TABLE 1.
Effects of 16 PCR facilitators on amplification capacity of Taq DNA polymerase in the presence of blood, feces, and meat
| Facilitator and facilitator concnc | PCR resultsa with the following at the indicated concn (% [vol/vol])b:
|
|||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Blood
|
Feces
|
Meat
|
||||||||||||||
| 20 | 2 | 0.2 | 0.04 | 0.02 | 20 | 4 | 2 | 0.4 | 0.27 | 0.2 | 20 | 4 | 2 | 0.4 | 0.2 | |
| Acetamide | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | +, − | +, + | +, ± | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, + |
| 1 | −, − | +, − | +, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, ± |
| 2.5 | −, − | −, − | ±, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − |
| 4 | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − |
| Betaine | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, ± | −, ± | −, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, ± |
| 5.9 | −, − | +, + | +, + | +, + | +, + | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, ± | +, + |
| 8.8 | −, − | ±, + | +, + | +, + | +, + | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, + | +, + |
| 11.7 | −, − | +, + | +, + | +, + | +, + | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, + | +, + |
| BSA | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − |
| 0.2 | −, − | −, − | −, ± | ±, + | +, + | −, − | − | +, + | +, + | + | +, + | −, − | ±, + | +, + | +, + | +, + |
| 0.4 | −, − | −, + | −, + | +, + | +, + | −, − | ± | +, + | +, + | + | +, + | −, − | −, + | +, + | +, + | +, + |
| 0.6 | −, − | −, + | ±, + | +, + | +, + | −, − | + | +, + | +, + | + | +, + | −, − | −, + | +, + | +, + | +, + |
| Dextran 40 | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | ±, − | ±, − | ±, ± | ±, + | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | ±, ± |
| 1 | −, − | ±, − | −, − | −, + | −, + | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, + |
| 2.5 | −, − | −, − | −, ± | −, + | −, + | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, + |
| 4 | −, − | −, − | −, ± | −, + | −, + | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | ±, − | ±, − | +, + |
| Dextran 500 | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, ± | −, + | −, ± | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | ±, + |
| 1 | −, − | −, − | −, − | −, + | −, + | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, + | +, + |
| 2.5 | −, − | −, − | −, − | −, ± | −, ± | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | ±, + |
| 4 | −, − | −, ± | −, ± | −, ± | −, ± | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | +, − | +, − | +, ± | +, ± |
| Dimethyl sulfoxide | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 2.5 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 5 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 7.5 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| Formamide | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, − |
| 0.25 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, + |
| 0.5 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, − |
| 1 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, − |
| Glycerol | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, ± | ±, ± | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, ± |
| 5 | −, − | −, ± | −, ± | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 7.5 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − |
| 10 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| gp32 | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | +, + | +, + | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, ± |
| 0.01 | −, − | +, + | +, + | +, + | +, + | −, − | −, − | −, ± | −, + | −, ± | −, + | −, − | +, + | +, + | +, + | +, + |
| Nonidet P-40 | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | +, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, − |
| 0.1 | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, ± |
| 0.25 | −, − | −, − | −, − | ±, − | ±, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 0.5 | −, − | −, − | +, − | ±, − | ±, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| Polyethylene glycol 400 | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 1 | −, − | −, − | ±, − | −, − | +, − | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 2 | −, − | −, − | ±, − | ±, − | ±, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 4 | −, − | −, − | ±, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − |
| Polyethylene glycol 4000 | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − |
| 1 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, − |
| 2.5 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| 4 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | +, − |
| Proteinase inhibitord | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | +, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − |
| 0.25× | −, − | −, − | ±, − | +, − | +, − | −, − | − | −, + | +, + | + | +, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, + |
| 0.5× | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, − | −, − | − | +, + | +, + | + | +, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, − |
| 1× | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − | −, − | + | +, + | +, + | + | +, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − |
| TMACe | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − |
| 2.8 × 10−4 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − |
| 5.5 × 10−4 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − |
| 1.1 × 10−3 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | −, − | − | −, − | −, ± | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − |
| Tween 20 | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | ±, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − |
| 0.1 | −, − | −, − | ±, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, − | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − |
| 0.25 | −, − | −, − | −, − | +, − | +, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − |
| 0.5 | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, − | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | −, − | ±, − |
| Tween 80 | ||||||||||||||||
| 0 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, ± | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | +, − | +, ± |
| 0.1 | −, − | −, − | −, − | −, ± | −, + | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, ± |
| 0.2 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, ± | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | −, − | −, − | ±, − | +, ± |
| 0.5 | −, − | −, − | −, − | −, − | −, ± | −, − | − | −, − | −, + | + | −, + | −, − | ±, − | −, − | −, − | +, ± |
a
Results are of one or two independent PCRs; +, PCR product of high yield; ±, PCR product of low yield; −, no PCR product. The results were recorded in the order in which the PCRs were done.
b
Percentage (vol/vol) of blood and homogenates of feces and meat in PCR mixture for Taq DNA polymerase containing 1 ng of L. monocytogenes DNA.
c
Percentage (wt/vol) of 16 amplification facilitators in the reaction mixtures. The PCR sensitivity in the presence of the concentrations of these facilitators was the same as that with a solution of pure water with DNA.
d
One tablet of Proteinase Inhibitor Complete Mini cocktail (EDTA-free; Roche Molecular Biochemicals) was dissolved in 2 ml of deionized water. This concentration was five times greater than that recommended by the supplier.
e
Tetramethylammonium chloride.