Table 1.

Results of Nef analysis in experimental samples

Study ID	SN20	3D12	EH1	6JR	LC–MS/MS	Nef score
HAND 2	−	−	−	−	−	0
HAND 3	+	+	+	+	+	5
HAND 4	−	−	−	−	−	0
HAND 6	+	+	+	+	+	5
HAND 7	+	+	+	+	+	5
HAND 11	+	+	+	−	+	4
HAND 12	−	+	−	−	−	1
HAND 13	+	+	+	+	-	4
HAND 14	−	−	+	−	+	2
HAND 15	−	−	−	−	+	1
HAND 16	+	−	−	−	+	2
HAND 17	+	+	+	+	+	5
HAND 18	−	−	−	+	−	1
HAND 25	−	−	−	−	+	1
HAND 26	+	−	−	−	ND	1
HAND 27	−	−	−	−	ND	0
HAND 28	−	−	+	−	ND	1
HAND 29	+	+	+	+	ND	4
HAND 30	−	−	−	−	ND	0
HAND 41	ND	ND	ND	+	+	2
HAND 44	ND	ND	ND	−	+	1
HAND 45	ND	ND	ND	−	−	0
HIV 1	−	−	−	−	ND
HIV 5	−	−	−	−	ND
HIV 8	+	−	−	−	ND
HIV 9	−	−	−	−	ND
HIV 10	+	+	−	−	ND
HIV 19	+	+	+	+	ND
HIV 20	+	−	−	−	ND
HIV 24	−	−	−	−	ND
HIV 40	ND	ND	ND	−	ND
HIV 42	ND	ND	ND	−	ND
HIV 43	ND	ND	ND	−	ND
Uninf 21	+	−	−	−	ND
Uninf 22	+	−	−	−	ND
Uninf 23	+	−	−	−	ND
Uninf 31	+	−	−	−	ND
Uninf 32	−	−	−	−	ND
Uninf 33	ND	ND	ND	−	ND
Uninf 34	−	−	−	−	ND
Uninf 35	+	−	−	−	ND
Uninf 36	−	−	−	−	ND
Uninf 37	+	−	−	−	ND
Uninf 38	−	−	ND	−	ND
Uninf 39	+	−	+	−	ND

ND, not done; + , Nef detected; − , Nef undetected