Table 2.

Key TFs controlling the expression of the CC-related genes

Term	Overlap	P-value	Genes
FOXM1	70/932	1.56E−37	TOP2A;HJURP;BUB1B;KIF11;TTF2;KIF15;CKS1B;CDC20;FOXQ1;PTTG1;NUF2;ENC1;PBK;NUSAP1;TK1;SOX4;DLGAP5;CEP55;TGIF1;RFC3;CKAP2L;ACTL6A;ETV4;CDC25A;CDC25B;CCNA2;ASPM;SAPC
E2F4	48/1002	3.41E−17	TOP2A;PCNA;RNASEH2A;CDCA3;CDCA5;TROAP;CDCA7;BUB1B;TTK;KIF11;TTF2;HMMR;IQGAP3;CENPA;AURKB;KIF15;RAD51AP1;CCNB2;CCNB1;HSPH1;EXO1;MYC;CHEK1;PBK;NUSAP1;RAD54L;SKP2;BUB1;PLK4;POLQ;RFC3;RFC4;ATAD2;CCNA2;ANLN;TPX2;ASPM;CENPF;KIAA0101;KIF4A;TIMELESS;MCM4;KIF2C;KIF20A;TRIP13;DTL;ASF1B;MAD2L1
MYC	92/3868	7.00E−13	TOP2A;MCM7;CSE1L;BUB1B;TMEM97;KIF11;TTF2;CELSR3;RRP9;KIF15;CKS1B;RPS15;CDC20;LAPTM4B;EXO1;SALL4;CHEK1;ENC1;PBK;NUSAP1;GNPNAT1;TGIF1;CCT2;RPS7;GPT2;PUS1;ACTL6A;TOMM34;ETV4;GTPBP4;CDC25A;GNL3;NME1;CCNA2;SLC7A5;DKC1;CKS2;MCM4;KIF20A;RPL29;EEF1E1;DTL;SLC29A2;MCM2;PCNA;AHCY;RNASEH2A;DCUN1D5;CDCA3;SHMT2;UHRF1;CDCA5;CDCA7;DDX21;TTK;HMMR;CENPA;LRP8;AURKB;HSPD1;AURKA;RAD51AP1;EXOSC5;CCNB1;MTHFD1L;STC2;POLD2;RRS1;MSX1;LYAR;BUB1;FANCI;CDT1;TRAP1;RANBP1;GDF15;ATAD2;RPP40;PYCR1;WDR12;HSPE1;PAICS;ANLN;CDK4;FASN;IMPDH2;LCN2;TRIP13;IARS;ABCE1;RPS21;NUP37
E2F1	93/4172	2.23E−11	MRPS17;MCM7;CSE1L;BUB1B;TMEM97;CELSR3;LMNB2;RRP9;KIF15;CKS1B;RPS15;LAPTM4B;MRPL3;CDH3;EXO1;MYC;SALL4;NUSAP1;GNPNAT1;TK1;SKP2;SOX4;CEP55;TEAD4;TGIF1;HES6;CCT2;RFC3;RPS7;CKAP2L;GPT2;ACTL6A;TOMM34;PUS7;ETV4;GTPBP4;CDC25A;GNL3;NME1;CCNA2;MMP11;SLC7A5;ASPM;MELK;CKS2;TRIB3;KIF2C;KIF20A;RPL29;EEF1E1;DTL;ASF1B;MCM2;PCNA;AHCY;SHMT2;UHRF1;TYMS;AURKB;HSPD1;AURKA;RAD51AP1;CCNB2;EXOSC5;PRDX4;MTHFD1L;STC2;SPP1;LYAR;S100A11;PLK4;SLC12A2;CDT1;TRAP1;RANBP1;MARCKSL1;GDF15;CBX2;ATAD2;RPP40;PYCR1;HSPE1;TPX2;CENPE;CDK4;PSAT1;PRC1;FASN;UBE2T;EBPL;ABCE1;RPS21;MAD2L1
AR	19/298	2.31E−09	RPS7;CKAP2L;ATAD2;IQGAP3;CDC25A;HSPD1;CCNA2;ANLN;TPX2;MELK;MYC;PBK;MCM4;CENPN;KIF20A;SKP2;LYAR;DTL;C19ORF48
E2F7	9/46	2.56E−09	FANCI;PCNA;MCM7;ATAD2;CDCA7;RAD54L;MCM4;DTL;CDC25A