TABLE 1.

Comparison of performance differences between similarity indices (Dataset A: M.musculus).

Indices	Molecular function			Biological process				Cellular component
	1st rank	2nd rank	3rd rank	1st rank	2nd rank	3rd rank	4th rank	1st rank	2nd rank	3rd rank
Origin	0.28	0.12	0.10	0.39	0.23	0.13	0.09	1.63	0.45	0.24
CN	0.21	0.09	0.07	0.27	0.22	0.14	0.09	1.44	0.47	0.16
Jaccard	0.30	0.16	0.11	0.49	0.30	0.129	0.11	1.94	0.56	0.25
FS	0.33	0.15	0.15	0.47	0.28	0.16	0.12	2.13	0.61	0.27
CN+	0.27	0.14	0.10	0.37	0.26	0.14	0.11	1.70	0.54	0.21
Jaccard+	0.35	0.16	0.12	0.54	0.34	0.15	0.12	2.03	0.62	0.27
FS+	0.38	0.16	0.15	0.52	0.30	0.16	0.14	2.23	0.69	0.29
Katz	0.29	0.13	0.12	0.45	0.23	0.17	0.11	1.70	0.54	0.28
RWR	0.32	0.15	0.13	0.49	0.26	0.16	0.12	2.23	0.61	0.30
Katz+	0.31	0.16	0.14	0.47	0.26	0.19	0.14	2.13	0.59	0.27
RWR+	0.35	0.15	0.16	0.52	0.28	0.17	0.12	2.45	0.64	0.33