Table 4.

Prediction of pseudoknot base pairs.

Method (Pairing Cutoff)	TP	FP	FN	STY	PPV	MCC
SPOT-RNA (0.335)	282	6956	924	0.244	0.058	0.115
2dRNA-LID (0.5)	251	4485	955	0.178	0.047	0.084
(0.3)	334	5701	872	0.235	0.055	0.105
(0.1)	460	7771	746	0.324	0.060	0.133
2dRNA-LD (0.5)	461	4835	745	0.303	0.081	0.144
(0.3)	569	5865	637	0.366	0.085	0.166
(0.1)	728	7556	478	0.520	0.102	0.217