TABLE 3.

Primer sequences of the multiplex RT-PCR assay

Spike protein	Nucleotide	Amino acid	Forward primer 5′-3′	Reverse primer 5′-3′	Probe 5′-3′	Fluorescence
N501	A23063A	N501N	TGTTACTTTCCTTTACAATCATATGGTTT	GAAAGTACTACTACTCTGTATGGTTGGTA	5′-/5Cy5/CCAACCCAC/TAO/TAATGGTGTTGG/3lABkFQ/-3′	Cy5
	A23063T	N501Y	TGTTACTTTCCTTTACAATCATATGGTTT	GAAAGTACTACTACTCTGTATGGTTGGTA	5′-/56-FAM/CCAACCCAC/ZEN/TTATGGTGTTGG/3lABkFQ/-3′	FAM
Δ69-70	21765-21770	69-70	TCAACTCAGGACTTGTTCTTAC	TGGTAGGACAGGGTTATCAAAC	5′-/56-FAM/GTCCCAGAG/ZEN/ACATGTATAGCAT/3lABkFQ/-3′	FAM
E484	G23012G	E484E	CAACTGAAATCTATCAGGC	TTGGAAACCATATGATTGTAAAG	5′-/5Cy5/GTAATGGTG/TAO/TTGAAGGTTT/3lABkFQ/-3′	Cy5
	G23012C	E484Q	CAACTGAAATCTATCAGGC	TTGGAAACCATATGATTGTAAAG	5′-/56-FAM/ATGGTGTTC/ZEN/AAGGTTTTAAT/3lABkFQ/-3′	FAM
	G23012A	E484K	CAACTGAAATCTATCAGGC	TTGGAAACCATATGATTGTAAAG	5′-/5HEX/CTTGTAATG/ZEN/GTGTTAAAGGT/3lABkFQ/-3′	HEX
K417	A22812A	K417K	TGCAGATTCATTTGTAATTAGAGG	ATAACGCAGCCTGTAAAATCATC	5′-/5Cy5/GCAAACTGG/TAO/AAAGATTGCT/3lABkFQ/-3′	Cy5
	A22812C	K417T	TGCAGATTCATTTGTAATTAGAGG	ATAACGCAGCCTGTAAAATCATC	5′-/5HEX/GCAAACTGG/ZEN/AACGATTGCT/3lABkFQ/-3′	HEX
	G22813T	K417N	TGCAGATTCATTTGTAATTAGAGG	ATAACGCAGCCTGTAAAATCATC	5′-/56-FAM/GCAAACTGG/ZEN/AAATATTGCT/3lABkFQ/-3′	FAM
L452	T22917T	L452L	TGATAGATTTCAGTTGAAATATCTCTCTCA	AATCTTGATTCTAAGGTTGGTGGTAATTAT	5′-/5Cy5/GACTTCCTA/TAO/AACAATCTATACAGGTAAT/3lABkFQ/-3′	Cy5
	T22917G	L452R	TGATAGATTTCAGTTGAAATATCTCTCTCA	AATCTTGATTCTAAGGTTGGTGGTAATTAT	5′-/56-FAM/ACTTCCTAA/ZEN/ACAATCTATACCGGTAAT/3lABkFQ/-3′	FAM
P681	C23604C	P681P	CCCATTGGTGCAGGTATATG	TAGTGTAGGCAATGATGGATTGA	5′-/5Cy5/ACTCAGACT/TAO/AATTCTCCTCG/3lABkFQ/-3′	Cy5
	C23604A	P681H	CCCATTGGTGCAGGTATATG	TAGTGTAGGCAATGATGGATTGA	5′-/56-FAM/ACTCAGACT/ZEN/AATTCTCATCG/3lABkFQ/-3′	FAM
	C23604G	P681R	CCCATTGGTGCAGGTATATG	TAGTGTAGGCAATGATGGATTGA	5′-/5HEX/ACTCAGACT/ZEN/AATTCTCGTCG/3lABkFQ/-3′	HEX