Table 1.

Mixed-effect model evolution (MEME) based episodic diversifying selection of S genes.

Codon	α	β−	Pr[β = β−]	β+	Pr[β = β+]	p- value	q- value
23	0.763537	0.0876926	0.791942	6.94636	0.208058	0.00599763	0.306802
32	0.0303846	0.0303846	0.845357	16.0443	0.154643	0.000109085	0.0217625
183	0	0	0.808421	1385.75	0.191579	4.86022e-05	0.0121202
292	2.25206	0.196196	0.983314	1017.51	0.0166862	0.000440945	0.0488714
298	1.42265	0.174859	0.939828	100.502	0.0601715	7.95141e-06	0.0158631
317	1.04444	0.137501	0.887011	18.7376	0.112989	0.00021124	0.0301017
325	1.13163	0.232676	0.92076	20.307	0.07924	0.00463552	0.249942
342	1.57608	0.159258	0.95851	79.7256	0.04149	0.00362301	0.24093
353	1.29453	0.352534	0.924912	28.1257	0.0750881	0.0069351	0.345888
386	0.753244	0.0399839	0.800754	8.28076	0.199246	0.00114942	0.0997
425	0.410353	0.02881	0.823356	11.616	0.176644	0.00245846	0.169125
433	0.593223	0.231261	0.93788	78.4249	0.06212	0.000153183	0.0254667
439	0.479128	0.113517	0.964491	72.4365	0.0355088	0.00124469	0.103465
552	0.99667	0.123464	0.905014	19.789	0.0949856	0.00458789	0.254245
665	0.438912	0.068045	0.916963	16.7519	0.0830372	0.000346139	0.0431592
800	0.697221	0.0904626	0.896715	28.2982	0.103285	5.45339e-05	0.0120883
801	1.19665	0.104413	0.94502	59.5819	0.0549798	3.53549e-05	0.0141066
812	0.435179	0.0407753	0.982768	209.337	0.0172323	2.63072e-05	0.0174943
945	0.311495	0.311495	0.931781	1385.76	0.0682191	0.00160388	0.114277
1010	0.666632	0.0706994	0.794554	6.50562	0.205446	4.24713e-05	0.0121043
1036	1.07674	0.149688	0.807791	11.1189	0.192209	0.00872274	0.395497
1063	1.34172	0.051046	0.772181	29.3489	0.227819	0.000724438	0.0722627
1065	0.23116	0.0690992	0.628878	4.16857	0.371122	0.00766241	0.372842
1070	1.27829	0.088108	0.950218	156.206	0.0497822	0.00159718	0.118014
1089	0.461102	0.0974815	0.955559	39.1503	0.0444409	3.42666e-05	0.0170905
1171	0.702561	0	0.919435	13.1505	0.0805655	0.00835174	0.387482
1176	1.23305	0.10632	0.992475	1292.18	0.00752452	0.000136251	0.0247109
1241	0.43565	0.142802	0.823178	7.65695	0.176822	0.00110546	0.100245
1282	2.62966	0.0713705	0.935338	41.2155	0.0646616	0.000524567	0.0550796
1285	0.384711	0.103926	0.889866	15.0998	0.110134	3.81763e-05	0.0126936
1381	0.443969	0.102546	0.956052	54.664	0.0439479	2.62908e-05	0.0262251
1446	1.01357	0.0717032	0.938069	22.6903	0.0619309	0.00362951	0.233577
1519	0.586696	0.0355755	0.970597	186.959	0.0294032	0.000404232	0.0474378
1563	0.141133	0.0203677	0.958524	192.671	0.0414764	0.000164024	0.0251713
1606	0.906054	0.0786118	0.902833	9.24085	0.0971675	0.00768589	0.36508
1658	1.94819	0.170368	0.985206	210.228	0.0147941	0.00967217	0.419478
1694	0.331159	0.0278589	0.986102	432.483	0.0138985	0.00125178	0.0998924
1727	0.453456	0.155761	0.932596	22.5383	0.0674039	0.00387794	0.241765
1819	0.480708	0.031874	0.987011	49.0222	0.0129895	0.00435959	0.255805
1840	0.515394	0.0643477	0.980805	250.885	0.0191948	0.000251536	0.0334543
1866	0.776281	0	0.887619	12.702	0.112381	0.0055095	0.289249
1939	0.232632	0	0.978126	33.5588	0.0218743	0.00875951	0.388338
1942	0.500544	0	0.962909	25.6181	0.0370913	0.00152886	0.117311
1972	0.115119	0.0412817	0.894805	4.66122	0.105195	0.00396383	0.239631
1973	0.310806	0.0140975	0.96477	21.6742	0.03523	0.000802131	0.0762024
1989	0	0	0.846684	1.51907	0.153316	0.00440476	0.251072