||||||||
| Non-4mC = 990 | Non-4mC = 989 | |||||||||||||||||
| Tolypocladium sp SUP5-1 (Tolypocladium) | iDNA-MS [30] | 4mC = 7664 | 4mC = 7663 | 4mC = 7664 Non-4mC = 7664 | 4mC = 7663 Non-4mC = 7663 | |||||||||||||
| Non-4mC = 7664 | Non-4mC = 7663 | |||||||||||||||||
| Fragaria vesca (F. vesca) | i4mC-ROSE [29] | 4mC = 4854 | 4mC = 1617 | 4mC = 12298 Non-4mC = 12152 | 4mC = 8819 Non-4mC = 9015 | |||||||||||||
| Non-4mC = 4854 | Non-4mC = 1617 | |||||||||||||||||
| iDNA-MS [30] | 4mC = 7899 | 4mC = 7898 | ||||||||||||||||
| Non-4mC = 7899 | Non-4mC = 7898 | |||||||||||||||||
| Rosa chinensis (R. chinensis) | i4mC-ROSE [29] | 4mC = 2337 | 4mC = 779 | 4mC = 2337 Non-4mC = 2337 | 4mC = 779 Non-4mC = 779 | |||||||||||||
| Non-4mC = 2337 | Non-4mC = 779 |