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. 2021 Nov 3;113(1):297–307. doi: 10.1111/cas.15170

TABLE 3.

The average CN ratios of 11 target genes, and chromosome X and Y in 60 ccRCCs

Gene Chr band Sample ID
R01 R02 R03 R04 R05 R06 R07 R08 R09 R10 R11 R12 R13 R14 R15 R16 R17 R18 R19 R20
VHL 3p25.3 0.73 0.78 0.72 1.05 1.07 0.95 0.75 0.90 0.72 0.80 0.70 0.73 0.89 0.79 0.88 0.63 0.81 0.81 0.79 0.70
SETD2 3p21.31 0.71 0.77 0.71 1.02 0.98 0.92 0.69 0.90 0.73 0.77 0.68 0.70 0.87 0.74 0.77 0.59 0.80 0.80 0.78 0.70
SMARCC1 3p21.31 0.72 0.80 0.73 1.06 1.01 0.95 0.71 0.91 0.74 0.80 0.70 0.71 0.90 0.77 0.82 0.62 0.83 0.83 0.79 0.73
BAP1 3p21.1 0.64 0.71 0.66 0.90 0.96 0.82 0.72 0.80 0.65 0.75 0.69 0.69 0.79 0.63 0.75 0.59 0.72 0.70 0.77 0.62
PBRM1 3p21.1 0.71 0.77 0.71 1.03 0.99 0.94 0.68 0.90 0.72 0.77 0.69 0.70 0.89 0.76 0.80 0.60 0.81 0.81 0.80 0.70
ELOC 8q21.11 1.06 1.09 1.05 0.69 0.81 0.96 1.06 1.13 1.17 1.01 1.02 1.01 1.08 1.12 1.05 1.05 1.10 1.12 0.98 1.10
CDKN2A 9p21.3 1.01 1.00 1.00 1.00 1.01 0.91 0.73 1.02 0.93 0.99 0.68 0.93 0.77 1.00 1.01 1.02 1.01 1.02 0.96 1.04
CDKN2B 9p21.3 0.98 1.01 0.96 1.02 0.99 0.90 0.69 1.02 0.91 0.95 0.65 0.93 0.73 0.97 0.96 0.96 1.04 1.00 0.91 1.03
HIF1A 14q23.2 0.97 0.99 0.95 1.00 0.93 0.72 0.89 0.92 0.90 0.94 0.66 0.84 0.83 1.00 0.94 0.55 1.03 1.02 0.80 1.04
TP53 17p13.1 1.07 1.06 1.07 1.09 1.09 0.98 1.09 1.06 1.07 1.05 1.05 1.04 0.88 1.08 1.11 1.10 1.04 1.08 0.99 1.08
HCFC1 Xq28 1.02 0.97 0.94 0.96 1.01 1.23 0.99 0.97 1.32 2.00 1.03 2.00 0.98 0.89 1.01 1.03 0.91 1.87 0.95 0.95
chr X 1.05 1.04 1.03 1.05 1.03 1.34 1.04 1.03 1.42 2.06 1.05 2.06 1.05 1.04 1.03 1.06 1.06 2.18 1.01 1.03
chr Y 1.03 1.04 0.95 1.05 1.00 0.52 0.36 0.95 1.45 0.00 1.01 0.00 1.00 0.98 0.55 0.16 1.04 0.00 0.95 1.07
CN alterations a 1 3 4 1 1 14 4 2 9 2 6 3 10 3 3 7 6 2 7 3
Gene Chr band Sample ID
R21 R22 R23 R24 R25 R26 R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 R34 R35 R36 R37 R38 R39 R40
VHL 3p25.3 0.69 0.78 0.81 0.87 0.69 1.00 0.68 0.77 0.77 0.72 0.68 0.75 0.70 0.71 0.82 0.83 0.73 0.73 0.81 0.85
SETD2 3p21.31 0.68 0.72 0.77 0.85 0.67 1.00 0.66 0.77 0.75 0.69 0.60 0.71 0.68 0.69 0.80 0.81 0.68 0.70 0.83 0.83
SMARCC1 3p21.31 0.69 0.74 0.80 0.87 0.69 1.02 0.67 0.79 0.77 0.72 0.62 0.75 0.71 0.71 0.82 0.82 0.69 0.73 0.84 0.85
BAP1 3p21.1 0.65 0.76 0.76 0.78 0.62 0.88 0.64 0.70 0.69 0.66 0.67 0.65 0.60 0.62 0.66 0.76 0.76 0.64 0.68 0.80
PBRM1 3p21.1 0.67 0.72 0.78 0.86 0.68 1.00 0.66 0.78 0.76 0.69 0.59 0.73 0.70 0.69 0.81 0.79 0.69 0.71 0.84 0.84
ELOC 8q21.11 1.03 1.02 1.03 1.07 1.08 1.03 1.08 1.11 1.06 1.10 1.03 1.11 1.11 1.09 1.11 1.04 1.05 0.94 0.89 1.08
CDKN2A 9p21.3 0.95 0.98 0.98 1.02 1.00 0.99 0.99 1.03 1.04 1.06 1.11 1.01 1.06 1.05 1.08 0.59 0.74 0.86 1.11 0.96
CDKN2B 9p21.3 0.95 0.92 0.95 1.00 0.98 0.97 0.94 1.01 1.00 1.02 1.02 1.01 1.03 0.99 1.09 0.62 0.72 0.81 1.12 0.91
HIF1A 14q23.2 1.08 0.87 0.74 0.88 0.97 0.59 0.97 0.75 0.99 0.71 0.93 1.00 0.96 1.02 0.90 0.79 0.66 0.91 1.07 0.82
TP53 17p13.1 0.98 1.10 1.06 1.06 1.08 1.04 1.08 1.04 1.07 1.08 1.06 1.07 0.98 1.07 1.07 1.05 1.08 0.94 1.08 1.01
HCFC1 Xq28 1.14 1.09 2.11 2.23 0.91 0.90 1.03 0.95 1.98 2.03 1.29 0.94 1.87 0.95 0.89 1.00 1.15 1.23 0.87 0.96
chr X 1.18 1.05 2.12 2.30 1.03 1.03 1.07 1.06 2.12 2.15 1.13 1.03 2.12 1.06 1.06 1.09 1.08 1.39 1.10 1.03
chr Y 1.14 0.45 0.00 0.00 1.05 0.08 0.96 0.51 0.00 0.00 1.04 1.01 0.00 1.08 0.95 1.07 1.02 0.47 0.60 0.61
CN alterations a 6 6 3 2 2 6 3 2 2 6 2 4 3 3 3 9 8 12 4 7
Gene Chr band Sample ID
R41 R42 R43 R44 R45 R46 R47 R48 R49 R50 R51 R52 R53 R54 R55 R56 R57 R58 R59 R60
VHL 3p25.3 0.63 0.80 0.83 0.83 0.71 0.71 0.78 0.76 0.78 0.74 0.78 0.84 0.70 0.92 0.69 0.77 0.76 0.66 0.99 0.76
SETD2 3p21.31 0.60 0.75 0.81 0.74 0.69 0.70 0.75 0.80 0.76 0.75 0.77 0.83 0.67 0.85 0.64 0.74 0.75 0.63 0.95 0.74
SMARCC1 3p21.31 0.62 0.77 0.83 0.80 0.71 0.72 0.78 0.83 0.77 0.76 0.80 0.86 0.69 0.88 0.67 0.76 0.76 0.66 0.98 0.76
BAP1 3p21.1 0.54 0.68 0.70 0.65 0.65 0.58 0.64 0.63 0.60 0.63 0.66 0.70 0.68 0.83 0.62 0.73 0.71 0.56 0.88 0.66
PBRM1 3p21.1 0.61 0.75 0.80 0.77 0.70 0.70 0.77 0.80 0.75 0.74 0.77 0.85 0.68 0.85 0.64 0.74 0.74 0.65 0.95 0.75
ELOC 8q21.11 1.02 1.09 1.09 0.81 1.06 1.13 1.11 1.13 1.14 1.10 1.10 0.96 1.03 1.03 1.05 0.80 1.09 1.52 1.13 1.11
CDKN2A 9p21.3 0.61 0.77 1.03 1.24 1.05 1.05 1.07 1.03 1.04 1.03 1.05 0.82 0.99 1.03 0.53 0.95 1.02 0.63 1.00 1.04
CDKN2B 9p21.3 0.62 0.77 1.02 1.17 1.01 1.10 1.06 1.09 1.06 1.07 1.06 0.79 0.95 1.03 0.50 0.92 0.97 0.62 0.99 0.97
HIF1A 14q23.2 0.58 0.76 0.80 0.75 1.02 0.70 1.05 0.80 0.78 0.73 1.03 0.84 0.89 0.97 0.64 0.89 0.84 1.01 0.91 0.77
TP53 17p13.1 0.98 0.97 1.04 0.82 1.05 1.05 1.03 1.01 1.05 1.05 1.03 0.81 1.06 1.06 1.13 1.01 1.08 1.08 1.03 1.07
HCFC1 Xq28 1.75 1.05 1.79 1.11 0.94 0.86 0.89 1.63 1.71 0.84 1.79 1.96 1.02 0.99 1.02 1.34 1.03 1.73 1.04 1.94
chr X 1.93 1.15 2.03 1.30 1.06 1.04 1.03 2.06 2.07 1.04 2.07 2.28 1.04 1.04 1.05 1.32 1.07 2.01 1.07 2.10
chr Y 0.00 1.09 0.00 1.22 1.05 1.09 1.05 0.01 0.00 0.40 0.00 0.00 0.94 0.94 0.97 0.56 1.01 0.00 0.85 0.00
CN alterations a 11 10 3 18 3 6 2 4 7 6 4 12 2 4 7 8 4 6 4 3
a

The number of clinically significant chromosomes with CN alterations is shown.

graphic file with name CAS-113-297-g002.jpg