TABLE 1.
Strain no. | Somatic O serotype | Flagellin gene type
|
PFGE type
|
|||
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PCR-RFLP (DdeI) | Sequencing
|
SmaI | SalI | |||
SVR | Full | |||||
Outbreak associated | ||||||
D5475 | 19 | D1 | 1 | NTb | A | 1 |
D5477 | 19 | D1 | 1 | 1 | A | 1 |
D5479 | 19 | D1 | 1 | NT | A | 1 |
D5482 | 19 | D1 | 1 | NT | A | 1 |
D5483 | 19 | D1 | 1 | NT | A | 1 |
D5484 | 19 | D1 | 1 | NT | A | 1 |
D5486 | 19 | D1 | 1 | NT | A | 1 |
D5476 | 19 | D1 | 1 | NT | A | 1 |
D5480 | 19 | D1 | 1 | NT | A | 1 |
Sporadic infection | ||||||
D5478 | 4 complexa | D2 | 2 | 2 | B | 2 |
D5487 | 4 complex | D2 | 2 | NT | B | 2 |
D5498 | 4 complex | D2 | 2 | NT | B | 2 |
D5493 | 4 complex | D2 | 2b | 2b | H | 7 |
D5494 | 4 complex | D2 | 2 | NT | I | 8 |
D5497 | 4 complex | D1 | 1b | 1b | K | 10 |
D5492 | 4 complex | D6 | 5b | 4 | G | 5 |
D5488 | 38, 29 | D4 | 4 | NT | C | 3 |
D5489 | 38 | D4 | 4 | NT | C | 3 |
D5490 | 8 | D5 | 5 | 3 | E | 4 |
D5491 | 1, 8 | D5 | 5 | NT | F | 5 |
D5495 | 2 | D7 | 6 | NT | J | 9 |
D5481 | 5 | D3 | 3 | NT | D | 3 |
4 complex consists of strains expressing any combinations of antigens 4, 13, 16, 43, and 50.
NT, not tested.