Table 3.

Key-Tuning Amino Acid Sites in the Rhodopsin RH1 Gene.

Species	Order	83	90	96	102	111	113	118	122	124	132	164	183	188	194	195	207	208	211	214	253	261	265	269	289	292	295	299	300	317	λ max (nm)	References
Bovine RH1		D	G	Y	Y	N	E	T	E	A	A	A	M	G	P	H	M	F	H	I	M	F	W	A	T	A	A	A	V	M	500	Yokoyama (2008)
Ancestral teleost RH1		D	G	Y	Y		E	T	E	A	A	A	M		L	N	M	F	H	I	M	F	W	A	T	A	A	A	L	M		Musilova et al. (2019a)
Bathysaurus ferox	Aulopiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	S	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	.	T	L	.	481	Collin and Marshall (2003)
Bathysaurus mollis	Aulopiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	S	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	T	.	S	.	T	L	.	479	Collin and Marshall (2003)
Coccorella atlantica	Aulopiformes	N	.	.	.	S	.	.	M	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	S	.	I	.	480c	Douglas et al. (1998)
Scopelarchus michaelsarsi RH1a	Aulopiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	C	.	.	.	.	.	S	S	S	I	.	486a	Pointer et al. (2007)
Scopelarchus michaelsarsi RH1b	Aulopiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	S	.	.	.	.	L	K	.	.	.	V	.	.	.	.	.	.	.	.	L	.	479a	Pointer et al. (2007)
Scopelosaurus hoedti	Aulopiformes	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	I	.
Gyrinomimus myersi	Beryciformes	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	.	.	I	.
Melamphaes sp.	Beryciformes	.	.	.	.	.	.	.	Q	.	S	.	.	.	R	V	.	.	.	G	.	.	.	S	.	.	.	S	I	.
Scopelogadus mizolepis	Beryciformes	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	S	.	.	.	R	V	.	.	.	G	.	.	.	T	.	.	.	S	.	.	488d	Douglas et al. (1998)
Lepisosteus oculatus (outgroup)	Lepisosteiformes	.	.	.	.	.	.	.	Q	S	.	.	.	.	L	K	.	.	.	L	.	Y	.	G	.	.	.	.	L	.
Ceratoscopelus warmingii RH1-1	Myctophiformes	.	.	.	.	T	.	.	Q	.	S	.	.	.	R	A	.	.	.	G	.	.	.	.	A	.	.	S	I	.	488b	Collin and Marshall (2003)
Ceratoscopelus warmingii RH1-2	Myctophiformes	.	.	W	.	I	.	.	I	T	.	.	.	.	R	A	.	.	.	L	.	Y	.	.	.	.	.	.	I	.	undetected	Collin and Marshall (2003)
Ceratoscopelus warmingii RH1-3	Myctophiformes	N	.	.	.	T	.	.	Q	.	S	S	.	.	N	V	.	.	Y	G	.	.	.	.	.	S	.	.	I	.	468b	Collin and Marshall (2003)
Hygophum reinhardtii	Myctophiformes	.	.	.	.	A	.	.	Q	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	I	.
Howella brodiei RH1-1	Pempheriformes	N	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	S	S	I	.
Howella brodiei RH1-2	Pempheriformes	N	.	.	.	.	.	.	Q	S	.	.	.	.	R	A	.	.	.	A	.	.	.	.	.	S	S	S	I	.
Pteraclis aesticola	Scombriformes	.	.	.	.	.	.	.	Q	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	.
Scombrolabrax heterolepis	Scombriformes	.	.	.	.	.	.	.	Q	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	S	.	S	.	S	I	.
Chauliodus spp.	Stomiiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	R	A	.	.	.	V	.	.	.	.	A	S	.	.	L	V	484	Collin and Marshall (2003)
Grammatostomias flagellibarba	Stomiiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	V	.	.	.	.	.	S	.	.	L	.	480 - 487	Kenaley et al. (2014)
Idiacanthus fasciola	Stomiiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	.	.	L	.	485	Collin and Marshall (2003)
Pollichthys mauli	Stomiiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	.	.	L	.
Anoplogaster cornuta	Trachichthyiformes	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	.	S	I	.	485	Collin and Marshall (2003)

^aValue for Scopelarchus analis.

^bTwo pigments reported without assignment to the gene; see also fig. 3.

^cValue for closely related species, Evermannella balbo.

^dValue for Scopelogadus beani.