TABLE 3.
Summary of results from biophysical characterization of FK506 and APX879 complexesa
| Crystal structures (H-bond pairs) |
NMR (Δ chemical shift >1 SD) |
MD simulations (H-bond pair with Z-score >1) |
||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| FK506 | APX879 | FK506 | APX879 | FK506 | APX879 | |
| hFKBP12 (PDB 1FKJ and 6VCU) | V25 | V25 | ||||
| D38-O6 | D38-O6 | D38-O6 | D38-O6 | |||
| S40 | S40 | |||||
| R43 | R43 | R43-O5, O6, O8 | ||||
| M50-O13 | ||||||
| G52 | G52 | |||||
| E55-O10 | E55-O10 | E55-O10 | E55-O10, O12 | |||
| I57-O2 | I57-O2 | I57 | I57 | I57-O2 | I57-O2 | |
| W60-O3, O11 | W60-O3 | |||||
| E62 | E62 | |||||
| A65 | A65 | |||||
| Y83-O3 | Y83-O3 | |||||
| G84-O11 | ||||||
| A85-O12 | ||||||
| T86-O12 | ||||||
| G87-O12 | ||||||
| H88-O12 | ||||||
| I91-O9 | ||||||
| F100 | F100 | |||||
| AfFKBP12 (PDB 5HWC and 6VCV) | I25 | I25 | ||||
| H26 | H26 | |||||
| Y27-O4, O5 | Y27 | Y27 | Y27-O6 | |||
| D38-O6, O4 | D38-O6 | D38-O4, O6 | D38-O6 | |||
| R43 | R43 | |||||
| T49 | T49 | |||||
| R55-O10 | R55-O10 | R55-O10 | R55-O10 | |||
| V56 | V56 | |||||
| I57-O2 | I57-O2 | I57 | I57 | I57-O2 | I57-O2 | |
| W60-O3 | W60-O3 | |||||
| Y83-O3 | Y83-O3 | |||||
| R86-O12 | ||||||
| V102 | V102 | |||||
| E103 | E103 | |||||
| McFKBP12 (PDB 6VRX and 6VCT) | I25 | I25 | ||||
| H26 | H26 | |||||
| Y27-O5 | Y27-O4 | Y27-O6, O8 | ||||
| D38-O6, O4 | D38-O6 | D3-O6 | ||||
| R43-O6, O8 | ||||||
| F47 | F47 | |||||
| Q48 | Q48 | |||||
| C49 | C49 | |||||
| T50-O13 | ||||||
| Q55-O10 | Q55-O10 | Q55-O10 | Q55-O10 | |||
| V56 | V56 | |||||
| I57-O2 | I57-O2 | I57 | I57 | I57-O2 | I57-O2 | |
| W60-O3 | W60-O3 | |||||
| Y83-O3 | Y83-O3 | |||||
| E101 | E101 | |||||
| V102 | V102 | |||||
| E103 | E103 | |||||
a
Residues in italic are observed by two methods while those in bold are observed by three methods for the same protein-ligand complex. For MD simulation H-bond Z-score calculations, see Table S2.