TABLE 3.

Quantification and identification of bacterial population on rice phyllomicrobiome by integrated metabarcoding and culturomic methods.

Genus	Metabarcoding method				Culturomic method
	Blast-resistant Pusa1602		Blast-susceptible PRR78		Blast-resistant Pusa1602	Blast-susceptible PRR78
	*Read count	Reads (%)	*Read count	Reads (%)	Log CFU g–1	Log CFU g–1
Pantoea	423,893	87.751	137,297	66.357	4.73	5.17
Pseudomonas	8,433	1.746	4,226	2.042	3.23	4.47
Enterobacter	4,071	0.843	1,270	0.614	4.13	5.00
Buttiauxella	1,210	0.250	−	−	−	−
Erwinia	501	0.104	264	0.128	−	−
Klebsiella	402	0.083	769	0.372	−	−
Clostridium	144	0.030	172	0.083	−	−
Salmonella	141	0.029	97	0.047
Bacteroides	116	0.024	346	0.167	−	−
Enterococcus	40	0.008	142	0.069	3.65	2.16
Curtobacterium	38	0.008	10	0.005	2.24	4.64
Kineococcus	35	0.007	139	0.067	−	−
Microbacterium	27	0.006	16	0.008	5.66	5.90
Acinetobacter	22	0.005	−	−	3.49	3.74
Abiotrophia	−	−	1,522	0.736	−	−
Acidovorax	−	−	−	−	4.54	5.37
Agrobacterium	−	−	−	−	3.87	2.47
Butyrivibrio	−	−	134	0.065	−	−
Campylobacter	−	−	101	0.049	−	−
Capnocytophaga	−	−	518	0.250	−	−
Elizabethkingia	−	−	206	0.100	−	−
Escherichia	−	−	755	0.365	−	−
Flavobacterium	−	−	152	0.073	−	−
Fusobacterium	−	−	1,093	0.528	−	−
Gemella	−	−	1,213	0.586	−	−
Granulicatella	−	−	807	0.390	−	−
Haemophilus	−	−	475	0.230	−	−
Kluyvera	−	−	135	0.065	−	−
Leptotrichia	−	−	220	0.106	−	−
Moraxella	−	−	382	0.185	−	−
Neisseria	−	−	450	0.217	−	−
Porphyromonas	−	−	6,355	3.071	−	−
Prevotella	−	−	1,064	0.514	−	−
Rhizobium	−	−	−	−	5.13	5.43
Rothia	−	−	696	0.336
Sphingomonas	−	−	−	−	4.17	4.82
Streptobacillus	−	−	107	0.052	−	−
Veillonella	−	−	608	0.294	−	−

*Genus with less than 10 reads were not considered.