Table 1. Relative expression of selected genes representing cell type markers across clusters.

Gene expression levels indicated in green (higher) to red (lower) shades are expressed on ‘ScaleData’ units so that the mean expression across cells is 0 and the variance across cells is 1 to provide equal weight to all genes. Key: RG, radial glia; IPC, intermediate progenitor cell; EN, excitatory neuron; CP, choroid plexus progenitor; EP, ependymal; VF, ventral forebrain.

gene_id	C0	C1	C2	C3	C4	C5	C6	C7	C8	Marker type	Alt Gene Name
PAX6	0.19	0.50	−0.92	−0.79	−0.22	0.16	1.45	−0.62	−1.19	RG
NES	0.43	0.35	−0.82	−0.86	0.85	−0.09	−0.82	−0.83	0.46	RG	Nestin
OTX1	0.25	0.22	−0.50	−0.58	−0.26	−0.16	0.14	−0.33	−0.63	RG
SOX1	0.14	0.25	−0.45	−0.38	0.04	0.09	−0.46	−0.47	−0.45	RG
SOX2	0.56	0.65	−1.33	−1.21	0.37	−0.66	−1.21	−1.13	−1.29	RG, EP
GLI3	0.56	0.41	−1.00	−0.93	−0.67	−0.35	−0.43	−0.82	−0.73	RG
GFAP	−0.02	0.00	−0.05	−0.05	0.27	−0.05	−0.05	−0.05	−0.05	RG
EMX2	0.30	0.32	−0.91	−0.83	−0.83	−0.26	−1.34	−0.79	−1.33	RG
SLC1A3	0.22	0.19	−0.47	−0.46	0.28	−0.33	−0.43	0.89	1.96	RG
HES1	0.37	0.53	−1.23	−1.20	−0.18	−0.92	−0.56	−0.62	−0.21	RG
VIM	0.56	0.57	−1.48	−1.53	0.52	−0.42	0.66	−1.51	0.63	RG
FOXP1	0.31	0.27	−0.58	−0.61	−0.33	−0.25	0.58	0.16	0.97	RG
MKI67	−0.31	1.25	−0.61	−0.62	−0.30	0.51	−0.37	−0.51	−0.45	RG
DLL1	−0.21	−0.06	0.05	−0.31	−0.29	2.94	−0.35	−0.36	−0.35	IPC
EOMES	−0.25	−0.23	0.25	0.02	−0.21	2.68	−0.23	−0.23	−0.27	IPC	TBR2
NEUROD1	−0.32	−0.31	1.02	−0.08	−0.31	0.91	−0.30	0.86	−0.33	IPC
NEUROD4	−0.18	−0.18	0.03	−0.18	−0.14	3.40	−0.18	0.16	−0.19	IPC
CCND1	0.42	0.31	−0.98	−0.96	0.77	−0.53	0.93	−0.35	0.23	IPC
NEUROG1	−0.16	−0.14	0.00	−0.15	−0.11	2.69	−0.11	0.59	−0.19	IPC
NEUROG2	−0.17	0.33	0.10	−0.79	−0.79	1.62	−0.79	−0.76	−0.80	IPC
ASCL1	−0.08	0.21	−0.28	−0.20	−0.05	1.42	−0.37	−0.40	−0.38	IPC
NEUROD4	−0.18	−0.18	0.03	−0.18	−0.14	3.40	−0.18	0.16	−0.19	IPC
ASCL1	−0.08	0.21	−0.28	−0.20	−0.05	1.42	−0.37	−0.40	−0.38	IPC
FOXG1	0.04	−0.03	0.57	−0.24	−1.22	−0.20	−1.02	−0.88	−1.44	EN
NEUROD2	−0.42	−0.41	1.76	−0.29	−0.43	−0.23	−0.41	−0.37	−0.44	EN
NEUROD6	−0.47	−0.46	1.78	−0.32	−0.48	0.09	−0.44	−0.41	−0.49	EN
SLC17A6	−0.27	−0.27	0.47	1.48	−0.26	−0.14	−0.28	−0.13	−0.28	EN	VGLUT2
SLC17A7	−0.30	−0.29	1.28	−0.23	−0.30	−0.21	−0.30	−0.19	−0.31	EN	VGLUT1
MAP2	−0.57	−0.50	1.24	1.31	−0.01	0.31	−1.02	−0.83	−1.10	EN
MAPT	−0.45	−0.47	1.03	1.98	−0.45	−0.47	−0.44	0.16	−0.49	EN
TUBB3	−0.29	−0.30	0.98	0.55	−0.46	0.13	−0.61	−0.11	−0.56	EN
DCX	−0.57	−0.60	1.41	1.76	−0.39	0.04	−0.73	−0.06	−0.76	EN
NCAM1	−0.34	−0.19	0.70	1.44	−0.73	−0.19	−0.86	−0.07	−0.82	EN
NCAM2	−0.26	−0.24	0.81	0.26	−0.18	−0.22	0.03	−0.01	0.05	EN
FEZF1	−0.13	−0.12	0.14	0.44	0.23	0.16	−0.17	1.21	−0.17	EN
FEZF2	−0.02	0.00	0.33	−1.31	−0.41	0.70	−1.29	−1.32	−1.38	EN
CALB2	−0.30	−0.29	0.63	0.69	−0.26	−0.28	−0.31	1.14	−0.32	EN	Calretinin
BCL11B	−0.37	−0.32	1.27	0.00	−0.46	−0.10	−0.50	0.27	−0.57	EN
NFIA	−0.31	−0.31	1.35	−1.32	0.08	0.18	−0.95	−1.00	−0.95	EN
NFIB	−0.27	−0.23	1.33	−1.21	−0.70	0.63	−0.77	−0.09	−0.64	EN
SATB2	0.02	0.01	−0.03	−0.14	−0.05	−0.01	−0.06	0.00	−0.09	EN
SYN1	−0.25	−0.25	0.60	1.16	−0.22	−0.24	−0.21	−0.09	−0.17	EN
HOMER1	−0.18	−0.25	0.38	0.50	0.03	−0.03	0.16	0.02	0.19	EN
TBR1	−0.44	−0.44	1.52	0.48	−0.42	−0.24	−0.42	−0.43	−0.41	EN
DLG4	−0.28	−0.22	0.74	0.53	−0.19	−0.24	−0.20	−0.27	−0.41	EN
MAP2	−0.57	−0.50	1.24	1.31	−0.01	0.31	−1.02	−0.83	−1.10	EN
BDNF	−0.07	−0.07	0.00	0.14	0.36	−0.08	0.01	0.29	0.59	EN
DLX2	−0.06	−0.06	−0.03	0.60	−0.07	−0.07	−0.08	0.09	−0.08	VF
FOXP2	−0.05	−0.05	−0.11	0.66	−0.16	−0.09	0.63	0.11	0.44	VF
GBX2	−0.04	−0.04	−0.04	0.09	0.17	0.00	0.04	−0.04	−0.04	VF
PBX3	−0.15	−0.03	−0.42	2.61	−0.19	−0.30	0.14	0.39	−0.07	VF
MEIS2	0.18	0.02	−0.52	1.73	−0.67	−0.63	0.17	0.24	−0.67	VF
PCP4	−0.20	−0.21	−0.10	0.06	2.04	−0.22	0.78	0.32	−0.09	CP
NEAT1	−0.11	−0.20	−0.35	−0.10	1.77	−0.20	4.22	0.81	1.90	CP
RSPO1	−0.17	−0.16	−0.17	−0.16	2.44	−0.16	−0.13	−0.15	−0.17	CP
RSPO2	−0.20	−0.21	−0.21	−0.19	2.90	−0.19	−0.18	−0.21	−0.21	CP
RSPO3	−0.22	−0.29	0.25	−0.15	2.59	−0.28	−0.36	−0.37	−0.34	CP
IGFBP7	−0.19	−0.19	−0.19	−0.19	1.34	−0.19	5.63	0.68	3.23	CP
TTR	−0.20	−0.20	−0.18	−0.18	1.57	−0.20	−0.19	−0.24	−0.23	CP
CXCL14	−0.13	−0.10	−0.14	−0.13	1.00	−0.14	1.19	5.73	−0.11	CP
TRPM3	−0.20	−0.20	−0.21	−0.09	1.84	−0.22	4.89	−0.15	−0.20	CP
AQP1	−0.03	−0.04	−0.01	−0.06	0.11	−0.03	0.60	−0.07	−0.07	CP
OTX2	−0.20	−0.19	−0.21	−0.19	2.31	−0.15	4.15	−0.08	−0.22	CP
KCNE2	−0.03	−0.03	0.01	−0.04	0.01	−0.05	0.03	−0.05	−0.05	CP
FOXJ1	−0.03	−0.06	−0.19	−0.20	1.10	−0.13	−0.01	−0.21	−0.21	CP, EP